Генерация rd29A: вектор экспрессии DREB1A (Рисунок 1)
Полноразмерную открытую рамку считывания DREB1A (ORF, 651.н.) амплифицировали из кДНК Arabidopsis thaliana L. с использованием ген-специфических праймеров, включающих сайты рестрикции BamHI и EcoRI: прямой 5/-GGCGGATCCATGAACTCATTCTGCT-3/ и обратный 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. Аналогичным образом, промотор rd29A (499.н.) амплифицировали из геномной ДНК Arabidopsis с использованием праймеров, содержащих сайты KpnI и BamHI: прямой 5/-GCG GGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3/ и обратный 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTTTGATCC-3/. ПЦР-реакции проводили в объеме 25 мкл, содержащем 2,5 мкл 10-кратного ПЦР-буфера, 1,5 мМ MgCl2, 0,2 мМ каждого дНТФ, 0,4 мкМ каждого праймера, 1 Ед Taq-ДНК-полимеразы и 1 мкл ДНК-матрицы (примерно 100 нг для геномной ДНК или 50 нг для кДНК), с добавлением воды, не содержащей нуклеаз, к конечному объему. Условия амплификации фрагментов промотора DREB1A и rd29A были следующими: начальная денатурация при 95 °C в течение 3 мин; 35 циклов денатурации при 95 °С в течение 30 с, отжига при 58 °С в течение 30 с и удлинения при 72 °С в течение 1 мин; с последующим окончательным удлинением при температуре 72 °C в течение 7 минут. Амплифицированные продукты растворяли на 0,7% агарозном геле и очищали гелем с помощью набора для экстракции геля в соответствии с протоколом производителя.
Амплифицированные продукты ПЦР промотора DREB1A и rd29A клонировали в вектор клонирования pTZ57R/T с использованием клонирования TA, и продукты подвергали секвенированию по Сэнгеру для подтверждения. Последовательность DREB1A (Accession No. AM992886) был представлен в GenBank (промотор rd29A был вставлен в сайты KpnI и BamHI, а кодирующая последовательность DREB1A была вставлена ниже по потоку в сайты BamHI и EcoRI, тем самым заменив исходный промотор 2x35S и позиционировав DREB1A под контролем rd29A. Итоговая кассета (rd29A::DREB1A::CamV) была вырезана с использованием KpnIи EcoRV и клонирована в область Т-ДНК бинарного вектора pGA482 для создания конструкции, используемой для трансформации растений (рис. 1). После первоначального секвенирования по Сэнгеру для валидации клонированных продуктов дальнейшая проверка секвенирования не проводилась.
Анализ последовательности генов
С помощью референсного биоинформатического инструмента был проведен филогенетический анализ белковых последовательностей AtDREB1A и DREB1 от 13 различных видов двудольных и однодольных видов, который был сравнен с помощью метода соседского соединения. Аминокислотные последовательности были получены из Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) и GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Анализ множественного выравнивания последовательностей был выполнен с помощью онлайн-программы Clustal Omega. После того, как основные последовательности были получены от Phytozome и GenBank, больше нет необходимости в извлечении последовательностей.
Подготовка эксплантов и индукционного пистолета для каллуса20,34
Сорт сахарного тростника был выращен на экспериментальном поле в NIBGE, Фейсалабад. Через 6 месяцев верхняя часть здорового тростника была иссечена, чтобы извлечь апикальную область, которая была обрезана до терминальной почки. В стерильных условиях листовые скручивания были очищены на цилиндрические сегменты диаметром ~5 мм и поверхность стерилизованы 70% этанолом. Из области, непосредственно над апикальной меристемой, на одну трость получали примерно 10-15 апикальных дисков (размером ~3 мм). Диски культивировали на индукционной среде каллуса (CIM), как описано ранее 1,20,34. Через 4-6 недель полученные эмбриогенные Каллусы были субкультивированы на свежих КИМ для дальнейшей пролиферации. ПРИМЕЧАНИЕ: Использование 70% этанола для дезинфекции поверхностей было признано достаточным, и никаких дополнительных этапов стерилизации не потребовалось.
Генетическая трансформация rd29A: DREB1A в сахарном тростнике с помощью Gene Gun20,34
Пролиферировавшая эмбриогенная каллус располагалась в центре пластины Петри, содержащей КИМ. Через 3 дня каллусы подвергали бомбардировке позолоченным растительным экспрессируемым двоичным вектором pGA482, содержащим rd29A: DREB1A, с использованием биолистической пушки PDS-1000/He, как описано в деталях34. После бомбардировки небольшие порции каллусов культивировали на КИМ в течение 3 дней и помещали в темноту при 26 ± 2 °С. Затем каллусы культивировали на отборочной среде для каллуса (CSM), содержащей 60 мг/л генетина, субкультивировали на CSM каждые 10 дней и помещали в темноту при 26 ± 2o C.
