Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Изучение механизма формулы Сан Цзе Тонг Май против атеросклероза с помощью сетевой фармакологии и протеомики

198 просмотров

⸱

DOI:

10.3791/70080

⸱

17 апреля 2026 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Cardiology, the Third Affiliated Clinical Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 2Department of Respiratory, The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 3The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine

В этой статье

Краткое содержание

Это исследование демонстрирует, что формула San Jie Tong Mai снижает атеросклероз у мышей ApoE-/ , регулируя метаболизм глюкокортикоидов, опосредованный Hsd11b1, тем самым улучшая дислипидемию и сосудистое воспаление. Интегрированные сетевые фармакологии, протеомики и молекулярного докинга выявляют многокомпонентный, многоцелевой синергетический механизм, лежащий в основе её антиатеросклеротических эффектов.

Аннотация

Целью данного исследования было выяснить механизм применения формулы Сан Цзе Тонг Май (SJTMF) против атеросклероза (АС), одной из ведущих причин сердечно-сосудистых заболеваний. Используя мышиные модели ApoE-/ - мы показали, что SJTMF значительно подавляет прогрессирование AS бляшек. В рамках интегрированной стратегии сетевой фармакологии и протеомики были выявлены пять основных биоактивных компонентов: бета-ситостерол, нарингенин, лютеолин, изорхамнетин и 3бета-гидрокси-24-метилен-8-ланостен-21-оиновая кислота. Одновременно протеомика выявила 129 белков, связанных с AS, которые экспрессировались дифференцированно. Молекулярное стыковывание подтвердило взаимодействия связывания с высокой аффинностью между этими компонентами и ключевой целью Hsd11b1, при этом все их энергии связывания были ниже -5 ккал/моль. Механистические исследования также показали, что SJTMF может регулировать метаболизм глюкокортикоидов, опосредованный Hsd11b1. Эта регуляция способствует значительному улучшению как дислипидемии, так и сосудистого воспаления, тем самым подавляя развитие АС. В совокупности эта работа впервые демонстрирует инновационный механизм, с помощью которого формула традиционной китайской медицины оказывает анти-АС эффект через многокомпонентную синергетическую регуляцию мишени Hsd11b1 , предлагая новые идеи для терапевтического вмешательства.

Введение

Атеросклероз (АС), хроническое воспалительное заболевание, поражающее системную сосудистую систему, является основной патологической основой сердечно-сосудистых и цереброваскулярных событий1. Патогенез включает сложные взаимодействия генетических, экологических, психосоциальных и многофакторных патологических факторов, проявляя многоступенчатые и полигенные характеристики. Хотя современные терапевтические методы — особенно препараты, понижающие липиды, такие как статины и ингибиторы пропротеин конвертаза субтилизина/Kexin Type 9 (PCSK9) — эффективно снижают уровень холестерина липопротеинов низкой плотности (LDL-C), они не полностью устраняют остаточный риск воспалительных заболеваний, вызывающий повторяющиеся сердечно-сосудистыесобытия 2. Кроме того, побочные эффекты, связанные с терапией (например, диабет с новым началом, миотоксичность, нарушение гепаторена) ограничивают длительное применение и усиление терапии понижениялипидов 3,4. Эти ограничения подчёркивают необходимость дополнительных подходов, направленных непосредственно на сосудистое воспаление, включая противовоспалительные терапии, чтобы дополнительно снизить сердечно-сосудистый риск, выходящий за рамки одного липидного снижения.

В традиционной китайской медицине (ТКМ) АС относится к категориям «грудная заболевание» (Сюн Би) и «накопление сосудов» (Май Цзи), при этом основным патогенезом признаётся «запутанность мокроты и стазиса» (Танью Хуцзе). Руководствуясь принципом «гидротерапии, трансформирующего стазис» (Yuneng Huashui), наша исследовательская группа разработала «Формулу San Jie Tong Mai (SJTMF)», состоящую из 14 трав, включая Salvia miltiorrhiza (Danshen) и Whitmania pigra Whitman (Shuizhi), для синергетического устранения мутности мокроти, рассеивания стазиса и стимулирования диуреза. Предварительные клинические исследования продемонстрировали эффективность SJTMF в значительном улучшении липидных профилей и стабилизации/обращении атеросклеротических бляшек у пожилых пациентовс АС 5 сонной артерии. Экспериментальные исследования также показали его способность ингибировать прогрессирование АС путём модулирования поляризации макрофагов иаутофагии 6,7. Тем не менее, многокомпонентные, многоцелевые и многопутные характеристики формул ТКМ создают трудности для систематического разъяснения их интегрированных регуляторных механизмов с использованием традиционных редукционистских подходов.

