Исследование последовательности протеинов-структуры-динамики Отношения с Bio3D-web

16.4K просмотров

Цитируется: 2

09:51 мин.

16 июля 2017 г.

10.3791/55640-v

16 июля 2017 г.

16.4K просмотров

Shashank Jariwala^*¹ , Lars Skjærven^*² , Xin-Qiu Yao¹ , Barry J. Grant¹

¹Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan Medical School, ²Department of Biomedicine, University of Bergen

^* These authors contributed equally

Представлен протокол для онлайн-исследования взаимосвязей структуры-структуры-динамики белка с использованием Bio3D-web.

Больше видео

Анализ в Bio3D-web

выравнивание структур белков

анализ главных компонент

ансамблевый анализ нормальных мод

суперпозиция структур

анализ консервативности остатков

сравнение структур PDB

картирование конформационного разнообразия

интерактивный биомолекулярный анализ

Chapters in this video

0:05

Title

0:40

Structure Search and Selection (SEARCH)

6:52

Results: Bio3D-web Analysis of Adenylate Kinase

1:46

Multiple Sequence Alignment Analysis (ALIGN)

2:51

Structure Fitting and Analysis (FIT)

3:52

Principle Component Analysis (PCA)

5:24

Ensemble Normal Mode Analysis (eNMA)

8:01

Conclusion