Протокол сбора и обработки образцов кожи и выделения кератиноцитов человека был пересмотрен IRB Университета Южной Каролины (UofSC) и классифицирован как «исследование, не связанное с человеческими субъектами», поскольку образцы конечной плоти были хирургическими выбросами, полученными во время обычных хирургических процедур (обрезание новорожденных мальчиков), и были полностью лишены идентифицирующей информации. Протокол также рассматривался и утверждался Комитетом по биобезопасности UofSC на регулярной основе, и весь лабораторный персонал прошел лабораторную подготовку по биобезопасности. Все процедуры проводились в соответствии со стандартами безопасности и этики УОФСК.
1. Выделение и культивирование кератиноцитов человека из ткани неонатальной ткани конечной плоти
- Подготовьте промывочную среду, добавив 0,1 M HEPES буфера к 500 мл среды KSFM и отрегулируйте его до рН 7,2. Стерилизуйте среду в вакуумном фильтре объемом 500 мл (размер пор 0,22 мкм). Базальная среда MCDB 153-LB также может быть использована в качестве альтернативного моющего раствора вместо KSFM.
- В ламинарной проточной вытяжке промыть неонатальную плоть 5 мл моющих средств в конической трубке 50 мл. Повторите дважды.
- Переложите промытую крайню в стерильную чашку Петри. С помощью скальпеля и щипцов соскоблите жировую и рыхлую соединительную ткань с дермального слоя. Промыть плоть 5 мл промывочной среды в конической трубке 50 мл.
- Поместите эпидермис конечной плоти стороной вверх в 6-ямочную пластину, содержащую 2 мл фермента диспазы, разведенного в промывочной среде (50 Ед/мл).
- Переложите плиту в инкубатор на 4 часа (37 °C, 5% CO2,95% влажности).
- Удалите крайнюю плоть из инкубатора и в стерильных условиях перенесите ее в чашку Петри. С помощью тонких щипцов отделите эпидермис от слоя дермы.
- Поместите эпидермис в коническую трубку 15 мл, содержащую 2 мл 0,25% трипсина-ЭДТА. Используя серологическую пипетку 5 мл, механически раздавите плавающий эпидермис. Инкубировать в течение 15 мин при 37 °C с периодическим вихрем в течение 5 с каждые 5 мин.
- После инкубации добавляют 2 мл ингибитора трипсина сои и смешивают путем пипетирования для нейтрализации трипсина.
- Центрифужная клеточная суспензия в течение 2 мин при 450 х г,а затем в течение 8 мин при 250 х г.
- Удаляйте плавающий мусор щипцами, стараясь не выбить ячейку гранулы. Осторожно аспирировать супернатант из ячейки гранулы.
- Повторное суспендирование гранул в 12 мл полной среды KSFM-scm и тарелка в 10-сантиметровой посуде. Инкубировать блюдо на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажность).
- На следующий день удалите среду с помощью аспирирующей пипетки и замените 12 мл полной KSFM-scm. Повторите на 4 и 7 день.
- Чтобы поддерживать оптимальный рост нормальных культур кератиноцитов человека (NHKc), проходим клетки 1:5 на 10-й день, чтобы предотвратить достижение клетками более 80% конфлюции.
2. Формирование культур эпидермосферы кожи in vitro
- Приготовьте 5% смесь агарозы, добавив 2,5 г агарозы в 50 мл 1x фосфатного буферного физиологического раствора (PBS) в стеклянной бутылке емкостью 50 мл. Автоклавная бутылка в жидком цикле. Дайте остыть до комнатной температуры.
- Для приготовления тарелок поместите охлажденную стеклянную бутылку, содержащую раствор агарозы, в пластиковый стакан объемом 1 л, наполненный деионизированной водой объемом 200 мл (dH2O). Расплавляйте смесь агарозы в микроволновой печи исследовательского класса в течение 2 минут, перемешивая агар каждые 60 с, осторожно наклоняя бутылку из стороны в сторону.
