Биоинформатический конвейер для исследования молекулярной эволюции и экспрессии генов с использованием RNA-seq

8.9K просмотров

07:09 мин.

28 мая 2021 г.

10.3791/61633-v

28 мая 2021 г.

8.9K просмотров

Aide Macias-Muñoz¹ , Ali Mortazavi¹

¹Department of Developmental and Cell Biology, University of California, Irvine

Целью этого протокола является исследование эволюции и экспрессии генов-кандидатов с использованием данных секвенирования РНК.

Больше видео

Анализ РНК-секвенирования

филогенетическое дерево

гены опсинов

дифференциальная экспрессия

поиск BLAST

выравнивание в MEGA

анализ edgeR

Chapters in this video

0:04

Introduction

0:44

Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly

1:57

Identify Genes of Interest

3:32

Phylogenetic Trees

4:21

Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris

6:20

Conclusion