Для изучения молекулярных механизмов, опосредовывающих антиатеросклеротические эффекты SJTMF, и решения их проблем, в этом исследовании была использована интегрированная междисциплинарная стратегия. Сетевая фармакология, концептуализированнаяХопкинсом 8,9, была использована для построения многомерной сети «травяной компонент-таргет-путь заболевания». Этот подход облегчил прогнозирование основных активных соединений SJTMF и потенциальных терапевтических целей для вмешательства AS, что соответствует целостным регуляторным особенностям TCM. В дополнение к этому технология протеомики, использующая высокопроизводительный и высокоточный качественный и количественный анализбелков 10, динамически отслеживала изменения профиля экспрессии белков, ассоциированных с AS, после вмешательства SJTMF на животных моделях. Это позволило идентифицировать ключевые молекулы эффектора и сигнальные события, предоставив экспериментальные доказательства для механистических исследований. Впоследствии были проведены высокоточные молекулярные стыковочные симуляции для оценки режимов связывания и энергии связи между основными мишенями, предсказанными сетевой фармакологией, и ключевыми биоактивными компонентами, что стало теоретической основой для потенциальных взаимодействийкомпонент-мишень 11. В сравнении с альтернативными подходами, такими как использование исключительно прогнозов фармакологии сети (склонных к высоким показателям ложноположительных результатов и отсутствия экспериментальной валидации)12 или сочетание только протеомики с молекулярным стыкингом (что может не учитывать системные взаимодействия, предсказанные анализом сети), эта интегрированная стратегия синергетически решает эти внутренние ограничения13.

Интегрируя многомерные методы, это исследование направлено на систематическое выяснение ключевой фармакодинамической материальной основы, основной целевой сети и многопутных синергетических механизмов SJTMF. Таким образом, обеспечивая механизмно-ориентированную теоретическую поддержку для продвижения модернизации ТКМ и разработки инновационных лекарств.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

Все процедуры на животных проводились с одобрения Комитета по экспериментальным животным Университета китайской медицины Чанчунь (Этическое одобрение No 2023521). В исследование были включены специфические самцы C57BL/6J и ApoE⁻/⁻ (5 недель, 18-22 г) (Лицензия для лабораторных животных No SCXK (JI) 2023-002 и SCXK (SU) 2021-0013). Информация о реагентах и приборах приведена в Таблице материалов.

1. Сетевая фармакология

  1. Прогнозирование активных компонентов и целей SJTMF
    1. Проводите скрининг активных компонентов Salvia miltiorrhiza, Panax notoginseng, Artemisia scoparia, Poria cocos, Alisma plantago-aquatica L, Amomum villosum, Santalum albumL, Citrus aurantium и Citrus reticulata peel с использованием пероральной биодоступности (OB) ≥ 30 % и подобия препарата (DL) ≥ 0,18 в качестве критерия.
    2. Проводите скрининг активных компонентов Whitmania pigra Whitman, Bombyx batryticatus, Periostracum cicadae, Caulis Bambusae в Taeniam и Ophicalcitum , применяя правило пяти Липинского со следующими параметрами: miLogP ≤ 5, nOHNH ≤ 5 и nOH ≤ 10.
    3. Комбинируйте скрининговые соединения с их кодами SMILES для прогнозирования целей соединений.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для получения информации о двух вышеупомянутых базах данных см. Таблицу материалов.
  2. Прогнозирование целей, связанных с АС, и построение сети «препарат-компонент-мишень».
    1. Используйте базу данных GeneCards для получения мишеней заболеваний, связанных с АС, с использованием стандартизированной терминологии заболеваний.
    2. Используйте программное обеспечение Venny 2.1 для выявления пересекающихся целей между SJTMF и AS как потенциальных терапевтических целей SJTMF для АС.
    3. Используйте Cytoscape 3.9.1 для построения схемы сети «лекарство-компонент-мишень».
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для подробностей о вышеупомянутых базах данных см. Таблицу материалов.

2. Акклиматизация

  1. Размещайте всех мышей в помещениях с SPF (24 °C; влажность 50-60%; 12 часов цикл свет/темнота). Предоставляйте стандартную еду и воду ad libitum. Дайте 7 дней на акклиматизацию перед экспериментами.