ВНИМАНИЕ: Плавление агара в микроволновой печи приведет к тому, что контейнер для колбы станет чрезвычайно горячим, что приведет к увеличению давления. Давление высвобождения нарастает каждые 30 с. Носите соответствующие защитные средства для предотвращения травм.
- Добавьте 3 мл расплавленной 5% агарозы к 12 мл KSFM-scm предварительно расплавленного до 42 °C для конечной концентрации 1% агарозы (масс./об.).
Дополнительно: предварительно разогрейте серологические пипетки и наконечники пипеток, чтобы предотвратить преждевременную полимеризацию мягкого агара.
- Быстро пипетку 200 мкл 1% агара смешивают в отдельные скважины из 96-скважинной круглодонной плиты с помощью многоканального пипетка(рисунок 1А). Оставьте пластину в стерильной среде при 25 °C в течение 4 ч, чтобы агароза полностью полимеризовала.
ПРИМЕЧАНИЕ: Эксперименты могут быть остановлены здесь и продолжены на следующий день. Полимеризованные агарозные пластины могут поддерживаться при 37 °C до 24 ч или при 4 °C в течение 48 ч при герметизации парапленочной пленкой. Нагревают пластину до 37 °С в увлажненный инкубатор не менее 1 ч перед применением.
- Прохождение сфероидообразующих NHKc путем аспирации среды и промывки клеток в 2 мл PBS. Аспирировать PBS и добавить 2 мл 0,25% трипсина-ЭДТА в промытые клетки. Инкубировать в течение 5 мин при 37 °C или до полного отсоединения всех клеток. Добавьте 2 мл ингибитора трипсина сои в пластину и смойте клетки с пластины в трубку с 15 мл. Центрифуга при 250 х г в течение 5 мин.
- Повторное суспендирование гранул в 1 мл PBS. Количественно оцените жизнеспособность клеток с помощью окрашивания трипановым синим цветом и гемоцитометра или автоматизированного счетчика клеток.
- Аликвота 2 х 104 NHKc в 100 мкл KSFM-scm и засеять в отдельные скважины из предварительно подготовленной 96-скважинной круглодонной плиты. Инкубационная плита на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажность).
- Используя инвертированный фазовый контрастный микроскоп, хорошо проанализируйте посев на формирование эпидермосферы.
ПРИМЕЧАНИЕ: Эпидермосферы человека из нормальных кератиноцитов человека могут оставаться жизнеспособными в культуре 3D-суспензии до 96 ч, хотя и со значительным снижением жизнеспособности клеток(рисунок 2).
3. Эпидермальный сфероидный анализ
- Через 24-48 ч после формирования 3D эпидермосферы добавить 4 мл предварительно распохленного KSFM-scm в тарелку 6 см. Используйте широкий наконечник пипетки 1 мл для переноса одного сфероида на пластину, гарантируя, что она не разобьется. В качестве альтернативы, расширьте наконечник пипетки 1 мл, используя стерильное лезвие бритвы, чтобы разрезать наконечник.
- Инкубировать плиту в течение ночи (37 °C, 5% CO2,95% влажности).
- Проанализируйте семенной сфероид для прикрепления к нижней части пластины и наблюдайте за размножением клеток с помощью инвертированного фазового контрастного микроскопа(рисунок 3). Подавая ячейки каждые 96 ч, осторожно удаляя 2 мл среды внутри пластины и медленно добавляя 2 мл свежей среды KSFM-scm в пластину.
- Прохождение сфероидного происхождения (SD) NHKc, как только они достигают 70-80% слияния и продолжают с анализом по выбору. Часто контролируйте SD-NHKc, чтобы предотвратить достижение клетками полного слияния в культуре, поскольку это приводит к преждевременной дифференцировке и остановке роста клеток(рисунок 3E-F).
