Мы протестировали процедуры на реакциях формы сигнала ABR на серию щелчков, начиная с 75 дБ и снижаясь с шагом 5 дБ до 5 дБ. Эти данные были получены так, как описано ранее19. Мы также протестировали инструмент на данных тональных труб и получили аналогичные результаты. Данные ABR из большинства систем ABR могут быть экспортированы в виде файлов .txt (ASCII). Мы загрузили файлы ABR ASCII на компьютер и открыли их в RStudio, как описано в протоколе. После выполнения процедуры FindPeaks.R в пакетной форме мы получили образцы осциллограмм с автоматической маркировкой (рисунок 1) и файл .csv с результатами. Результаты были пересмотрены, чтобы удалить нерелевантные пики. Для проверки автоматической маркировки мы также использовали возможность программы ABR вручную маркировать первые пять пиков и впадин на каждой форме сигнала, полученной с помощью серии кликов, описанной выше. Экспериментатор, выполняющий эту задачу, имел 2-летний опыт записи и анализа данных ABR. На рисунке 2 показано это сравнение: автоматизированные данные FindPeaks.R выделены красным цветом, а данные, полученные вручную, — черным. Каждая трассировка представляет данные с одной мыши. Также отображается среднее значение для обоих методов с одним стандартным отклонением. Результаты, полученные FindPeaks.R, сильно коррелируют с результатами, полученными вручную (см. Дополнительный рисунок S4).

Рисунок 1: Репрезентативная реакция осциллограммы на стимул щелчка 75 дБ для молодой мыши F1. Задержка в миллисекундах строится на оси x, а амплитуда в микровольтах строится на оси Y. Пики были автоматически идентифицированы с помощью FindPeaks.R и помечены красным цветом, тогда как впадины помечены синим цветом. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 2: Сравнение данных, полученных из вручную идентифицированных пиков, с данными, предоставленными анализом FindPeaks.R. (A,C,E,G,I) Амплитуды в микровольтах и (B,D,F,H,J) задержки в миллисекундах строятся для уровней звука от 5 дБ до 75 дБ (ось x, все графики) для пиков I-V в формах сигналов, полученных для стимулов щелчка, представленных 12 мышам. Полученные вручную значения (черный) сравниваются с теми же наборами данных, проанализированными с помощью FindPeaks.R (красный). Средние значения строятся в виде тяжелых линий, причем затененная область представляет собой одно стандартное отклонение. Различий между методами при оценке с помощью теста на ранговую сумму Крускаля-Уоллиса (A, разница = 0,0547977 ± 0,0010028, max = 0,96, p = 0,9216; B, разность = −0,0001734 ± 0,0001214, max = 0,04, p = 0,8289; C, разность = −0,0212209 ± 0,0006806, max = 0,92, p = 0,9687; D, разность = −0,0011047 ± 0,0001556, макс = 0,06, p = 0,771; E, разность = −0,0323077 ± 0,0006169, max = 0,66, p = 0,899; F, разность = −0,0072189 ± 0,0001460, макс = 0,04, p = 0,8644; G, разница = 0,201754 ± 0,0007407, max = 0,64, p = 0,9312; H, разность = −0,0007018 ± 0,0001717, max = 0,09, p = 0,8013; I, разность = 0,0347561 ± 0,0007343, макс = 1,05, p = 0,8856; J, разность = −0,0078049 ± 0,0002762, max = 0,16, p = 0,886), и результаты были сильно коррелированы (значения хи-квадрат: A, 0,009696; В, 0,046684; С, 0,0015395; Д, 0,084742; Э, 0,016102; Ф, 0,029153; Г, 0,0074604; H, 0,063322; I, 0,020699; J, 0,020544; различия, представленные как средние ± SEM; max = абсолютная максимальная разница). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Дополнительный рисунок S1: Анализ с помощью FindPeaks.R. (A) Выбор рабочего каталога (см. шаг 3.2 протокола); (B) загрузка программы (см. шаг протокола 3.3). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок S2: Вывод скрипта и команды для анализа осциллограмм. Команды для (A) отдельных файлов и (B) пакетной обработки. (C) Выходной PDF-файл, показывающий формы сигналов с помеченными пиками и впадинами. См. шаг протокола 3.4. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок S3: Проверка анализа. (A) Загрузка данных формы сигнала (см. шаг протокола 4.1). (B) Расположение кнопки Запустить приложение . Также указывается файл образца данных. (C) Блестящее окно с осциллограммой. В этом случае уровень звука составляет 75 дБ, как указано в верхнем окне. Нажатие на нужный пик и следующую впадину записывает данные об амплитуде и задержке в таблице (шаг протокола 4.6). Показаны данные пика 3. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок S4: Сравнение отдельных данных, полученных из вручную идентифицированных пиков, с данными, предоставленными анализом FindPeaks.R. (A,C,E,G,I) Амплитуды в микровольтах и (B,D,F,H,J) задержки в миллисекундах строятся для уровней звука от 5 дБ до 75 дБ (ось x, все графики) для пиков I-V в формах сигналов, полученных для стимулов щелчка, представленных 12 мышам. Каждое животное помечено уникальным цветом, как показано в легенде. Данные, полученные с помощью FindPeaks.R, маркируются сплошными цветами, в то время как данные, полученные вручную, маркируются менее насыщенными версиями тех же цветов. Хотя оба набора данных построены на этом рисунке, когда они идентичны, видна только одна строка. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.