Метод круговой дихроизм-спектроскопии для изучения ДНК-белковых взаимодействий

АТФ-зависимые белки ремоделирования хроматина регулируют экспрессию генов в плотно упакованном хроматине, изменяя конформацию ДНК АТФ-зависимым образом.

Для изучения взаимодействий ремоделера хроматина с ДНК с помощью кругового дихроизма, или ХД, спектроскопии, берут раствор двухцепочечных ДНК-олигонуклеотидов. Нагрейте олигонуклеотиды для денатурации и поместите на лед.

Быстрое охлаждение приводит к тому, что ДНК перестраивается, формируя вторичные структуры. Переходная область от двухцепочечной к одноцепочечной обеспечивает оптимальное место связывания для ремоделеров хроматина.

Добавьте охлажденную при нагревании ДНК в кювету. Добавьте буфер, содержащий АТФ-зависимый ремоделитор хроматина, АТФ и ионы магния.

Ремодельер связывается с ДНК с последующим связыванием АТФ, содержащей ионный комплекс магния, с белком — активируя его. Активированный ремоделирующий гидролизует АТФ, индуцируя конформацию стволовой петли в ДНК.

Пропустите левый и правый свет круговой поляризации с разницей фаз 90° через образец. Оптически хиральная ДНК поглощает левый и правый циркулярно-поляризованный свет в разной степени.

Дифференциальное поглощение, называемое круговым дихроизмом, приводит к эллиптичес