$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
- МикроРНК, или микроРНК, — это небольшие некодирующие РНК, участвующие в регуляции генов. Их экспрессия изменяется во время рака и, следовательно, является потенциальными биомаркерами рака. Чтобы начать выделение микроРНК, возьмите только что собранный образец цельной крови и центрифугируйте при температуре 4 градуса Цельсия, чтобы отделить плазму от клеток крови. Перенесите надосадочную жидкость в свежую пробирку и снова центрифугируйте для получения более прозрачной плазменной надосадочной жидкости. Извлеките надосадочную жидкость, обработайте охлажденным раствором гомогенизации, а затем добавьте буфер для лизиса для гомогенизации образца. Добавьте раствор фермента протеиназы К для разрушения белков, особенно нуклеаз, которые в противном случае переварили бы РНК на последующих стадиях.
- Затем загрузите лизат в предназначенную для этого лунку предварительно собранного картриджа для извлечения нуклеиновых кислот. Добавьте раствор ДНКазы 1 в соответствующую лунку, чтобы устранить геномную ДНК из образца. Добавьте воду без нуклеаз в элюирующую трубку, собранную на картридже, для кондиционирования перед выделением микроРНК. Загрузите картридж в сборе в экстрактор нуклеиновых кислот. Выберите и запустите соответствующее программное обеспечение для очистки микроРНК. Когда все будет готово, извлеките элюирующую трубку, содержащую микроРНК, и храните при температуре минус 80 градусов Цельсия.
- В следующем протоколе мы показываем экстракцию микроРНК из образцов крови пациента для скрининга рака легких.
- Чтобы начать работу по этому протоколу, используйте вакуумные пробирки для сбора образца цельной крови объемом 10 миллилитров. Хранить при комнатной температуре.
- Не храните цельную кровь при низкой температуре, например 4 градуса Цельсия, чтобы избежать теплового удара и лизиса клеток, которые приводят к высвобождению неспецифической микроРНК.
- Центрифугируйте плазму в течение одного часа, чтобы отделить ее. Стараясь избегать контакта с лимфоцитарным кольцом, перенесите надосадочную жидкость в 15-миллилитровую трубку. Затем центрифугировать надосадочную жидкость в тех же условиях. Распределите 1 миллилитр этой надосадочной жидкости плазмы в 1,5 миллиметровые криовалиальные жидкости, стараясь не собирать фракцию плазмы со дна пробирки. Чтобы начать выделение РНК, добавьте 200 микролитров предварительно охлажденного раствора OMG в 200 микролитров плазмы на каждый образец. Чтобы обеспечить полную гомогенизацию, вортекс в течение 15-30 секунд. Чтобы гомогенизировать образец, добавьте 200 микролитров буфера для лизиса и 25 микролитров протеиназы К на образец и сделайте вихрь в течение 20 секунд.
- Затем инкубируйте образцы при температуре 37 градусов Цельсия в термомиксере в течение 15 минут. Далее выберите тканевый метод РСК микроРНК и загрузите картридж для каждого образца на палубный лоток автоматического экстрактора нуклеиновых кислот, правильно разместив поршень. Перенесите лизат и добавьте 5 микролитров раствора ДНКазы 1 в соответствующие места в картридже инструмента. К основанию каждой пробирки для элюирования добавьте 60 микролитров воды, не содержащей нуклеазы. Чтобы начать автоматическую очистку, запустите прогон. Храните общие образцы РНК при температуре минус 80 градусов Цельсия.