Использование бесклеточного синтеза белка (CFPS) для применения в биотехнологии значительно выросло за последние несколько летна 1,2,3. Это развитие можно отчасти объяснить активизацией усилий по пониманию процессов, происходящих в ХФПС, и роли каждого компонента 4,5. Кроме того, снижение затрат, связанных с оптимизированными установками и альтернативными источниками энергии, облегчило внедрение бесклеточной технологии для новых пользователей 6,7,8,9. Чтобы реализовать необходимые факторы транскрипции и трансляции для синтеза белка, клеточный экстракт часто используется для управления бесклеточными реакциями10. Недавно опубликованные руководства пользователя предоставили простые протоколы для создания функционального извлечения, что облегчает его реализацию для новых и опытных пользователей, как 1,11,12,13,14. Клеточный экстракт обычно получают путем лизиса клеточной культуры, которая может быть выращена с использованием различных организмов в зависимости от желаемого конкретного использования 1,15,16.
Кишечная палочка (E. coli) быстро стала одним из наиболее часто используемых организмов-хозяев для производства функциональных экстрактов17. Штамм BL21 Star (DE3) является предпочтительным, поскольку он удаляет протеазы из внешней мембраны (протеаза OmpT) и цитоплазму (протеаза Lon), обеспечивая оптимальную среду для экспрессии рекомбинантного белка. Кроме того, DE3 содержит λDE3, который несет ген T7 РНК-полимеразы (T7 RNAP) под контролем промотора lacUV5; звездный компонент содержит мутировавший ген RNaseE, который предотвращает расщепление мРНК 4,14,18,19. Под действием промотора lacUV5 индукция изопропил-тиогалактопиранозида (IPTG) позволяет экспрессировать T7 RNAP20,21. Эти штаммы используются для выращивания и сбора клеток, которые дают сырье для приготовления экстракта. Лизис клеток может быть выполнен с использованием различных методов, включая биение шариков, френч-пресс, гомогенизацию, обработку ультразвуком и кавитацию азота 1,11,12,22.
Процесс культивирования и сбора бактерий согласован на большинстве платформ при использовании кишечной палочки, но требует нескольких дней и интенсивного надзора исследователей 1,11,13. Этот процесс обычно начинается с ночной посевной культуры в бульоне LB, которая после ночного роста затем инокулируется в более крупную культуру 2xYTPG (дрожжи, триптон, фосфатный буфер, глюкоза) на следующий день. Рост этой более крупной культуры контролируется до тех пор, пока она не достигнет ранней и средней фазы log, при оптической плотности (OD) 2,514,20. Постоянное измерение требуется, поскольку компоненты транскрипции и перевода ранее были продемонстрированы как очень активные в начале-середине фазылогарифма 23,24. Хотя этот процесс может создать воспроизводимый экстракт, наша лаборатория недавно разработала новый метод с использованием бесклеточной автоиндукционной среды (CFAI), который уменьшает надзор исследователей, увеличивает общий выход экстракта для данного литра клеточной культуры и улучшает доступ к препарату экстракта на основе кишечной палочки как для опытных, так и для новых пользователей (рисунок 1). ). Здесь мы предоставляем пошаговое руководство по реализации рабочего процесса CFAI, чтобы перейти от полосатой пластины клеток к завершенной реакции CFPS в течение 24 часов.