IR-TEx: Инструмент интеграции данных с открытым исходным кодом для транскриптомики больших данных, предназначенный для гамбии переносчика малярии Anopheles

Этот протокол имеет важное значение, поскольку это первый случай, когда транскрипционные данные комаров Anopheles Gambiae были сделаны свободно и легко доступными в одном месте. Этот метод позволяет всем исследователям, даже тем, кто не имеет опыта работы в биоинформатике, свободно и легко получить доступ к данным экспрессии своих любимых генов и устойчивых к инсектицидам комаров. Для начала перейдите по ссылке в нижней части страницы проекта LSTM IR-TEx для запуска веб-приложения IR-Tex в веб-браузере.

Как только веб-страница инициализирована, нажмите кнопку Приложения в верхней части страницы, которая будет отображать приложение и связанные с ним выходы. Прочитайте каждый вывод, связанный с записью по умолчанию, в поле идентификации стенограммы. Выберите условия и наборы данных Anopheles Coluzzii, которые подвергаются воздействию инсектицидов пиретроидов или не подвергаются воздействию какого-либо класса инсектицидов и связанных с ними стенограмм с коэффициентом корреляции более 0,98.

Чтобы изучить выражение интересной стенограммы, сначала выберите стенограмму. Затем вввести идентификатор стенограммы в поле идентификации стенограммы, помня, что стенограммы заканчиваются в RX, зависящих от изоформы интереса. Выберите наборы данных для допроса, взяв соответствующие коробки для стран, включая статус экспозиции, виды, представляющие интерес, и класс интересов инсектицидов.

Убедитесь, что эти критерии приводят к большему, чем один включенный набор данных. Нажмите Обзор обновления в нижней части меню выбора или нажмите Return, игнорируя абсолютное значение корреляции на данный момент. Дайте приложению время для обновления.

Будь то первый график имеет Log2 Fold Изменение между резистентной популяции, и лаборатории восприимчивы комаров населения стенограммы интересов, через каждый набор данных, который отвечает выбранным критериям. Прочитайте информацию ниже графика, как складка изменения между устойчивыми и восприимчивыми комаров для каждого соответствующего набора данных, в дополнение к ассоциированным скорректированным значениям P. Каждая строка представляет отдельные зонды на микро массиве.

Прочитайте дополнительную таблицу ниже, как количество экспериментов, в которых стенограмма представляет интерес является значительным, а также общее количество экспериментов, соответствующих выбранным критериям. Чтобы загрузить данные в формате, разделенном вкладкой, нажмите кнопку Загрузка под двумя таблицами. Это позволяет пользователю исследовать данные более просто, используя такую программу, как Excel.

Каждая точка на карте представляет собой приблизительные места сбора устойчивых комаров в каждом наборе данных, в котором дифференцированно выражена стенограмма интереса. Цвета следуют за системой светофора, которая объясняется в приложении. Сохраните графические выходы, нажав правой кнопкой мыши, нажав Сохранить изображение as и выбрав соответствующую папку.

В случае ошибки вывода приложением вполне вероятно, что наборы данных не соответствуют вводимым критериям. Корреляции моделей выражения стенограмм в нескольких наборах данных могут быть использованы для прогнозирования функции транскрипции и потенциально проясняют корегулированные стенограммы с одного и того же пути. Перед нажатием просмотр обновления переместите слайдер абсолютного значения корреляции на 0,85 и нажмите Update View или нажмите Return.

Изучите таблицу корреляции, чтобы найти несколько стенограмм, которые теперь отображаются и коррелируют с вводом и стенограммой. Прочитайте таблицу ниже графического вывода, который содержит значение корреляции для каждой стенограммы. Чтобы загрузить данные в формате, разделенном вкладкой, нажмите кнопку Загрузка.

Манипулируйте слайдером абсолютного значения корреляции и наблюдайте за любыми изменениями в нижней части наиболее графика и таблицы. Более низкая строка значения корреляции покажет больше стенограмм, но введет больше шума. После установки IR-TEx откройте RStudio Supplemental Coding File1 и запустите каждую строку для настройки системы для IR-TEx.

После того, как все пакеты будут успешно установлены и обновлены по мере необходимости, перейдите в File, Open. Найдите IR_TEx. г, выделить и открыть.

Теперь это должно быть видно в верхнем окне RStudio. Чтобы запустить приложение, нажмите кнопку Run App в правом верхнем правом верхнем справа от окна. Всплывает второе окно, в котором приложение будет загружаться.

Как только загрузка завершена, для полной функциональности щелкните Open in Browser, расположенный в правом верхнем правом верхнем справа от загруженного окна. Пользователь может добавлять новые наборы данных сопротивления в ИК-TEx, генерируемые с помощью массива Anopheles Gambiae 15k Agilent, как описано в протоколе TEx. Откройте дополнительный файл2.txt.

Этот файл RNA seek представляет собой шаблон, в котором должны основываться новые данные. Колонка А является идентификатором, столбец B является необработанным изменением фолд, а столбец C скорректирован значением P. Запустите код R, чтобы сопоставить идентификаторы в единый файл с делимитацией вкладок на разных платформах, а затем организуйте и нормализуйте данные.

Инструкции содержатся в файле. Любой путь файла будет разделен вперед черту для Mac OS или двойной вперед черту для Windows. Резервное копирование исходного файла.

Вывод файла, произведенного в конце дополнительного покрытия File2 в место выбора для использования на следующем этапе. Дополнительное кодирование File2 приведет к выходу нового Fold_Changes. txt файл.

Выполните код, содержащийся в дополнительном кодируя File3. Найдите выводной файл под названием FC_DistribPlot. png в папке, указанной как путь файла.

Проверьте дистрибутивы Log2 Fold Change, чтобы убедиться, что дистрибутивы Log2 Fold Change почти идентичны в наборах данных. Здесь показано выражение мРНК GS TMS1 и AGAP 009110 RA в двух многоустойчивых популяциях анофелес-колуцций из Кот-д'Ивуара и Буркина-Фасо, соответственно. Сравнение с лабораторией восприимчивых Anopheles Coluzzii N-Guzo показали, что эти стенограммы значительно up-regulated в двух отдельных многостойких популяций.

РНК-I индуцированных сбить было выполнено на комаров из лаборатории LSTM T-Oscillae колонии. Эта колония происходит из Кот-д'Ивуара и устойчива ко всем основным классам инсектицидов, используемых в общественном здравоохранении. Снижение экспрессии GS TMS1 привело к значительному увеличению смертности после воздействия Дельта Матеран, по сравнению с GFP вводили элементы управления, демонстрируя важность этой стенограммы в pyrethroid сопротивления.

И наоборот, AGAP 009110 RA сбить привело к никаким значительным изменениям в смертности после воздействия. GST MS1 был значительно более выражен в 20 из 21 микро-массив наборов данных, доступных для этих видов. В каждом месте, Складка Изменение было значительно выше в устойчивых, по сравнению с восприимчивыми популяциями.

Все наборы данных являются результатом различных экспериментов на протяжении многих лет и не были разработаны для чистого подхода, основанного на микроанализе, поэтому может потребоваться снизить нормальную строку значения P. Далее фенотипические сбить оценки могут быть выполнены с другими инсектицидами, и черты истории жизни. Если есть результаты выглядят достаточно хорошо, вниз по течению паразитации может определить роль белка.

Этот метод является первым приложением для интеграции транскриптомных данных об устойчивости инсектицидов комплекса видов Anopheles Gambiae и сделать его доступным для всех исследователей в этой области.