3. Подготовка SJTMF

  1. Приготовьте формулу из 14 трав, содержащая: Salvia miltiorrhiza (Dan Shen) 30 г, Artemisia scoparia (Yin Chen) 10 г, Panax notoginseng (San Qi) 10 г, Poria cocos (Fu Ling) 10 г, Amomum villosum (Sha Ren) 10 г, Alisma plantago-aquatica L (Ze Xie) 30 г, Santalum albumL (Tan Xiang) 10 г, цитрусовую ретикулата ( Chen Pi) 10 г, Citrus aurantium (Zhi Qiao) 10 г, Whitmania pigra Whitman (Shui Zhi) 10 г, Periostracum cicadae (Chan Tui) 10 г, Bombyx batryticatus (Jiang Can) 10 г, Caulis Bambusae in Taeniam (Zhu Ru) 10 г и Ophicalcitum (Hua Rui Shi) 30 г.
  2. Травяные материалы декокта (всего 1 800 г) 3× с 8 объёмами дистиллированной воды (1,5 часа на экстракцию).
  3. Профильтруйте через марлю и нейлон с 100-сеткой.
  4. Концентрируйте фильтрат при 60 °C (плотность: 1,23-1,27). Сухой концентрат под пониженным давлением при 70 °C.
  5. Измельчить высушенный экстракт через 80-сетчатое решето (выход: 20,6 %).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Согласно ранее опубликованномуотчету 7, мыши получили 3,56 г∙кг⁻¹∙⁻¹⁻¹ экстракта SJTMF (нормализованного по площади поверхности тела).

4. Создание модели

  1. Индуцировать АС у мышей с ApoE-/ - с помощью 12-недельной диеты с высоким содержанием жира (HFD; 20% жира, 1,25 % холестерина). Измеряйте массу тела с интервалом в 7 дней для мониторинга метаболизма.
  2. Назначить мышей C57BL/6J в контрольную группу (контрольная, нормальная диета + физиологический раствор). Случайным образом распределите успешно смоделированные мыши на четыре группы: модельная группа, группа аторвастатина (0,0026 мг/г аторвастатина), группа SJTMF-L (низкодозовый SJTMF, 3,56 г∙кг-1∙день-1), группа SJTMF-H (высокая доза SJTMF, 7,12 г∙кг-1∙день-1)7. Проводите все вмешательства по стандартизированной гаваге 0,4 мл утром в течение 4 недель.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Стандартные решения SJTMF были подготовлены согласно установленномупротоколу 7. Экспериментальные вмешательства начались на 9-й неделе, при этом утренняя дозировка сохраняла клинический временной ритм. Мыши были определены как успешные модели, когда в аорте были обнаружены явные атеросклеротические бляшки с помощью масляного красногоокрашивания 7.

5. Сбор образцов, сбор и сохранение аорты

ПРИМЕЧАНИЕ: После 4 недель внутрижелудочного введения всех мышей голодайте в течение 12 часов (вода ad libitum). Измерьте конечный вес тела, затем пожертвуйте им через вывих шейки матки под анестезией.

  1. Разрезать живот мыши до ксифовидного отростка.
  2. Изолировать аорту от корня аорты до общей подвздошной артерии.
  3. Удалять избыточную жировую ткань и пересекать аорту примерно на 1 см дистально от дуги аорты.
  4. Зафиксируйте аорту в параформальдегиде или быстро заморозьте её в жидком азоте.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Соберите сыворотку и храните ткани аорты при -80 °C для дальнейшего анализа.
  5. Окрашивание HE
    1. Поместить секции в ксилол по очереди по 20 минут каждый, всего дважды; Затем переведите на абсолютный этанол по 10 минут каждый, всего дважды. Гидратировать секции, проходя через нисходящую серию этанола (95%, 90%, 80%, 70%), 5 минут на концентрацию.
    2. Последовательно окрашивайте 0,4% гематоксилина в течение 3-8 минут, затем раствором эозина 0,5% 1-3 минуты.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Хорошо промывайте дистиллированной водой между этапами.
    3. Дегидратируйте с помощью восходящей серии этанола (95% до абсолютного этанола), 5 минут на концентрацию. Прозрачные срезы в ксилоле по 5 минут каждый, всего дважды. Дайте полностью высохнуть на воздухе, затем крепите с нейтральной смолой.
    4. Наблюдайте под микроскопом и делайте снимки.

6. Полная подготовка белка из образцов ткани аорты

ПРИМЕЧАНИЕ: Белки были выделены из аортальных тканей каждой из трёх экспериментальных групп (контрольная группа, модельная группа, группа SJTMF-H).

