Этот протокол позволяет отбирать образцы слезы с помощью полосок Ширмера, которые хранятся в сухом виде при комнатной температуре перед последующей подготовкой образца для масс-спектрометрического анализа. Рабочий процесс подготовки образцов с помощью фильтра (FASP) с микроколонной, улавливающей суспензию, позволил быстро подготовить пробы за несколько часов по сравнению с обычными процедурами разложения в растворе за несколько дней, требующих ночной инкубации. Выход пептидного восстановления был значительно выше (p < 0,001), чем стандартный протокол разложения в растворе, и с хорошей воспроизводимостью при коэффициенте вариации (%CV) < 7%. Пул образцов слез был повторен в шести технических повторениях с восстановлением 74,2 ± 5,0% пептидов и 52,8 ± 1,6% пептидов в образцах, приготовленных с помощью процедур в растворе. Объединенный образец слезы с количеством белка 36,3 мкг наносили на полоску Ширмера и экстрагировали, как описано выше, эффективность экстракции белка составила 81% (29,5 ± 6,8 мкг, среднее ± SD).
Оба рабочих процесса загружали 3 мкг пептидов на MS, и поиск DDA дал в общей сложности 1183 ± 118 белков (5757 ± 537 различных пептидов) и 874 ± 70 белков (4400 ± 328 пептидов) при 1% FDR в группе захвата суспензии и группе в растворе соответственно. Анализ онтологии генов (ГО) с использованием системы классификации PANTHER выявил очень схожие протеомы для обоих подходов, основными молекулярными функциями которых являются связывание, каталитическая активность и регуляция молекулярных функций (рис. 4).

Иллюстрация 1: Перед нанесением согните верхнюю часть полосы Ширмера на отметке 0 мм. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этого рисунка.

Иллюстрация 2: Положение полосы Ширмера во время сбора слез. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 3: Иллюстрация обработки полосы Ширмера перед экстракцией белка. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 4: Круговая диаграмма, иллюстрирующая анализ онтологии генов для протеомов, идентифицированных с помощью рабочего процесса в растворе и рабочего процесса захвата суспензии с использованием системы классификации PANTHER. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.