Высокоразрешающая двухфотонная съёмка коры мозга взрослой мыши сильно ограничена рассеянием света от черепа, которое ослабляет сигналы и ограничивает глубину изображения in vivo. Хотя методы очищения черепа были разработаны для обеспечения оптического доступа к коре через целый череп, их практическая эффективность ограничена ограниченным временем очистки и неоптимальными коктейлями очищения. Здесь мы представляем подробный протокол реализации окна с оптически прозрачным черепом (HOTS), установленного на голове. В этом подходе для поддержания растворов очищения черепа использовалась на голове, что позволяло избежать длительного наркоза или физического ограничения и обеспечивало длительное очищение черепа (несколько часов) у бодрствующих, свободно ведущих себя мышей. Кроме того, была проведена двухэтапная процедура очищения с использованием реагентов (HOTS-S1: 10% масса/в ЭДТА, 15% масс/в D-манноза, 10% масс/в сульфолана, 0,5% масс/в Твин 20; HOTS-S2: 70% масса/в D-манноза, 5% массы/в сульфолана, 0,5% масс/в в Среднем возрасте 20), оптимизировано с помощью систематического химического скрининга. Мы предлагаем пошаговый протокол, включающий экспонирование и стабилизацию черепа, создание и установку крышки, установленной на голове, доставку и обновление очищающих реагентов, а также последующую подготовку к визуализации. У мышей возрастом 6 недель (~20 г) протокол HOTS регулярно создаёт высокопрозрачный череп, поддерживающий двухфотонную визуализацию корковых структур на глубинах до ~800 мкм ниже pia, что приближается к производительности окон с открытым черепом. Окно HOTS позволяет проводить структурную визуализацию у мышей Thy1-GFP-M и функциональную кальциевую визуализацию у мышей Thy1-GCaMP6s. Мы считаем, что как удобный и минимально инвазивный подход окно HOTS значительно способствует глубокой транскраниальной визуализации и оптогенетическим, фотофармакологическим и другим световым манипуляциям in vivo.