- Эпидермальный сфероидный анализ моделирует кератиноцитарно-опосредованное восстановление раны путем захвата каждой из ключевых последовательных фаз регенеративной пластичности эпидермиса: а) гомеостатическое поддержание, б) дифференцировка остановки/обращения в) подвижность линии стресса и г) восстановление тканей(рисунок 1B); Таблица 2). Этот анализ также может быть использован для получения клеточных популяций для оловоорганических культур плотов или для моделирования ВПЧ-опосредопосредооченной неоплазии, как показано в нашей предыдущей работе 11,12.
4.3D флуоресцентные клетки отслеживания
- В 6-сантиметровой чашке трансфектируют сфероидообразующие 2D монослойные культуры NHKc с 1 мкг плазмидного вектора pMSCV-IRES-EGFP, несущего ген усиленного зеленого флуоресцентного белка (eGFP). Инкубировать пластинчатый на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажности) микроскоп(рисунок 4A).
ПРИМЕЧАНИЕ: Важно, чтобы трансфекция была завершена в условиях, не емких антибиотиков.
- Не удаляя трансфекционную смесь, добавьте в ячейки 2 мл предварительно выгремленного KSFM-scm. Инкубационная плита на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажность).
- Аспирировать все трансфекционные среды из пластинчатых и питательных клеток 3 мл предварительно располагаемого KSFM-scm. Оцените наличие EGFP-экспрессирующих клеток под каналом FITC флуоресцентного микроскопа.
- Прохождение и посев 2 х 104 EGFP-трансфехтированных клеток в отдельные колодцы из предварительно подготовленной 96-скважинной круглодонной пластины. Инкубационная плита на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажность). Визуализация и мониторинг движения сфероидных клеток EGFP под каналом FITC флуоресцентного микроскопа(рисунок 4B-C).
- Через 24 ч после нанесения покрытия добавьте 3 мл предварительно распаленного KSFM-scm в блюдо 6 см. Используйте широкий наконечник пипетки 1 мл для переноса одного сфероида на пластину, гарантируя, что она не разобьется. Инкубационная плита на ночь (37 °C, 5% CO2,95% влажность).
- Наблюдение и анализ распространения SD-NHKcEGFP с помощью флуоресцентного микроскопа. Подавая ячейки каждые 96 ч, осторожно удаляя 2 мл носителя внутри пластины и медленно добавляя 2 мл свежей среды KSFM-scm на пластину.
- Сбор урожая SD-NHKCEGFP для изоляции FACS или анализов по выбору.
5. Характеристика субпуллей, полученных из сфероидов (SD) с помощью FACS
- Прохождение SD-NHKc и соответствующих аутологичных 2D монослойных культур путем аспирации старых сред и промывки клеток в 2 мл PBS. Удалите PBS и добавьте 2 мл 0,25% трипсина-ЭДТА в промытые клетки. Инкубировать при 37 °C в течение 5 мин или до полного отсоединения всех клеток.
- Добавьте 2 мл ингибитора трипсина сои к пластине и перенесите клетки в трубку с 15 мл. Центрифуга при 250 х г в течение 5 мин.
- Повторное суспендирование гранул в 1 мл PBS. Количественно оцените жизнеспособность клеток с помощью трипан-синего и автоматизированного счетчика клеток гемоцитометра.
- Аликвот 100 мкл, содержащий 0,1-4 х10 6 nhKc клеток до 1,5 мл микроцентрифужных пробирок. Поместите трубку на лед в темной среде, созданной путем выключения яркого света внутри ламинарного капота.
- Добавьте 2 мкл FITC-конъюгированного анти-интегринаα6 и 2 мкл PE-конъюгированного анти-EGFR в пробирки для достижения разведения 1:50. Подготовьте трубку без добавления антител, чтобы служить в качестве незапятнанный контроль. Инкубировать трубки на льду в темное время суток или при 4 °C в течение 30 мин. Использование бусин или линии SCC кожи может служить положительным контролем, так как клетки SCC кожи экспрессировали повышенные уровни интегринаα6 и EGFR.
