Подготовка образца для улавливания белковой суспензии для слезной протеомики методом жидкостной хроматографии и тандемной масс-спектрометрии
December 1st, 2023
В этом протоколе описан метод сбора образцов слезы с использованием полосок Ширмера и интегрированный количественный рабочий процесс для обнаружения неинвазивных биомаркеров слезного белка. Рабочий процесс подготовки образцов с улавливанием суспензии обеспечивает быструю и надежную подготовку проб слезы и масс-спектрометрический анализ, что приводит к более высокому выходу пептидов и идентификации белков по сравнению со стандартными процедурами в растворе.
Наше исследование направлено на то, чтобы продемонстрировать использование подготовки образцов для захвата белковой суспензии, известной как S-ловушка, для исследований на основе масс-спектрометрии. Этот протокол использует быструю, воспроизводимую и стандартизированную подготовку образцов слезной жидкости человека, собранных с помощью трансляционных исследований в офтальмологии. Слезная жидкость человека — это жидкость организма, которая может быть собрана для неинвазивных молекулярных тестов в офтальмологии.
Существует множество стандартизированных методов сбора слезной жидкости и подготовки образцов, которые имеют решающее значение для успешного клинического исследования заболеваний и состояний. Нестандартизированные методы трудно сравнивать и интерпретировать между методологиями, и, следовательно, они влияют на химические результаты. Этот протокол позволяет отбирать и хранить слезную жидкость при комнатной температуре.
Это упрощает сбор образцов и их доставку. Он обеспечивает быструю и надежную экстракцию пептидов для масс-спектрометрического анализа, что улучшает извлечение и идентификацию пептидов. Этот протокол содержит минимальные этапы подготовки образцов для минимизации ошибок и неопределенностей.
Быстрая и превосходная производительность идентификации и количественного определения белков с помощью масс-спектрометрии облегчит клиницистам и исследователям разработку неинвазивных молекулярных тестов. Оптимизация пробоподготовки всегда будет одним из важнейших шагов. Независимо от метода обнаружения, клиническая ценность слезной жидкости человека еще предстоит полностью исследовать.
Мы надеемся, что предлагаемый метод подготовки образцов откроет дверь для потенциального клинического применения в ближайшем будущем.
Обзор
Этот протокол описывает метод сбора образцов слезных жидкостей человека с использованием полосок Ширмера и стандартизированного процесса идентификации неинвазивных белковых маркеров слез. Подготовка образцов с использованием улавливания в суспензии улучшает извлечение пептидов и идентификацию белков с помощью масс-спектрометрии.
Ключевые компоненты исследования
Область науки
- Офтальмология
- Масс-спектрометрия
- Открытие биомаркеров
Предисловие
- Человеческая слезная жидкость является ценной биологической жидкостью для неинвазивных молекулярных исследований.
- Стандартизированные методы сбора и подготовки слезной жидкости отсутствуют.
- Нестандартизированные методы препятствуют сравнению клинических исследований.
- Этот протокол позволяет хранить образцы слез при комнатной температуре.
Цель исследования
- Создать надежный метод сбора и анализа слезной жидкости.
- Улучшить извлечение пептидов и идентификацию белков с помощью масс-спектрометрии.
- Способствовать разработке неинвазивных молекулярных тестов в клинических условиях.
Использованные методы
- Сбор образцов слез с помощью полосок Ширмера.
- Подготовка образцов с использованием методологии улавливания в суспензии (S-Trap).
- Масс-спектрометрический анализ для идентификации белков.
- Стандартизированные протоколы для минимизации ошибок и неопределенностей.
Основные результаты
- Всего 1,183 белка были идентифицированы с использованием метода S-Trap.
- 874 белка были идентифицированы с использованием стандартных процедур в растворе.
- Анализ генной онтологии показал сходные протеомические функции между методами.
- Было достигнуто улучшенное извлечение и идентификация пептидов с использованием нового протокола.
Выводы
- Метод S-Trap обеспечивает надежный подход для анализа образцов слез.
- Стандартизация в сборе слезной жидкости может улучшить клинические результаты.
- Этот протокол может привести к новым применениям в офтальмологии.
