Хроматина анализ взаимодействия с парными-End тегов секвенирования (Chia-ПЭТ) для карт хроматина Взаимодействие и понимание регуляции транскрипции

32.1K просмотров

Цитируется: 17

21:55 мин.

30 апреля 2012 г.

30 апреля 2012 г.

32.1K просмотров

Yufen Goh^*¹ , Melissa J. Fullwood^*¹^,²^,³ , Huay Mei Poh¹ , Su Qin Peh¹ , Chin Thing Ong¹ , Jingyao Zhang¹ , Xiaoan Ruan¹ , Yijun Ruan¹^,³

¹Genome Institute of Singapore, Agency for Science, Technology and Research, Singapore, ²A*STAR-Duke-NUS Neuroscience Research Partnership, Singapore, ³Department of Biochemistry, National University of Singapore, Singapore

^* These authors contributed equally

Взаимодействие хроматина Анализ Двойное-End тегов секвенирования (Chia-ПЭТ) является методом De Novo Обнаружение хроматина взаимодействия, для лучшего понимания контроля транскрипции.

Больше видео

Протокол ChIA-PET

иммунопреципитация хроматина

лигация по принципу близости

секвенирование следующего поколения

фрагментация хроматина

очистка на магнитных частицах

расщепление рестрикционными энзимами

Chapters in this video

0:02

Название

1:00

Общий обзор анализа взаимодействий хроматина с использованием секвенирования парных меток (ChIA-PET)

2:15

ChIP — иммунопреципитация хроматина

4:24

Лизис клеток

5:07

Лизис ядер

7:11

Фрагментация хроматина

8:26

Промывка, предварительная очистка и нанесение антител на микросферы

10:08

Иммунопреципитация хроматина

11:20

Промывка и элюция

11:48

ChIA-PET — анализ взаимодействий хроматина с использованием секвенирования парных меток

12:29

Создание тупых концов фрагментов ДНК после ChIP

13:33

Лигирование биотинилированных полулинкеров к ДНК после ChIP

16:02

Элюция и лигация по близости фрагментов ДНК после ChIP

18:08

Иммобилизация ДНК ChIA-PET на стрептавидиновых микросферах

20:47

Заключение