  1. Гомогенизировать ткани аорты в буфере лизиса (1,5% SDS/100 мМ Tris-HCl, pH 8,5), затем инкубировать при 95 °C в течение 15 минут для достижения денатурации белка.
  2. Охладите образцы, затем центрифугуйте их при 12 000 × г и 4 °C в течение 5 минут и соберите супернатант. Осаживайте белки в супернатанте с помощью метода ацетонного осадки.
  3. Растворить белковый осадок (8 м мочевины / 100 мМ Tris-HCl, pH 8,5), затем подготовить набор для анализа BCA согласно инструкции производителя и определить общую концентрацию белка см. Таблицу материалов).
    ПРИМЕЧАНИЕ: При таком же содержании белка в разных образцах, растворённый раствор использовался для заполнения всех образцов до одинакового объёма.
  4. Проводите восстановление и алкилирование белков с помощью TCEP и CAA при 37 °C в течение 1 часа.
  5. Добавьте трипсин (1:50) в образец белка и инкубируете при 37 °C в течение 24 часов (см. таблицу материалов).
  6. Используйте TFA, чтобы скорректировать pH до 6.0 и прекратить пищеварение. Центрифугуйте образец при 12 000 × г в течение 15 минут, затем очистите пептиды из супернатанта с помощью собственной колонки для очистки соли SDB-RPS (см. таблицу материалов).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Пептидный элюат был вакуумно высушен и хранён при -20 °C для последующего использования.

7. Жидкостная хроматография — тандемная масс-спектрометрия (LC - MS/MS)

  1. Введите 200 нг пептидного дигеста с объёмом инъекции 1 мкл на колонку ловушки C18 (75 мкм × 2 см, 3 мкм, 100 Å). Пептиды затем разделялись на аналитической колонке C18 с обратной фазой (75 мкм × 15 см, 1,7 мкм, 100 Å) при расходе 0,3 мкл/мин.
  2. Используйте воду с 0,1% муравьиной кислотой (FA) в качестве подвижной фазы A и ацетонитрил (ACN) с 0,1% FA в качестве подвижной фазы B (см. таблицу материалов). Применяйте линейный градиент от 12% до 30% B за 0-12 минут, затем увеличивайте с 30% до 80% B за 12-15 минут, и поддерживайте 80% B в течение 15-18 минут для промывания колонны. Установите расход на 0,300 мкл/мин с 0 до 15 минут, затем увеличьте до 0,400 мкл/мин с 16 до 18 минут. Установите капиллярное напряжение на 1500 В.
  3. Получите спектры MS и MS/MS в диапазоне от 100 до 1700 м/з.
  4. Сканируйте подвижность ионов в диапазоне от 0,6 до 1,6 Vs/см². Установите время накопления и время набора на 50 мс.

8. Анализ функции белка

ПРИМЕЧАНИЕ: Дифференциально экспрессированные белки (DEP) из протеомики были пересечени с ключевыми целями из сетевой фармакологии, а перекрывающиеся целевые белки были отобраны для функциональной аннотации по Gene Ontology (GO) и анализа обогащения путей Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG). Функциональные категории и пути с P < 0,05 считались значимыми.

  1. Анализируйте исходные данные DIA в режиме без библиотеки.
  2. Ищите файлы спектров по базе секвенций белков мыши.
  3. Задайте основные параметры поиска.
    1. Включите опции генерации ионов предшественников для генерации спектральной библиотеки с прогнозируемым силицием.
    2. Укажите фермент с максимальным пропуском 2 разрезов (см. таблицу материалов).
    3. Установите карбамидометилирование цистеина (C) как фиксированную модификацию.
    4. Определите окисление метионина (M) и N-терминальную ацетилирование белка как вариативные модификации.
    5. Установите массовую точность прекурсора и массовую точность MS1 на 15 ppm.
    6. Включите совпадение между запусками и эвристический вывод белков.
    7. Установите порог уровня ложного обнаружения (FDR) на уровне 1% для надёжной идентификации.
  4. Проведите анализ DIA-NN (1.8.2 beta 11).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Проведите количественную оценку на уровне белков с помощью DIA-NN и проведите биоинформатический анализ и визуализацию с использованием R. Существенно, что значения DEP были определены значением P, полученным из порогов t-теста Стьюдента и изменения сгиба.

