Выделение микробной ДНК кала: изучение влияния обогащения окружающей среды на разнообразие микробиома в модели опухоли мыши

- Обогащение окружающей среды, или ЭЭ, относится к изменению параметров жилья для получения благоприятного воздействия на различные заболевания, такие как рак. У мышей с опухолями ЭЭ активирует иммунную систему и уменьшает воспаление, что в конечном итоге улучшает микробиоту кишечника и повышает выживаемость. Чтобы изучить изменения в микробиоте кишечника, добавьте желаемое количество буфера для лизиса стула в пробирку, содержащую стул мыши.

Центрифугируйте образец и перенесите надосадочную жидкость в свежую микроцентрифужную пробирку. Добавьте буфер для лизиса хлорида гуанидиния, который денатурирует ДНКазу и РНКазу. Далее добавьте этанол и перенесите образец в спиновую колонну с диоксидом кремния.

Этанол помогает ДНК связываться с диоксидом кремния. Центрифугируйте образец. Теперь перенесите колонку в свежую микроцентрифужную пробирку и добавьте в колонку элюирующий буфер для элюирования ДНК.

Центрифугируйте образец и выбросьте колонку. Переложите образец в пробирку для ПЦР и запустите ПЦР для амплификации ДНК. Загрузите ДНК на агарозный гель и выполните электрофорез для количественной оценки размера микробной ДНК. В следующем протоколе мы выделим ДНК из стула, чтобы проанализиро