Малые внеклеточные везикулы (sEV), обычно диаметром от 30 до 200 нм, естественным образом выделяются клетками в биологические жидкости и содержат белки, липиды и нуклеиновые кислоты, указывающие на их происхождение 1,2,3. Поскольку неинвазивные биомаркеры присутствуют в слюне, моче и других биологическихжидкостях 4, они несут потенциал для ранней диагностики, прогноза и терапевтического мониторинга, особенно вонкологии 5,6,7. Однако их клинический перевод затрудняется высокой гетерогенностью и низким содержанием в сложных биологическихматрицах 8. Для преодоления таких проблем этот протокол использует поверхностно-усиленную рамановскую спектроскопию (SERS) — мощный аналитический метод, способный усиливать рамановское рассеяние до10 10-10 11 раз через плазмонныесубстраты 9, 10, 11. SERS захватывает внутренние молекулярные «отпечатки» отдельных sEV за считанные секунды, позволяя проводить сверхчувствительный анализ по однопузырькам и при этом избегая длительного времени анализа.
Наш метод синергетически сочетает SERS на основе безметок для достижения быстрой и сверхчувствительной характеристики отдельных sEV 12,13,14,15,16. SERS без меток фиксирует внутренние биохимические сигнатуры и, в сочетании с моделями машинного обучения, такими как LDA, SVC, доказано различает sEV, полученные из здоровых и больных клеток с высокойспецифичностью 13. Для дальнейшего повышения воспроизводимости и количественных возможностей нашей платформы наш метод полностью совместим с рамановыми субстратами, покрытымиграфеном 16. Однослойный графен обеспечивает химически однородную поверхность, стабилизирующую плазмонные горячие точки и усиливающую молекулярную адсорбцию17,18, а ещё важнее — однослойный графен служит «встроенным» индикатором сигналовSERS 12,19, что позволяет количественно оценивать обнаруженные молекулы. Несмотря на то, что диаметр лазерного луча Рамана (~ 1 мкм) больше, чем у типичного sEV, наша платформа обеспечивает эффективное одновезикулное разрешение благодаря уникальному взаимодействию физических и статистических механизмов. Квазипериодическая золотая нанопирамидная подложка генерирует высоколокализованные плазмонные «горячие точки» размером меньше 100 нм, которые усиливают рамановские сигналы сверхлинейнымобразом 12. В результате сигнал от sEV, стохастически ближе всего к самой интенсивной горячей точке в пучке, доминирует в спектре. Кроме того, визуализация SEM подтверждает, что sEV расположены на больших расстояниях (> 1 мкм друг от друга), минимизируя спектральное перекрытие, а рамановские карты интенсивности показывают локализацию сигнала, соответствующую размеру отдельныхпузырьков 13,14. Вместе эти признаки гарантируют, что каждый собранный спектр преимущественно соответствует одному sEV, что позволяет проводить статистически надёжный, безметочный анализ по однопузырькому. В сравнении с традиционными методами, такими как вестерн блот, масс-спектрометрия или обычное рамановское рассеяние, требующие больших объёмов образца и не способные разрешить отдельныевезикулы 20, наша платформа SERS с одной везикулой обеспечивает превосходную чувствительность, пропускную способность и молекулярное разрешение. Этот рабочий процесс подходит для исследователей, стремящихся разработать минимально инвазивные, высокоразрешающие диагностические инструменты или исследовать гетерогенность sEV и эффективность загрузки лекарств в индивидуализированных терапевтических исследованиях. В этом протоколе мы демонстрируем, как наша платформа SERS использует отдельные sEV для обеспечения выявления заболеваний и терапевтических применений, особенно при раке, включая весь рабочий процесс изоляции везикул, подготовки плазмонного субстрата, рамановского анализа и анализа данных с помощью машинного обучения.