9. Молекулярная стыковка

  1. Скачайте трёхмерную кристаллическую структуру целевого белка из базы данных RCSB PDB и сохраните её в формате PDB; в то же время скачайте молекулярную структуру активного компонента SJTMF из базы данных PubChem и сохраните её в формате SDF.
  2. Используйте PyMOL 2.6.0 для удаления воды и гидрогенизации целевой структуры белка, удаления нерелевантных эндогенных лигандов и сохранения обработанной структуры белка в формате PDB; получить параметры стыковочного кармана через плагин Getbox PyMOL, с параметрами сетки в коробке следующим образом: center_x = -7.2, center_y = 53.4, center_z = 30.6, size_x = 73.7, size_y = 85.9, size_z = 67.2, а количество конформаций стыковки num_modes = 10.
  3. Импортируйте обработанный файл целевого белка и файл основного соединения SJTMF отдельно в AutoDock Tools 1.5.6, чтобы конвертировать оба файла в формат PDBQT, затем выполните молекулярное докирование с AutoDock Vina 1.1.2 на основе вышеуказанных параметров сетки.
  4. Визуализируйте результаты молекулярного стыковки с помощью PyMOL.

10. Статистика

  1. Проведите статистический анализ.
  2. Выражаем результаты как среднее ± стандартное отклонение (SD).
  3. Уточнить использование теста Honest Significant Difference (HSD) Тьюки для пост-хок анализа после одностороннего ANOVA, когда данные достигли нормы и однородности дисперсий; примените тест Геймса-Хауэлла для гетероскедастических данных. Рассмотрим статистически значимость p < 0,05.
  4. Визуализируйте данные с помощью GraphPad Prism8.0.2.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

SJTMF подавляет образование атеросклеротических бляшек у мышей ApoE-/-
Для изучения ингибиторного эффекта SJTMF на АС была использована мышиная модель ApoE-/ - для мониторинга изменений массы тела и наблюдения за гистопатологическими изменениями в аорте. По сравнению с модельной группой, вмешательство SJTMF способствовало улучшению массы тела у мышей с ApoE-/- с HFD (рисунок 1A

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Хотя предыдущие исследования показали, что SJTMF оказывает противовоспалительное действие и индуцирует поляризацию макрофагов в моделях мышей ApoE⁻/⁻ 6,7, специфические молекулярные механизмы, лежащие в основе его антиатеросклеротической активности, остаются неясными. Принцип «одинакового лечения разных заболеваний» в традиционной китайской медицине основан н...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

У авторов нет конфликта интересов, которые можно было бы заявлять.

