Улучшенный метод выделения РНК из Лоблолли Пайн ( П. taeda L.) и других хвойных пород

Summary

Многие ткани растений, в том числе флоэмы и ксилемы от ладанной сосны ( Pinus taeda L.), содержат высокие уровни фенолов и полисахариды, которые мешают очистке РНК. В данной презентации обсуждаются методы для сбора полевых выращенные ткани и выделения РНК достаточного качества для микрочипов и другие анализы генома.

Abstract

Ткани изолированы от хвойных пород, особенно тех, кто принадлежит к семейству сосновых, таких как ладанной сосны (

Protocol

Часть 1: Дерево Harvest

После дереве выбран и срубленные, важно работать аккуратно и как можно быстрее. Так как каждый другой тип ткани собирают, они должны располагаться непосредственно в свои жидкого азота суда, чтобы избежать перекрестного загрязнения образцов материала. Этот протокол РНК изоляции является масштабируемой.

1. Вырезать болты в длину около 0,5-0,75 м и с бензопилой оценка коры в двух или трех местах следующие продольной оси болта.
2. Использование древесины долото, работа края забил регионе до коры начинает отделяться от дерева и продолжать работать долотом, потянув назад на участке коры, пока он п....

Discussion

Получение высококачественной РНК из хвойных пород может быть трудной задачей, учитывая высокий уровень фенольных соединений и полисахаридов найден в древесных тканях. Начиная с протокол, разработанный Chang и соавт. (1), мы обнаружили, что более строгий добыче и очистке ступени ведут к последовательной изоляции очень высокого качества общей РНК из различных древесных и недревесных тканей взятых из различных хвойных пород. Это видео показали не только нашей модифицированной РНК изоляции протоколу, но также шаги, предприн.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Изолирующий буфер			2% CTAB (гексадецилтриметиламмония бромид), 2% PVP (поливинилпирролидинон; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5 г/л Спермидин
Хлороформ	Fisher	Scientific C298-4
Фенол, сверхчистый	Invitrogen	15509-037
10M LiCl			Изготовлено из воды, обработанной DEPC
SSTE Buffer			1M NaCl, 0,5% SDS, 10 мМ Tris-HCl (pH8.0), 1 мМ ЭДТА (pH8.0)
Ацетат натрия (NaOAc) 3M pH4.8			Изготовлено из обработанной DEPC воды
Фенол-хлороформ (pH8.0)			120 мл фенола, 160 мл хлороформа, титруемого с многократными изменениями 0,5 м Tris-Cl pH 8,0
Oak Ridge Высокоскоростные тефлоновые трубки	Thermo Fisher Scientific, Inc.	#05-562-16B
Высокоскоростные трубки из полипропилена 50 мл	Thermo Fisher Scientific, Inc.	#05-562-10K
BD Falcon, стерильный, с крышкой 50мл конические одноразовые тубы	VWR international	#21008-939
Phase Lock Gel Heavy, 2мл	Thermo Fisher Scientific, Inc.	#2302830
Амбион без РНКазы микрофуг, 2 мл	Амбион	#AM12425