- Выполните анализ проточной цитометрии с использованием проточного цитометра по выбору, содержащего соответствующие лазеры.
- Используйте отрицательные и позитивные элементы управления для установления ворот. Сортировка субпопуляции integrinα6hi/EGFRlo cells; это фракция эпидермальных стволовых клеток. Integrinα6hi/ EGFRhi клетки являются пролиферативной фракцией клеток-прородиторов. Интегринα6lo/EGFRhi клетки являются зафиксированной фракцией клеток-прародителя(рисунок 4D). Сортировочная трубка (трубы) FACS должна содержать не менее 1 мл ледяного KSFM-scm.
- Тест на пролиферативную способность отсортированных клеточных субпопуляций путем переноса содержимого каждой соответствующей сортировочной трубки в коническую трубку объемом 15 мл, содержащую в 10 раз больше объема отсортированных клеток в PBS. ПРИМЕЧАНИЕ: Важно удалить все клетки, прикрепленные к ободу, путем пипетки стенки сортировочной трубки (трубок) FACS несколько раз, так как кератиноциты часто могут прилипать туда.
- Центрифуга 15 мл в тубах по 250 х г в течение 5 мин. Удалите супернатант и повторно суспендировать гранулы в 12 мл KSFM-scm. Переложите повторно суспендированные ячейки в пластину размером 6 см и инкубируем в течение ночи (37 °C, 5% CO2,95% влажности).
- На следующий день удалите жижи в пластины и добавьте 8 мл предварительно подогретого KSFM-scm. Инкубировать при 37 °C, 5% CO2,95% влажности. Повторно подавать клетки со средой 12 мл каждые 3 дня до 70-80% слияния(рисунок 4Е).
6. Иммунофлуоресценция и окрашивание эпидермосфер маркерами базальных стволовых клеток
- Перенесите эпидермосферы на покровные листы, покрытые полилизином. Позвольте SD-NHKc распространяться до 75% слияния.
- Промывайте ячейки дважды в PBS (4 °C) в течение 5 мин каждая.
- Фиксируйте клетки 4% параформальдегидом (PFA) в течение 20 мин при комнатной температуре.
- Пермеабилизируют клетки с 0,5% тритона X-100 в 1% глицина. Блокируйте с использованием 0,5% BSA и 5% козьей сыворотки в течение 30 мин при комнатной температуре.
- Инкубировать образцы с антителами против Р63 (1:200) и цитокератина 14 (1:200) в блокирующем растворе на ночь при 4 °С.
- Трижды промыть PBS (4 °C), содержащим Tween 20 (PBST), с последующим инкубацией с FITC- и Alexa 568-конъюгированных вторичных антител (разведение 1:1000).
- Окрашивание ядер 4', 6-диамидино-2-фенилиндолом (DAPI) (разведение 1:5000) перед установкой клеток.
- Наблюдайте за клетками с помощью флуоресцентного микроскопа с лазерными линиями FITC и PE(рисунок 4F).
7. Транскрипционный анализ культур эпидермосферы
- Установка тройных пластин низкопролетных культур NHKc для выделения РНК может быть из монослойных, сфероидных и сфероидных культур из одной и той же аутологиозной клеточной линии.
- Пул 3-5 соответствующих эпидермосфер в 1,5 мл микроцентрифужной трубки. Отдельно собирают автологичные SD-NHKc и 2D монослойные культуры.
- Изолируйте общую РНК из всех трех групп.
- Выполняют обратную транскрипцию с 1 мкг общей РНК.
- Используя кДНК, выполняют ПЦР в режиме реального времени, используя GAPDH в качестве внутреннего контроля(табл. 1).
- Проверить размер продукта ампликона электрофорезом агарозного геля (2% v/v).
