$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
С момента их первого получения из внутренней клеточной массы развивающихся бластоцист мыши1,2,эмбриональные стволовые клетки мыши (mESC) использовались в качестве мощных инструментов для изучения самообновления и дифференцировки стволовых клеток3. Кроме того, изучение дифференциации mESC приводит к огромному пониманию молекулярных механизмов, которые могут повысить эффективность и безопасность терапии на основе стволовых клеток при лечении таких заболеваний, как нейродегенеративные расстройства4. По сравнению с животными моделями, эта система in vitro обеспечивает множество преимуществ, включая простоту в практике и оценке, низкую стоимость в поддержании клеточных линий в отличие от животных и относительную легкость в генетических манипуляциях. Однако на эффективность и качество дифференцированных типов клеток часто влияют различные линии мЭСК, а также методы дифференцировки5,6. Кроме того, традиционные анализы для оценки эффективности дифференцировки основаны на качественном исследовании выбранных маркерных генов, которым не хватает надежности, и поэтому они не могут понять глобальные изменения в экспрессии генов.
Здесь мы стремимся использовать батарею анализов для систематической оценки дифференцировки нейронов. Используя как традиционный анализ in vitro на выбранных маркерах, так и RNA-seq, мы создаем платформу для измерения эффективности дифференцировки, а также транскриптомных изменений во время этого процесса. Основываясь на ранее установленном протоколе7,мы генерировали эмбриоидные тела (ЭБ) с помощью метода висячей капли с последующей индукцией с использованием супрафизиологического количества ретиноевой кислоты (РА) для генерации нейронных клеток-предшественников (NPC), которые впоследствии были дифференцированы в нейроны с нейронной индукционной средой. Чтобы изучить эффективность дифференцировки, в дополнение к традиционным анализам RT-qPCR и иммунофлуоресценции (IF), мы выполнили РНК-seq и проточную цитометрию. Эти анализы обеспечивают всестороннее измерение прогрессии дифференцировки по специфической стадии.