Липиды в значительной степени состоят из углерода и водорода и, следовательно, обеспечивают большую специфическую энергию, чем другие органические макромолекулы в море. Будучи богатыми углеродом и водородом, они также являются гидрофобными и могут выступать в качестве растворителя и абсорбционного носителя органических загрязнителей и, таким образом, могут быть факторами биоаккумуляции загрязнителей в морских экосистемах. Их гидрофобная природа облегчает их изоляцию от морской воды или биологических образцов: анализ морских липидов начинается с отбора проб, а затем экстракции в неполярных органических растворителях, обеспечивая удобный метод их отделения от других веществ в водной матрице.
Если морская вода была отобрана, первый этап обычно включает разделение на функционально определенные «растворенные» и «твердые» фракции путем фильтрации. Образцы собирают и выделяют липиды из матрицы образца, как правило, хлороформом для действительно растворенных веществ и коллоидов, а также смесями хлороформа и метанола для твердых веществ и биологических образцов. Такие экстракты могут содержать несколько классов из биогенных и антропогенных источников. В это время могут быть определены общие липиды и классы липидов. Общий липид может быть измерен путем суммирования индивидуально определенных классов липидов, которые обычно были хроматографически разделены. Тонкослойная хроматография (TLC) с обнаружением пламенной ионизации (FID) регулярно используется для количественного анализа липидов из морских образцов. TLC-FID предоставляет синоптиальную информацию о классе липидов и, путем суммирования классов, общее измерение липидов.
Информация о классе липидов особенно полезна в сочетании с измерениями отдельных компонентов, например, жирных кислот и/или стерилов, после их высвобождения из липидных экстрактов. Широкое разнообразие липидных структур и функций означает, что они широко используются в экологических и биогеохимических исследованиях, оценивающих здоровье экосистем и степень влияния антропогенных воздействий. Они использовались для измерения веществ, имеющих пищевую ценность для морской фауны (например, аквакормы и/или добыча), а также в качестве показателя качества воды (например, углеводороды).