ПРИМЕЧАНИЕ: Для транскриптомного профилирования культур эпидермосферы с использованием анализа микрочипов всего генома изолируйте общую РНК из массовых культур одного донора NHKc и соответствующих SD-NHKc от одного и того же донора в шести репликах каждая.
- Оцените качество РНК с помощью биоанализатора для достижения показателей целостности РНК (RIN) в диапазоне от не менее 9,0 до 9,1.
- Проводите эксперименты с микрочипами путем амплификации и биотинилирования общих образцов РНК.
- Обратная транскрибирование 100 нг общей РНК на образец в ds-кДНК с использованием случайных праймеров NNN, содержащих последовательность промотора полимеразы РНК T7.
- Добавьте РНК-полимеразу T7 в образцы кДНК для амплиации РНК, а затем скопируйте РНК в ss-кДНК. Разлагать избыток РНК с помощью РНКазы Н.
- Фрагмент молекулы сцДНК и метка с биотином.
- Усиливать маркированные образцы в течение 16 ч при 45 °C.
- Гибридизируйте образцы с помощью гибридной печи и комплекта для стирки и окрашивания.
- Мойка и окрашивание гибридизированных массивов.
- Сканирование массивов с помощью системы и рабочей станции компьютера.
- После завершения сканирования массива импортируйте файлы интенсивности зондовых клеток (CEL) в консольное программное обеспечение экспрессии и обрабатывайте на уровне генов файл с использованием библиотечного файла и алгоритма Robust Multichip Analysis (RMA) для создания файлов CHP.
- После подтверждения качества данных в Expression Console импортируйте файлы CHP, содержащие сигналы экспрессии log2 для каждого зонда, в программное обеспечение для анализа транскриптома для анализа специфических для типа клеток транскрипционных ответов с использованием одностороннего анализа дисперсии между субъектами.
8. Оценка колониеобразующей эффективности SD-NHKc
- Аспиратные среды из пластин, когда клетки достигают 70-80% слияния. Промывайте ячейки три раза в PBS (4 °C) в течение 5 мин каждая.
- Зафиксируйте клетки 3 мл 100% метанола (4 °C) в течение 15 мин. Трижды вымыть в PBS по 5 мин каждый.
- Окрашивание клеток в 3 мл 10% Гимса в течение 30 мин. Трижды вымыть в PBS по 5 мин каждый. Дайте клеткам высохнуть на воздухе в течение ночи.
- Анализ формирования колоний на следующий день и количественная оценка количества полученных колоний
9. Определение удвоения популяции SD-NHKc
- Прохождение SD-NHKc и соответствующих аутологичных 2D монослойных культур путем аспирации старых сред и промывки клеток в 2мл PBS. Удалите PBS и добавьте 2 мл 0,25% трипсина-ЭДТА в промытые клетки. Инкубировать в течение 5 мин или до полного отсоединения всех ячеек (37 °C, 5% CO2,влажность 95%).
- Добавьте 2 мл ингибитора трипсина сои к пластине и перенесите клетки в трубку с 15 мл.
- Центрифуга при 250 х г в течение 5 мин.
- Удалить супернатант и повторно суспендировали гранулы в 12 мл KSFM-scm.
- Семенные ячейки при низкой плотности 1-2 х10 4 NHKc в отдельные 10 см блюда и инкубируют в течение ночи (37 °C, 5% CO2,95% влажности).
- Кормовые пластины с 8 мл KSMF-scm на следующий день. Кормят каждые 4 дня до 25% впадие, затем кормят каждые 2 дня.
- Последовательно проходит клетки 1:5 в 60 см посуде до тех пор, пока пролиферативная способность клеток не будет исчерпана. Количественная оценка жизнеспособности клеток путем окрашивания трипан-синим цветом. Определите удвоение популяции при каждом прохождении по формуле: log(N/N0) / log2, где N представляет общее число клеток, полученное при каждом прохождении, а N0 представляет количество клеток, покрытых в начале эксперимента.