Ксенотрансплантация является возможным методом лечения органной недостаточности. Однако, как эффективно контролировать иммунный отказ от ксенотрансплантации является проблемой для врачей и исследователей. В этой рукописи описывается простой и эффективный метод мониторинга иммунного отторжения в моделях трансплантации клеток от свиньи до мыши и моделях трансплантации патчей от свиньи к обезьяне. Циркулирующая ДНК является потенциально неинвазивным биомаркером для повреждения органов. В этом исследовании, циркулирующих свиней конкретных ДНК (cpsDNA) был мониторинг во время ксенотрансплантата отторжения количественных ПЦР в режиме реального времени (qPCR). В этом протоколе были разработаны свиные специфические грунтовки, построены плазмиды, содержащие свиные фрагменты ДНК, и установлены стандартные кривые для количественной оценки. Вид-специфические грунтовки затем были использованы для количественной cpsDNA по qPCR в свинью к мыши модели трансплантации клеток и свиньи до обезьяны артерии патч трансплантации моделей. Значение этого метода предполагает, что он может быть использован в качестве простого, удобного, недорогого и менее инвазивного метода для мониторинга иммунного отторжения ксенотрансплантации.