Ретровирусное сканирование: определение сайтов интеграции MLV для определения регуляторных областей, специфичных для клеток

7.8K просмотров

10:10 мин.

28 мая 2017 г.

10.3791/55919-v

28 мая 2017 г.

7.8K просмотров

Oriana Romano¹^,² , Ingrid Cifola³ , Valentina Poletti⁴ , Marco Severgnini³ , Clelia Peano³ , Gianluca De Bellis³ , Fulvio Mavilio¹^,⁴ , Annarita Miccio¹^,²^,⁴^,⁵

¹Center for Genome Research, Department of Life Sciences, University of Modena and Reggio Emilia, ²Laboratory of Chromatin and Gene Regulation During Development, Imagine Institute, ³Institute for Biomedical Technologies, CNR, ⁴Généthon, ⁵Sorbonne Paris Cité - Université Paris Descartes

Здесь мы опишем протокол для общего геномирования сайтов интеграции вирусных ретровирусных векторов мышиной лейкемии Moloney в клетках человека.

Больше видео

ПЦР с использованием линкеров

переваривание геномной ДНК

рестрикционное переваривание

анализ методом проточной цитометрии

электрофорез в агарозном геле

подготовка библиотек

глубокое секвенирование

Chapters in this video

0:05

Title

0:45

MLV Transduction of Human Cells

1:41

Restriction Enzyme Digestion and Linker Ligation

3:05

First-round Linker-mediated PCR

3:43

Second Round Linker-mediated PCR

5:17

Library Preparation and Dilution for Massive Sequencing of MLV Integration Sites

7:53

Results: Mapping MLV Integration into Epigenetically-defined Regulatory Regions

9:23

Conclusion