Вводный анализ и валидация данных секвенирования CUT&RUN

4.4K просмотров

Цитируется: 1

04:58 мин.

13 декабря 2024 г.

10.3791/67359-v

13 декабря 2024 г.

4.4K просмотров

Junwoo Lee¹ , Biji Chatterjee¹^,² , Nakyung Oh¹ , Dhurjhoti Saha¹ , Yue Lu¹ , Blaine Bartholomew¹ , Charles A. Ishak¹^,³

¹Department of Epigenetics and Molecular Carcinogenesis, University of Texas MD Anderson Cancer Center, ²Department of Genomic Medicine, University of Texas MD Anderson Cancer Center, ³Department of Gynecologic Oncology and Reproductive Medicine, University of Texas MD Anderson Cancer Center

Этот протокол помогает новичкам в биоинформатике пройти через вводный конвейер анализа CUT&RUN, который позволяет пользователям завершить первоначальный анализ и проверку данных секвенирования CUT&RUN. Выполнение описанных здесь этапов анализа в сочетании с аннотацией нисходящих пиков позволит пользователям получить механистическое представление о регуляции хроматина.

Больше видео

CUT RUN

Bowtie

Chapters in this video

0:00

Introduction

2:21

Detecting Protein‐DNA Interactions Using CUT&RUN Analysis