Белки играют важную роль во всех клеточных функциях, включая обработку информации, метаболизм, транспорт, принятие решений и структурную организацию. Белки опосредуют свои функции, физически взаимодействуя с другими молекулами. Белок-белковые взаимодействия (ИПП) важны для опосредования клеточных функций, таких как опосредование передачи сигналов, восприятие окружающей среды, преобразование энергии в физическое движение, регулирование активности метаболических и сигнальных ферментов и поддержание клеточнойорганизации. Таким образом, ИЦП могут быть использованы для выяснения неизвестных функций2. Методы выявления ИПП можно разделить на три типа: in vitro, in vivo и in silico. Для обнаружения ИПП in vitro использовали ко-иммунопреципитацию (co-IP), аффинную хроматографию, тандемную аффинную очистку, белковые матрицы, фаговый дисплей, комплементацию белковых фрагментов, рентгеновскую кристаллографию и спектроскопию ядерного магнитного резонанса3. Среди этих методов со-ИС широко используется из-за своей простоты.
Фьюжн-метка FLAG состоит из восьми аминокислот (AspTyrLysAspAspAspAspLys: DYKDDDDK), включая сайт расщепления энтерокиназы, и была специально разработана для иммуноаффинной хроматографии4. Белки, меченные DYKDDDDK, распознаются и захватываются с помощью антитела против DYKDDDDK. Поэтому они эффективно удаляются с помощью связывающих шариков агарозы5 DYKDDDDK для простого подтверждения их связывания с определенными белками. Иммунопреципитация может быть выполнена в различных клетках, и широкий спектр ИПП может быть подтвержден с помощью антител против интересующего белка. Ранее сообщалось об иммунопреципитации и элюировании пептидов с помощью анти-DYKDDK агарозных гранул5.
Здесь мы предлагаем простой метод иммунопреципитации, в котором плазмида, кодирующая белок, меченный DYKDDDDK, временно вводится в клетки HEK-293 для подтверждения ассоциации двух представляющих интерес белков. Некоторые антитела DYKDDDDK могут связываться как с N-концом, так и с C-концом гибридных белков, ноне с другими 6. Поэтому, чтобы избежать путаницы, следует выбирать антитело, которое распознает метку, слитую как с N-, так и с C-концом. При вставке эпитопной метки можно избежать конформационных изменений в белке, вставив от 3 до 12 пар оснований между эпитопной меткой и белком-мишенью. Однако вставленная последовательность должна быть парой оснований, кратной 3, чтобы избежать сдвига кадра.