AQRNA-seq для количественного определения малых РНК

Секвенирование AQRNA количественно отображает малые РНК, такие как микроРНК, тРНК и фрагменты тРНК, практически в любом образце клетки или ткани. Его можно использовать для картирования некоторых из 170 известных модификаций тРНК, но существуют и другие методы, которые более специфичны для картирования. Вы можете использовать AQRNA-seq для обнаружения биомаркеров заболевания в РНКоме и изучения механизмов трансляции белка на системном уровне.

Большинство методов секвенирования РНК не могут точно количественно оценить содержание отдельных молекул РНК в образце. Это обусловлено как структурными свойствами РНК, такими как вторичные структуры, посттранскрипционные модификации, так и биохимией библиотечного препарата, такой как смещения лигирования в тысячу раз, индуцированные концевыми нуклеотидами на РНК. AQRNA-seq был разработан для решения ряда технических и биологических проблем, ограничивающих точное количественное определение содержания РНК в образце.

По сравнению с другими показателями, он обеспечивает линейность между пересчетами и числом копий молекул РНК, точно, он количественно оценивает 75% референсной библиотеки, сжимая 963 микроРНК с двукратной точностью. AQRNA-seq уникален тем, что обеспечивает абсолютное количественное определение малых РНК. Это связывает подсчет данных секвенирования непосредственно с количеством копий молекулы РНК в образце.

Такой уровень точности имеет решающее значение для сравнения десятков и сотен тРНК в образце, и он отличается от обычного секвенирования малых РНК, которое позволяет проводить только относительную количественную оценку в разных условиях и образцах. Мы разработали AQRNA-seq для удовлетворения неудовлетворенной потребности в понимании трансляции белка. Мы обнаружили, что клетки перепрограммировали десятки модификаций тРНК в количестве копий модифицированных тРНК, чтобы обеспечить селективную трансляцию матричных РНК, обогащенных кодонами, соответствующими этим тРНК.

AQRNA-seq позволяет нам количественно оценить изменения в пуле тРНК в рамках этого механизма. Мы широко использовали его для проверки этой новой модели трансляции белка.