Костный мозг (БМ) - это мягкие ткани, обнаруженные в костях, где в первую очередь происходит кроветворение, процесс, посредством которого образуются новые клетки крови. Таким образом, он содержит гемопоэтические стволовые клетки и клетки-предшественники (HSPC), а также поддерживающие стромальные клетки, которые способствуют поддержанию и регуляции HSPC. Гематологические и другие нарушения КМ нарушают кроветворение, воздействуя непосредственно на гемопоэтические клетки и/или через изменение ниши КМ. Здесь мы описываем метод изучения гемопоэза в норме и злокачественных новообразований с помощью фенотипического анализа БМ мышей HSPC и популяций стромальных ниш с помощью проточной цитометрии. В нашем методе подробно описаны необходимые шаги для обогащения клеток БМ в эндостальных и центральных фракциях КМ, а также соответствующие стратегии стробирования для идентификации двух ключевых типов нишевых клеток, участвующих в регуляции HSPC, эндотелиальных клеток и мезенхимальных стволовых клеток. Предложенный здесь фенотипический анализ может быть объединен с мутантами мышей, моделями заболеваний и функциональными анализами для характеристики компартмента HSPC и его ниши.