Выделение циркулирующей внеклеточной ДНК (cfDNA): мембранная процедура на основе диоксида кремния для извлечения cfDNA из плазмы крови онкологических больных

Циркулирующие бесклеточные ДНК или cfDNA представляют собой короткие фрагменты ДНК, высвобождаемые в основном раковыми клетками, подвергающимися апоптозу. cfDNA являются многообещающими биомаркерами рака и могут быть выделены из жидкостей организма, таких как плазма.

Чтобы выделить cfDNA, сначала необходимо получить образец плазмы пациента с раком. Затем обработайте плазму лизисным буфером, содержащим протеиназу К, хаотропные соли и несущую РНК. Хаотропные соли денатурируют белки, высвобождая связанные cfDNA из белков. Протеиназа К инактивирует нуклеазы, тем самым сводя к минимуму деградацию cfDNA.

После этого добавьте в образец нужный буфер привязки. Соберите спиновую колонку, содержащую твердофазную матрицу из диоксида кремния, на вакуумном аппарате. Загрузите образец в столбец. Подайте вакуум для пропускания образца через кварцевую мембрану.

РНК-носитель неспецифически связывается со стенками трубки. Это неспецифическое связывание вместе с присутствием солей в буфере способствует связыванию cfDNA с мембраной кремнезема, увеличивая восстановление cfDNA. Белки и другие загрязнения не задерживаются на мембране.

Теперь поместите спиновую колонку на трубку для сбора. Центрифуга для у