Благодарности

Это исследование было поддержано Фондом естественных наук провинции Цзилинь (No YDZJ202401644ZYTS).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
2-хлорацетамид (CAA)Сигма-ОлдричC0627-100G
4% решение с параформальдегидным исправлениемSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.80096618
0.5– 10 & микро; Микропипетка LЭппендорф4924000029
10 – 100 & micro; Микропипетка LЭппендорф4924000053
20 – 200 и микро; Микропипетка LЭппендорф4924000061
100 – 1 000 и микро; Микропипетка LЭппендорф4924000088
1000 и микро; Наконечники L PipetteNEST Life Science Co., Ltd.303216
10 & микро; Наконечники L PipetteNEST Life Science Co., Ltd.301016
20 & микро; Наконечники L PipetteNEST Life Science Co., Ltd.302106
Центрифуга на 15 млNEST Life Science Co., Ltd.601052
Центрифуга на 1,5 млNEST Life Science Co., Ltd.615601
База данных с использованием экспериментов с высокой производительностью и справочной базой данных традиционной китайской медицины (HERB)/http://herb.ac.cn/v2
Ацетонитрил (LC-MS)Термо Фишер СайентификA955-4
АцетонилацетонSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10000418
Аммиачная водаSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10011028
АвтоклавShanghai Sanshen Medical Devices Co., Ltd.YM75
Acclaim PepMap (75µ m*2cm, C18, 3µ м, 100 и Аринг;)Термо164535
AURORA ULTIMATE (75µ м*25см, 1,6 и микро; м, 100 и Аринг;)АВРОРАAUR3-25075C18-CSI
Набор для анализа белков BCASangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.C503021-0500
Настольная высокоскоростная холодильная центрифугаHunan Kecheng Instrument Equipment Co., Ltd.H1 - 16KR
Бромофенол БлюSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.71008060
Блочный обогревательИнструменты Ханчжоу МиуDKT-100
ХлороформSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10006818
Система хемилюминесцентной визуализацииХанчжоу Шэньхуа Технолоджи Ко., ООО.SH - 523
Чистая скамейкаСучжоу Цзинхуа Оборудование Ко., ОООSW-CJ-2D
Стекло для обложкиJiangsu Shitai Experimental Equipment Co., Ltd.10212450C
Cytoscape v3.9.1//
DIA-NN (V1.8.1)Институт Фрэнсиса Крикаgithub.com/vdemichev/DiaNN
Водяная ванна с постоянной температурой цифрового дисплеяЧанчжоуская Цзиннаньская Инструментальная Производственная Компания, Лтд.HH - W600
Разрушительный шейкерWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.TSY-B
Машина для обезвоживанияWuhan Junjie Electronics Co., Ltd.JT-12J
ЭозинWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.E8090
Встраивание парафинаSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.69019361
Этанол АбсолютSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10009218
Машина вложенияWuhan Junjie Electronics Co., Ltd.JB-P5
GraphPad Prism/8.0.2
Ледниковая уксусная кислотаSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10000218
GeneCards/https://www.genecards.org/
ГлицеринSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10010618
ГлицинBiofroxx1275GR500
Генная онтология (GO)/geneontology.org
ГематоксилинWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.G1140
Горизонтальный шейкерHaimän Qilinbeier Instrument Manufacturing Co., Ltd., ЦзянсуTS - 1
Гидрофобный барьерный загонServicebioWG1066-1
HCIСиньянский завод химических реагентовGB622-89
Высокоэффективная жидкостная хроматографияAgilent1200
ИзопропаноSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.80109218
Image-Pro PlusМедиакибернетикаВерсия 6.0
Система визуализацииNikonDS-Fi3
Микрорезактирующие ножницы IRIS-FineRWD Life Science Co., Ltd.S12004-09
Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)/www.genome.jp/kegg/
Микроскопический стеклоNantong Mevid Life Science Co., Ltd.PC2-301
Микроволновая печьGalanz Microwave Oven Electrical Appliances Co., Ltd.P70D20TL-P4
Мини-центрифугаDragon LabD1008E
Нейтральная смолаWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.G8590
NaClSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10019318
NCBI/www.ncbi.nlm.nih.gov
Бесконтактный ультразвуковой измельчительSCIENTZ08-III
n-БутанолSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.100052190
ДуховкаШанхайская компания Huitai Instrument Manufacturing Co., Ltd.DHG-9140A
PubChem/https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
Порошок фосфатного буфера PBSWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.P1010
Патологический микротомLeica Instruments Co., Ltd. (Шанхай)RM2016
Портативная центрифугаWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.D1008
R 4.5.1//
RIPA Lysis Buffer (1,5 ML)МейлунбиоMA0151
Додецилсульфат натрия (SDS)Сигма-ОлдричL3771-500G
SpeedVacДжеммиCV200
Программное обеспечение SPSSСтатистика IBM SPSSверсия 22
Щипцы для завязывания шововRWD Life Science Co., Ltd.FC11001R-11
Стереодисекцияющий микроскопRWD Life Science Co., Ltd.77001S
Spin Columns RMCWBIOCW0597S
timsTOF Pro масс-спектрометрBruker DaltonicstimsTOF Pro
База данных и анализа традиционных китайских медицинских систем фармакологии (TCMSP)/https://tcmspw.com/tcmsp.php
ТермомиксерИнструменты Ханчжоу МиуMTC-100
Трифторуксусная кислота (TFA)Сигма-Олдрич299537-500G
Трис(2-карбоксиэтил)фосфингидрохлорид (TCEP)Сигма-ОлдричC4706-10G
ТрипсинСигма-ОлдричT575-31N-10
Гомогенизатор тканейИнструменты Ханчжоу МиуMT-30K
Трис(гидроксиметил)аминометан (основание Tris)Сигма-ОлдричT1503-1KG
Система UltiMate 3000 RSLCnanoThermo ScientificUltiMate 3000 RSLCnano
UniProt (2023-01-03)Институт Фрэнсиса Крикаgithub.com/vdemichev/DiaNN
МочевинаСигма-Олдрич51456-500G
Venny2.1/https://www.bioinformatics.com.cn/static/others/jvenn/example.html
Вихревой миксерKylin-BellVORTEX-5
Пружинные ножницы VannasRWD Life Science Co., Ltd.S11001-08
Вода (LC-MS)Термо Фишер СайентификW6-4
КсилолSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10023418

