$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Точная характеристика химических структур важна для понимания их основных биологических механизмов и функциональных свойств. Масс-спектрометрия (МС) является популярным инструментом, но не всегда достаточна для полного раскрытия всех структурных особенностей. Например, хотя углеводы биологически значимы, их характеристика осложняется многочисленными уровнями изомерии. Спектрометрия подвижности ионов (IMS) является интересным дополнением, поскольку она чувствительна к конформациям ионов и, таким образом, к изомерии.
Кроме того, последние достижения значительно улучшили технику: последнее поколение инструментов Cyclic IMS предлагает дополнительные возможности по сравнению с линейными инструментами IMS, такие как повышенная разрешающая способность или возможность выполнять эксперименты с тандемной подвижностью ионов (IMS / IMS). Во время IMS/IMS ион выбирается на основе его подвижности ионов, фрагментируется и повторно анализируется для получения информации о подвижности ионов о его фрагментах. Недавняя работа показала, что профили мобильности фрагментов, содержащиеся в таких данных IMS/IMS, могут действовать как отпечаток конкретного гликана и могут использоваться в стратегии молекулярных сетей для организации наборов данных гликомики структурно значимым образом.
Таким образом, цель этого протокола состоит в том, чтобы описать, как генерировать данные IMS/IMS, от подготовки образца до окончательной калибровки поперечного сечения столкновения (CCS) измерения подвижности ионов, которое дает воспроизводимые спектры. На примере одного репрезентативного гликана этот протокол покажет, как построить управляющую последовательность IMS/IMS на приборе Cyclic IMS, как учитывать эту контрольную последовательность для преобразования времени прибытия IMS во время дрейфа (т.е. эффективное время разделения, применяемое к ионам), и как извлекать соответствующую информацию о мобильности из необработанных данных. Этот протокол предназначен для четкого объяснения критических моментов эксперимента IMS/IMS и, таким образом, помогает новым пользователям Cyclic IMS выполнять простые и воспроизводимые приобретения.