Использование флуоресценции иммуно-РНК in situ для визуализации SARS-CoV-2

Возьмем, к примеру, фиксированные и проникнутые зараженные коронавирусом клетки Vero — линию клеток млекопитающих с дефицитом интерферона.

Внутри хозяина вирусная РНК присутствует в виде субгеномных или sgРНК, молекул РНК промежуточной длины, кодирующих специфические вирусные белки, синтезированные посредством транскрипции.

Добавьте зонды для гибридизационной цепной реакции или инициатора HCR.

Зонд HCR связывается со своей комплементарной последовательностью на целевой РНК.

Введите флуоресцентно меченные олигонуклеотидные зонды для шпилек, H-1 и H-2.

Инициирующий зонд связывается с его комплементарным хвостом H1, линеаризуя структуру шпильки.

Открытая последовательность H1 связывается со своим комплементарным хвостом H2.

Замыкающая последовательность H2 продолжает связываться с хвостом H1, усиливая флуоресцентные зонды вокруг целевой области и генерируя устойчивый сигнал.

Добавьте соответствующие антитела для визуализации цитоскелета клетки-хозяина.

Окрашиваем ядра с помощью DAPI.

Под флуоресцентным микроскопом инфицированные вирусом клетки демонстрируют красную флуоресценцию в цитоплазме, что указывает на наличие целевой РНК.

После фиксации и пермеабилизации клеток, как описано в