Ссылки

  1. Mensah, G. A., Roth, G. A., Fuster, V. The global burden of cardiovascular diseases and risk factors: 2020 and beyond. J Am Coll Cardiol. 74 (20), 2529-2532 (2019).
  2. Sampson, U. K., Fazio, S., Linton, M. F. Residual cardiovascular risk despite optimal LDL cholesterol reduction with statins: The evidence, etiology, and therapeutic challenges. Curr Atheroscler Rep. 14 (1), 1-10 (2012).
  3. Katzmann, J. L., Packard, C. J., Chapman, M. J., Katzmann, I., Laufs, U. Targeting rna with antisense oligonucleotides and small interfering RNA: JACC state-of-the-art review. J Am Coll Cardiol. 76 (5), 563-579 (2020).
  4. Ward, N. C., Watts, G. F., Eckel, R. H. Statin toxicity. Circ Res. 124 (2), 328-350 (2019).
  5. Xie, T., Guo, J. The effect of the San Jie Tong Mai formula on elderly patients with carotid arteriosclerosis. Chinese Journal of Gerontology. 38 (22), in Chinese 5395-5397 (2018).
  6. Li, P., et al. San Jie Tong Mai Fang protects against atherosclerosis progression by regulating macroautophagy through the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway. J Cardiovasc Pharmacol. 82 (4), 333-343 (2023).
  7. Han, H., et al. Mechanism of san jie tong mai fang in atherosclerosis attenuation by JAK/STAT-mediated inhibition of macrophage M1 polarization. J Vis Exp. (221), e68546(2025).
  8. Hopkins, A. L. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 25 (10), 1110-1111 (2007).
  9. Hopkins, A. L. Network pharmacology: The next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 4 (11), 682-690 (2008).
  10. Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
  11. Pinzi, L., Rastelli, G. Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery. Int J Mol Sci. 20 (18), (2019).
  12. Huang, T., et al. Approaches in studying the pharmacology of Chinese medicine formulas: Bottom-up, top-down-and meeting in the middle. Chin Med. 13, 15(2018).
  13. Zhao, P., et al. Integration of transcriptomics, proteomics, metabolomics, and systems pharmacology data to reveal the therapeutic mechanism underlying the Chinese herbal BuFei Yishen formula for the treatment of chronic obstructive pulmonary disease. Mol Med Rep. 17 (4), 5247-5257 (2018).
  14. Geng, X., et al. Determining the mechanism of action of the qishan formula against lung adenocarcinoma by integration of network pharmacology, molecular docking, and proteomics. Medicine (Baltimore). 102 (13), e33384(2023).
  15. Ru, J., et al. TCMSP: A database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 6, 13(2014).
  16. Li, H., et al. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of ge-gen-qin-lian decoction for treatment of type 2 diabetes. Evid Based Complement Alternat Med. 2014, 495840(2014).
  17. El Omari, N., et al. Unveiling the molecular mechanisms: Dietary phytosterols as guardians against cardiovascular diseases. Nat Prod Bioprospect. 14 (1), 27(2024).
  18. Feng, S., et al. Intake of stigmasterol and β-sitosterol alters lipid metabolism and alleviates NAFLD in mice fed a high-fat western-style diet. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863 (10), 1274-1284 (2018).
  19. Bodet, C., La, V. D., Epifano, F., Grenier, D. Naringenin has anti-inflammatory properties in macrophage and ex vivo human whole-blood models. J Periodontal Res. 43 (4), 400-407 (2008).
  20. Chtourou, Y., Slima, A. B., Makni, M., Gdoura, R., Fetoui, H. Naringenin protects cardiac hypercholesterolemia-induced oxidative stress and subsequent necroptosis in rats. Pharmacol Rep. 67 (6), 1090-1097 (2015).
  21. Luo, Y., Shang, P., Li, D. Luteolin: A flavonoid that has multiple cardio-protective effects and its molecular mechanisms. Front Pharmacol. 8, 692(2017).
  22. Luo, Y., et al. Isorhamnetin attenuates atherosclerosis by inhibiting macrophage apoptosis via PI3K/Akt activation and HO-1 induction. PLoS One. 10 (3), e0120259(2015).
  23. Xu, S., et al. Exploring the mechanisms of guizhifuling pills in the treatment of coronary spastic angina based on network pharmacology combined with molecular docking. Medicine (Baltimore). 103 (29), e39014(2024).