Через 30 дней здоровые каллусы культивировали на селекционной среде для регенерации (RSM), содержащей антибиотик 60 мг/л, для получения побегов. Планшеты помещали в комнату для выращивания в течение 4 недель при контролируемой температуре (26 ± 2 °C), 16 ч/8 ч светлого/темнового фотопериода, 500 мкм м-2 с-1 интенсивности света и контролируемой влажности35. Регенерированные побеги здоровья культивировали на корнеотборочной среде (RtSM), содержащей антибиотик 60 мг/л, в стеклянных банках и помещали в помещение для выращивания в указанных условиях. Через 4-6 недель предполагаемые трансформанты переносили в небольшие пластиковые горшки со стерилизованной песчаной почвой и помещали в комнату для выращивания в указанных условиях. Более 10 дней не требуется субкультивирование на среде для отбора каллуса (CSM).
Молекулярное подтверждение трансгенных растений сахарного тростника
Как описано ранее, геномную ДНК выделяли из молодых листьев предполагаемых трансгенных ростков сахарного тростника с использованием метода экстракции CTAB36. Качество и концентрацию ДНК оценивали с помощью спектрофотометра NanoDrop и электрофореза в агарозном геле. ПЦР-амплификацию селективного маркерного гена nptII (750.о.) и трансгена DREB1A (651.о.) проводили с использованием ген-специфических праймеров, перечисленных в таблице 1. Каждая ПЦР-реакция объемом 25 мкл содержала 1x ПЦР-буфер, 2,5 мМ MgCl₂, 0,2 мМ dNTP каждый, 0,4 мкМ каждого праймера, 1 U Taq ДНК-полимеразы, ~100 нг геномной ДНК и деионизированную воду до объема. Реакции протекали в амплификаторе при следующих условиях: начальная денатурация при 95 °С в течение 3 мин; 35 циклов при температуре 94 °C в течение 30 с, 58 °C в течение 30 с, 72 °C в течение 45 с; с последующим окончательным удлинением при 72 °C в течение 5 мин. Продукты ПЦР определяли на 1% агарозном геле и визуализировали под ультрафиолетовым светом для подтверждения амплификации. ПЦР-положительные (T0) трансгенные саженцы затем переносили в большие земляные горшки и закаляли в контролируемых тепличных условиях до созревания. После созревания сегменты тростника из пяти случайно выбранных ПЦР-подтвержденных событий T₁ были посажены и размножены на микроучастках в течение 12 месяцев для получения достаточного количества клональных наборов для эксперимента по стрессу от засухи. Примечание: После подтверждения генов nptII и DREB1A дополнительные амплификации ПЦР не проводились.
Исследование экспрессии DREB1A
Относительная экспрессия DREB1A в стрессовых листьях трансгенных и нетрансгенных растений сахарного тростника была количественно определена с помощью ПЦР в реальном времени (кПЦР). Общую РНК выделяли из ~100 мг ткани листа с помощью экстракционного реагента в соответствии с протоколом производителя. Качество РНК проверяли с помощью электрофореза в агарозном геле и количественно определяли с помощью спектрофотометра. Для каждого образца 2 мкг РНК были подвергнуты обратной транскрибции с использованием набора для синтеза кДНК в соответствии с инструкциями поставщика, с олиго(dT) праймерами.
Полученная кДНК была использована в качестве матрицы для амплификации DREB1A мощностью 188.н. с использованием ген-специфичных праймеров: прямого 5'-ACAGAGGAGTTCGTCGGAGA-3' и обратного 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. Каждая реакция кПЦР объемом 25 мкл содержала 12,5 мкл 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0,4 мкМ каждого праймера, 2 мкл разбавленной кДНК (~100 нг матрицы) и безнуклеазную воду для доведения объема до 25 мкл. Реакции проводили в трех экземплярах на термоамплификаторе с использованием следующей программы: начальная денатурация при 95 °C в течение 5 мин, затем 40 циклов при температуре 95 °C в течение 30 с, 56 °C в течение 30 с и 72 °C в течение 30 с, с окончательным продлением при 72 °C в течение 10 мин.
