В этом исследовании участвовали только установленные коммерческие клеточные линии и не были включены участники на людях, клинические образцы или эксперименты на животных. Поэтому одобрение институциональной этики и информированное согласие не требовались. Все эксперименты проводились в соответствии с рекомендациями по безопасности лабораторных учреждений. Опасные реагенты обрабатывались в специально отведённых вытяжках с использованием соответствующих средств индивидуальной защиты (СИЗ). Химические и биологические отходы утилизировались в соответствии с институциональными правилами. Химикаты, наборы и реагенты, используемые в протоколе, перечислены в Таблице материалов.
1. Культура клеток
Макрофаги мышей RAW264.7, клетки шейки матки HeLa и HEK293T эмбриональных почечных клеток человека были приобретены в Клеточном банке Китайской академии наук (Шанхай, Китай). Все клетки содержались в модифицированной среде Eagle Medium (DMEM) от Dulbecco, содержащей 10% плодовой бычий сыворотки (FBS) и 1% пенициллин-стрептомицина. Среда культуры была установлена на уровне 37 °C с 5% CO₂ и насыщенной влажностью.
2. Анализ жизнеспособности клеток
Жизнеспособность клеток оценивалась с помощью анализа Cell Counting Kit-8 (CCK-8). Клетки RAW264.7 (2,5 × 104 ячейки/скважину) были покрыты пластинами на 96 лунок и культивированы ночью при 37 °C. Затем клетки обрабатывались различными концентрациями XTT в течение 24 часов с LPS или без него (0,5 мкг/мл). Концентрация ЛПС и продолжительность лечения были оптимизированы в предварительных экспериментах для индуцирования умеренных воспалительных реакций без значительной цитотоксичности. Впоследствии в каждую скважину добавляли по 10 мкл реактива CCK-8, и пластина поддерживалась при 37 °C в течение 2 часов. Поглощение измерялось при 540 нм с помощью считывателя микропластин.
3. Определение уровней NO и PGE₂ в клеточной культурной среде
Клетки RAW264.7 были покрыты в пластины с 24 лунками с плотностью 2,5 × 105 клеток на колодец и культивированы ночью при 37 °C. Клетки предварительно обработали XTT в течение 2 часов перед стимуляцией LPS или TNF-α (15 нг/мл) ещё 24 часа. Двухчасовой период до лечения был выбран для обеспечения адекватного взаимодействия между XTT и клеточными мишенями перед воспалительным вызовом. Уровни оксида азота (NO) и простагландина E₂ (PGE₂) в культурной среде были количественно измерены согласно протоколам производителя.
4. Количественная полимеразная цепная реакция в реальном времени (qRT-PCR)
Клетки RAW264.7 (2 × 10по 6 клеток) были обработаны в пластины с 6 лунками за ночь и предварительно обработаны различными дозами XTT в течение 2 часов перед вызовом LPS (0,5 мкг/мл) в течение 24 часов. Общая РНК была выделена с помощью реагента TRIzol согласно инструкциям производителя. Концентрация и чистота РНК оценивались с помощью спектрофотометра, а для дальнейших анализов использовались образцы с соотношением A260/A280 >1,8.
Общая РНК (2 мкг) была обратно транскрибирована в кДНК в итоговом реакционном объёме 20 мкл с использованием набора для синтеза кДНК. Количественная ПЦР в реальном времени проводилась с использованием химии SYBR Green на системе обнаружения ПЦР в реальном времени. Последовательности праймеров были следующими:
iNOS вперед: 5′-GGA TCT TCC CAG GCA ACC A-3′
iNOS реверс: 5′-AAT CCA CAA CTC GCT CCA AGA TT-3′
COX2 вперед: 5′-CAA CAC CTG AGC GGT TAC-3′
Реверс COX2: 5′-GTT CCA GGA GGA TGG AGT-3′
IL-1β вперед: 5′-GCC TTG GGC CTC AAA GGA AAG AAT C-3′
IL-1β реверс: 5′-GGA AGA CAC AGA TTC CAT GGT GAA G-3′
IL-6 Форвард: 5′-TGG AGT CAC AGA AGG AGT GGC TAA G-3′
IL-6 реверс: 5′-TCT GAC CAC AGT GAG GAA TGT CCA C-3′
TNF-α вперед: 5′-CAC CAC GCT CTT CTG TCT-3′
TNF-α реверс: 5′-GGC TAC AGG CTT GTC ACT C-3′
GAPDH Форвард: 5′-TGC ACC ACC AAC TGC TTA GC-3′
GAPDH реверс: 5′-GGC ATG GAC TGT GGT CAT GAG-3′
Процедура усиления ПЦР проводилась следующим образом: начальная денатурация при 95 °C в течение 5 минут, затем 39 циклов при температуре 95 °C в течение 15 с и при 60 °C в течение 30 секунд. Относительные уровни экспрессии генов рассчитывались с использованием метода 2−ΔΔCt с GAPDH в качестве внутреннего контроля.