  24. Khalaf, K., et al. Cellular aspects of immunity involved in the development of atherosclerosis. Front Immunol. 16, 1461535(2025).
  25. Kadowaki, T. Insights into insulin resistance and type 2 diabetes from knockout mouse models. J Clin Invest. 106 (4), 459-465 (2000).
  26. Ginsberg, H. N. Insulin resistance and cardiovascular disease. J Clin Invest. 106 (4), 453-458 (2000).
  27. Taskinen, M. R. Diabetic dyslipidaemia: From basic research to clinical practice. Diabetologia. 46 (6), 733-749 (2003).
  28. Kamagate, A., et al. Foxo1 mediates insulin-dependent regulation of hepatic VLDL production in mice. J Clin Invest. 118 (6), 2347-2364 (2008).
  29. Mulvihill, E. E., et al. Nobiletin attenuates VLDL overproduction, dyslipidemia, and atherosclerosis in mice with diet-induced insulin resistance. Diabetes. 60 (5), 1446-1457 (2011).
  30. Rask-Madsen, C., King, G. L. Mechanisms of disease: Endothelial dysfunction in insulin resistance and diabetes. Nat Clin Pract Endocrinol Metab. 3 (1), 46-56 (2007).
  31. Han, S., et al. Macrophage insulin receptor deficiency increases ER stress-induced apoptosis and necrotic core formation in advanced atherosclerotic lesions. Cell Metab. 3 (4), 257-266 (2006).
  32. Rask-Madsen, C., et al. Loss of insulin signaling in vascular endothelial cells accelerates atherosclerosis in apolipoprotein E null mice. Cell Metab. 11 (5), 379-389 (2010).
  33. Braverman, J., Stanley, S. A. Nitric oxide modulates macrophage responses to mycobacterium tuberculosis infection through activation of hif-1α and repression of nf-κb. J Immunol. 199 (5), 1805-1816 (2017).
  34. Cao, C., et al. Ikkε knockout prevents high-fat diet-induced arterial atherosclerosis and NF-κB signaling in mice. PLoS One. 8 (5), e64930(2013).
  35. Gliozzi, M., et al. Modulation of nitric oxide synthases by oxidized LDLs: Role in vascular inflammation and atherosclerosis development. Int J Mol Sci. 20 (13), (2019).
  36. Chantong, B., Kratschmar, D. V., Nashev, L. G., Balazs, Z., Odermatt, A. Mineralocorticoid and glucocorticoid receptors differentially regulate NF-κB activity and pro-inflammatory cytokine production in murine BV-2 microglial cells. J Neuroinflammation. 9, 260(2012).
  37. Rask, E., et al. Tissue-specific dysregulation of cortisol metabolism in human obesity. J Clin Endocrinol Metab. 86 (3), 1418-1421 (2001).
  38. Livingstone, D. E., et al. Understanding the role of glucocorticoids in obesity: Tissue-specific alterations of corticosterone metabolism in obese Zucker rats. Endocrinology. 141 (2), 560-563 (2000).
  39. Kipari, T., et al. 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 deficiency in bone marrow-derived cells reduces atherosclerosis. Faseb J. 27 (4), 1519-1531 (2013).
  40. Charo, I. F., Taubman, M. B. Chemokines in the pathogenesis of vascular disease. Circ Res. 95 (9), 858-866 (2004).
  41. Hadoke, P. W., Kipari, T., Seckl, J. R., Chapman, K. E. Modulation of 11β-hydroxysteroid dehydrogenase as a strategy to reduce vascular inflammation. Curr Atheroscler Rep. 15 (5), 320(2013).
  42. Allerheiligen, S. R. Next-generation model-based drug discovery and development: Quantitative and systems pharmacology. Clin Pharmacol Ther. 88 (1), 135-137 (2010).
  43. Fleisher, B., Brown, A. N., Ait-Oudhia, S. Application of pharmacometrics and quantitative systems pharmacology to cancer therapy: The example of luminal a breast cancer. Pharmacol Res. 124, 20-33 (2017).
  44. Leil, T. A., Ermakov, S. Editorial: The emerging discipline of quantitative systems pharmacology. Front Pharmacol. 6, 129(2015).
  45. Zha, X., Ji, R., Li, Y., Cao, R., Zhou, S. Network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulation analysis reveal the molecular mechanism of halociline against gastric cancer. Mol Divers. 29 (5), 4693-4703 (2025).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Больше статей

Механизм атеросклерозапротеомный анализмыши с нокаутом гена ApoEбиоактивные компонентымолекулярный докингметаболизм глюкокортикоидовсосудистое воспалениемишень Hsd11b1
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.