Для подтверждения эффективности и линейности реакций количественной ПЦР первоначально была построена стандартная кривая с использованием 10-кратных серийных разведений плазмидной ДНК, содержащей клонированный фрагмент DREB1A . Однако для анализа экспрессии относительная количественная оценка проводилась с использованием метода 2−ΔΔCt 37. Ген актина служил эндогенным эталоном, а уровень экспрессии DREB1A в каждой трансгенной линии был нормализован до уровня контроля дикого типа. Все значения Ct были собраны с использованием автоматических базовых и пороговых настроек, рекомендованных программным обеспечением прибора. Были приняты только кривые плавления с одинарными, острыми пиками, подтверждающие специфику. Высококачественная, недеградированная РНК имела важное значение для точного количественного определения. Нечистые или деградированные образцы РНК были исключены, чтобы избежать снижения надежности синтеза кДНК и последующего анализа экспрессии генов.
Исследование DREB1A -опосредованных изменений в сахарном тростнике: эксперимент по водному стрессу20,34
Через 1 год на глубину 5 см в земляные горшки, содержащие 18 кг почвы, были посеяны три репликации из пяти сегментов тростника (по два узла на сегмент) трансгенных и нетрансгенных (дикого типа) растений (ECe 1,34; 2,72 рияла; рН 7,8). Применялись три режима водного стресса: 100, 80 и 60% FC (Таблица 2). Фотосинтетическая активность сахарного тростника (PN, E и gs) и водные отношения растений (Ψw, Ψs и RWC) были изучены через 12 месяцев. Не стоит менять установленные водные режимы, так как это скажется на консистенции обработок.
Определение фотосинтетической активности
После 180 дней водного стресса параметры газообмена — скорость фотосинтеза (PN), скорость транспирации (E) и устьичная проводимость (г/с) — были измерены как в трансгенных, так и в диких растениях сахарного тростника с помощью портативной портативной системы фотосинтеза. Измерения проводились в период с 09:00 до 11:00 утра с использованием третьего полностью развернутого листа с верхушки каждого растения. Выбранный лист был аккуратно вставлен во встроенную прозрачную камеру для листьев (площадь зажима 3 см2 дюйма), обеспечивая полный контакт без складок и препятствий. Условия окружающей среды регистрировались системой в режиме реального времени, в то время как интенсивность света поддерживалась на уровне около 1000 мкмоль/м-2 с-1 при естественном солнечном свете. Прибору позволяли уравновешиваться в течение 30-60 с до тех пор, пока не были получены стационарные показания для ассимиляцииCO2 и обмена водяного пара. Внутренние датчики прибора автоматически регистрировали температуру листьев, относительную влажность и концентрациюCO2 в окружающей среде. Для каждого генотипа и лечения измерения были воспроизведены по крайней мере на трех биологически независимых растениях, а данные хранились внутри компании, а затем экспортировались для анализа. Были приняты меры для поддержания постоянных условий окружающей среды на всех репликациях для обеспечения надежности данных.
Определение водного потенциала листьев и осмотического потенциала
Водный потенциал (Ψw) третьего полностью развернутого листа от верхушки растений определяли с помощью барокамеры типа Шоландера. Затем листья замораживали при -20 °C в пробирках объемом 1,5 мл, а клеточный сок, полученный из замороженных листьев, использовали для анализа осмотического потенциала (Ψс) с помощью осмометра.
Определение относительного содержания воды в листьях
Подробно изучено содержание воды в листьях растений трансгенного и дикого типа. Был измерен вес листьев в свежем виде, и листья были погружены в дистиллированную воду на ночь. Впоследствии регистрировали упругий вес листьев, тогда как сухой вес определяли путем инкубации листьев при 70 °C в течение 72 часов. Leaf RWC рассчитывался по следующей формуле:

ПРИМЕЧАНИЕ: Для точного анализа осмотического потенциала с помощью осмометра листья должны быть заморожены при температуре -20 °C после определения водного потенциала.
Атрибуты доходности
Характеристики урожайности сахарного тростника измерялись на стадии сбора урожая, такие как высота тростника (см), диаметр, количество поддающихся измельчению тростников, шкала Брикса (%), а также биомасса побегов и корней.
Статистический анализ
Полевые эксперименты (контролируемые с помощью забора) проводились с использованием рандомизированной схемы полного блока с тремя повторами на обработку (пять растений на реплику; n = 15). Проведен двухфакторный дисперсионный анализ с целью анализа изменений различных агрономических и физиологических признаков на уровне значимости P ≤ 0,05.