5. Вестерн-блоттинг
После лечения клетки RAW264.7 были гомогенизированы в буфере RIPA, содержащем ингибиторы протеазы и фосфатазы. Эти ингибиторы готовили свежими непосредственно перед использованием, чтобы предотвратить деградацию и дефосфорилирование белка. Общий уровень белка был количественно измерен с помощью набора BCA. Равные количества белка отделялись электрофорезом геля с помощью 10% натрия додецилсульфата-полиакриламида и передавались на мембраны нитроцеллюлозы. После переноса мембраны инкубировали с 5% обезжиренным молоком, приготовленным в TBST, содержащем Tween-20 (TBST), для блокировки, а затем проследили первичными антителами (разбавление 1:1 000) ночью при 4 °C. Затем мембраны исследовали вторичными антителами, конъюгированными пероксидазой хрена (разбавление 1:5 000) в течение 1 часа при комнатной температуре. Белковые полосы были обнаружены с помощью системы обнаружения хемилюминесценцией, а интенсивность полос анализировалась с помощью денситометрической количественной оценки.
6. Иммунофлуоресцентный анализ
Клетки HeLa были посеяны в пластины с 6 лунками и предварительно обработаны XTT (8 мкм) в течение 4 часов перед стимуляцией TNF-α (15 нг/мл) в течение 30 минут. Этот 4-часовой прединкубационный период был выбран для максимизации поражения цели перед активацией NF-κB. Клетки фиксировались с помощью 4% параформальдегида в течение 15 минут и пермеабилизировали с помощью 0,25% тритона X-100 в течение 15 минут при комнатной температуре. После блокировки 2% бычьей сыворотки из бычьей сыворотки (BSA) и 10% козьей сыворотки, разбавленной в фосфатно-буферном физиологическом растворе (PBS), клетки инкубировали первичным антителом против p65 (разбавление 1:250) в течение ночи при 4 °C, после чего проводились зондирование с TRITC-конъюгированным вторичным антителом (разбавление 1:1 000) в течение 1 часа при комнатной температуре. Ядра были заменены DAPI (0,5 мкг/мл) в течение 5 минут в темноте. Флуоресцентные изображения были сделаны с помощью флуоресцентного микроскопа. Клетки HeLa были выбраны потому, что их большое соотношение цитоплазмы к ядру облегчает визуализацию ядерной транслокации p65.
7. Цитоплазматическое и ядерное фракционирование
Клетки HeLa были предварительно инкубированы XTT в течение 4 часов, а затем стимулированы TNF-α (15 нг/мл) в течение 30 минут. Клетки собирались, промывались холодным PBS и обработаны для экстракции цитоплазматического и ядерного белка с помощью коммерческого набора для ядерной и цитоплазматической экстракции белков согласно инструкции производителя. Все процедуры проводились на льду для сохранения целостности белка.
8. Клеточный термальный сдвиг (CETSA)
CETSA проводился как описаноранее 14. Примерно 1 × 107 клеток HeLa были собраны и повторно суспендированы в 500 мкл холодных PBS, содержащих ингибиторы протеаз, после чего лизировали через три цикла замораживания и оттаивания в жидком азоте. Клеточные лизаты центрифугировали при 20 000 × г в течение 15 минут при 4 °C. Полученные супернатанты были равномерно распределены на две группы и обработаны либо XTT (100 мкм), либо DMSO в течение 1 часа при комнатной температуре. XTT (100 мкм) применялся для повышения чувствительности к обнаружению в экспериментах ETSA. Образцы затем были аликотированы в семь пробирок и нагревались при указанных температурах в течение 3 минут, после чего инкубировали при комнатной температуре ещё 3 минуты. Для иммуноблоттинга были собраны растворимые белковые частицы.
9. Молекулярная стыковка
Анализ молекулярного стыковки был проведён как описановыше 14. Кристаллические структуры IKKβ (PDB ID: 3BRT и 4KIK) были извлечены из Белкового банка данных (PDB). Белковые структуры предварительно обрабатывались с помощью PyMOL (версия 2.3.4) для удаления молекул воды, исходных лигандов и примесей, а затем добавления атомов водорода. Были рассчитаны тарифы Gasteiger, а активные карманы идентифицированы с помощью AutoDock Tools (версия 1.5.6). Структуры белков затем сохранялись в формате PDBQT.
Структура XTT была сгенерирована в Chem3D (версия 15.1) и оптимизирована за счёт минимизации энергии. Полугибкая стыковка выполнялась с использованием AutoDock Vina (версия 1.1.2). Сетчатые коробки были созданы так, чтобы полностью закрывать активные карманы, в то время как все остальные параметры оставались на стандартных настройках. Для анализа были выбраны стыковочные позы с наименьшими энергиями связывания и наиболее стабильными конформациями. Энергии связывания ниже −5 ккал/моль считались признаком сильной связывающей связи согласно опубликованным критериям. PyMOL также применялся для визуализации режимов связывания и оценки водородных связей, гидрофобных взаимодействий, взаимодействий ван-дер-Ваальса и потенциальных сайтов связывания.
10. Статистический анализ
Все статистические анализы проводились с использованием программного обеспечения GraphPad Prism 5.0. Данные представлены как среднее ± стандартную ошибку среднего значения (SEM) из трёх независимых экспериментов. Статистическая значимость оценивалась с помощью одностороннего анализа дисперсии (ANOVA), за которым следовал пост-хок тест Даннетта. Значение p < 0,05 считалось статистически значимым.