Веб-инструмент для создания высокого качества в машиночитаемой форме биологических путей

Общая цель этого протокола состоит в том, чтобы использовать PathWhiz и Интернет для простого создания, репликации и распространения биохимических путей для различных целей и приложений. Этот инструмент позволяет ученым, преподавателям и студентам создавать визуально приятные и точные биохимические пути с высоким уровнем биологической детализации и сложности. PathWhiz — это бесплатная публичная галерея с тысячами путей и компонентов, которая совместима практически с любой операционной системой и может быть доступна и расширена всеми пользователями.

Начните с загрузки страницы PathWhiz в любом современном веб-браузере и нажмите на меню «Рисование». Нажмите кнопку «Новая траектория», чтобы начать новую траекторию, и введите имя дорожки, которую нужно нарисовать. Выберите тип пути из раскрывающегося списка.

Затем введите научное название организма в поле автозаполнения для поиска интересующего организма, а затем научное название вида и общее название. Выберите классификацию вида из выпадающего списка как Eucaryote или Procaryote и введите идентификатор таксономии из таксономии NCBI. Нажмите кнопку Создать вид и введите подробное описание пути.

Нажмите кнопку «Добавить ссылку», чтобы добавить внешние ссылки в путь соответствующим образом. Далее нажмите кнопку Создать контур. Появится белый холст с сеткой и серой строкой меню.

Щелкните ссылку «Добавить процесс» и выберите «Добавить реакцию», чтобы добавить первую визуализацию процесса. Введите интересующие вас реагенты, продукты или ферменты в поле автозаполнения для поиска существующих реакций. Затем пролистайте имеющиеся реакции.

Когда нужная реакция будет найдена, выберите ее. Далее следует ввод соответствующего имени элемента в поле автозаполнения для выбора подходящей стехиометрии и типа элемента. После того как все элементы в левой части реакции будут добавлены, выберите направление пути из выпадающего списка и нажмите «Добавить правый элемент», чтобы добавить товар.

Выберите стехиометрию и тип элемента, как показано выше, для всех элементов в правой части реакции. Затем нажмите «Добавить фермент», чтобы добавить фермент в реакцию. Введите название фермента в поле автозаполнения и выберите подходящий фермент.

Когда все элементы реакции будут добавлены, нажмите кнопку «Создать реакцию», чтобы сохранить новую реакцию и выбрать из выпадающих списков ориентацию, необходимую для первоначального рендеринга реакции. Затем нажмите кнопку «Создать реакцию» еще раз. Вновь созданная реакция будет отображена на холсте для рисования.

Чтобы отредактировать реакцию соответствующим образом, перетащите элементы реакции на холст, чтобы изменить их положение по желанию. Затем щелкните один раз по каждому элементу, чтобы добавить его к текущему выделению. Когда все элементы будут выбраны, перетащите их в соответствующую область холста и щелкните по элементам еще раз, чтобы отменить их выделение.

Чтобы получить доступ к боковой панели редактирования всплывающего окна, дважды щелкните химическое вещество и отредактируйте шаблон, биологическое состояние, Z-индекс и полные сведения о реакции. Чтобы отредактировать информацию обо всем процессе, дважды щелкните по любому из его элементов. Под серой строкой дополнительного меню нажмите ссылку «Редактировать выбранное» и выберите «Редактировать элемент» или «Редактировать процесс» в зависимости от ситуации.

Переместите элементы на холсте в нужное положение. Выделите интересующие реакционные края и отредактируйте их так, как показано только что для реакционных соединений и белков. После того как первая реакция будет нарисована нужным образом, щелкните произведение реакции, чтобы выбрать его.

Затем на вкладке «Добавить процесс» выберите «Добавить реакцию». Когда путь будет готов, щелкните ссылку «Путь» и выберите «Экспорт и просмотр». Выберите параметр «Цвет фона для изображений», чтобы выбрать синий или белый цвет фона для изображения, и выберите «да» или «нет» для параметра «Также создать упрощенную версию».

Затем нажмите «Создать файлы изображений». Когда изображение будет создано, нажмите кнопку «Показать в средстве просмотра», чтобы создать в браузере полностью гиперсвязанное изображение пути с высоким разрешением. Чтобы дублировать существующий путь, щелкните меню «Пути» и введите название интересующего пути в строке поиска.

Найдите путь для репликации и нажмите кнопку Replicate. Отредактируйте имя пути и введите новое описание пути. Затем нажмите кнопку «Создать путь», чтобы создать дубликат контура.

Чтобы просмотреть или загрузить путь, войдите в меню «Пути», найдите интересующий его путь, как только что было показано, и нажмите «Показать». Далее нажмите на кнопку с нужным PathWhiz ID рядом с надписью Show in Viewer и откройте вкладку Downloads. Затем нажмите на гиперссылки, чтобы загрузить путь в различных форматах файлов.

PathWhiz можно использовать для создания путей с различными типами содержимого и стилями. Включая традиционные метаболические пути, пути лечения заболеваний и лекарств, чтобы проиллюстрировать побочные эффекты и реакцию на лекарства, а также сигнальные пути белков. Пути могут быть богато окрашены со значительными биологическими подробностями или они могут быть преобразованы в простые черно-белые изображения.

После завершения эти пути могут быть просмотрены в интерактивном просмотрщике путей, загружены в виде изображений или экспортированы в несколько различных машиночитаемых форматов обмена данными для дальнейшего анализа. После освоения можно создать стандартный готовый к Интернету путь примерно за 15 минут. Однако более сложные пути могут занять больше времени.

При попытке выполнить эту процедуру важно помнить, что виды, выбранные для каждой отдельной реакции, всегда совпадают с видами пути, и подтвердить, что направление стрелок реакции правильное. После этой процедуры могут быть выполнены другие методы, такие как метаболический анализ, чтобы ответить на дополнительные вопросы о динамике или количественной оценке интересующих метаболитов. После своего развития этот метод проложил путь исследователям в области метаболомики и биологии к созданию тысяч готовых к работе в Интернете путей, иллюстрирующих широкий спектр биохимии человека, востока и кишечной палочки.

После просмотра этого видео у вас должно сложиться хорошее понимание того, как строить новые пути, воспроизводить и редактировать существующие, а также размножать ранее нарисованные пути различным организмам. Не забывайте, что блокировка пути делает его нередактируемым. Кроме того, имейте в виду, что вы можете выбрать создание открытых или частных путей, в зависимости от ваших предпочтений.