Summary
Dit protocol beschrijft hoe het kwantificeren van de Mg (II)-afhankelijke vorming van RNA tertiaire structuur door twee methoden van hydroxyl-radicaal voetafdruk.
Abstract
RNA-moleculen spelen een essentiële rol in de biologie. Naast het overbrengen van genetische informatie, kan RNA vouwen in unieke tertiaire structuren vervullen van een specifieke biologische rol als regelgever, bindmiddel of katalysator. Informatie over de tertiaire formatie contact is essentieel voor de functie van RNA-moleculen te begrijpen. Hydroxyl-radicalen (• OH) zijn uniek probes van de structuur van nucleïnezuren vanwege hun hoge reactiviteit en de geringe afmetingen. 1 Bij gebruik als een footprinting probe, hydroxyl-radicalen kaart het oplosmiddel bereikbare buitenzijde van het fosfodiester ruggengraat van DNA en RNA een 2 met zo fijn als single nucleotide resolutie. Hydroxyl radicaal footprinting kan worden gebruikt om de nucleotiden in een intermoleculaire contact oppervlak, bijvoorbeeld in DNA-eiwit 1 en RNA-eiwit complexen te identificeren. Evenwicht 3 en kinetische vier overgangen kan worden bepaald door het uitvoeren van hydroxyl radicaal footprinting als een functie van een solutiop variabele of tijd, respectievelijk. Een belangrijk kenmerk van de voetafdruk is dat beperkte blootstelling aan de sonde (bijvoorbeeld 'single-hit kinetiek') resulteert in de uniforme bemonstering van elke nucleotide van het polymeer. 5
In deze video artikel, gebruiken we de P4-P6 domein van de Tetrahymena ribozym om RNA-monstervoorbereiding en het bepalen van een Mg (II)-gemedieerde vouwen isothermen illustreren. We beschrijven het gebruik van de bekende hydroxylradicaal footprinting protocol dat H 2 O 2 (we noemen dit de 'peroxidative "protocol) en een waardevol, maar niet algemeen bekend, alternatief, dat van nature opgeloste O 2 gebruikt (we noemen dit vereist het' oxidatieve 'protocol). Een overzicht van de datareductie, transformatie-en analyseprocedures wordt gepresenteerd.
Protocol
1. De voorbereiding van Footprinting reagentia
- Bereid een 10x reactie buffer met 100 mM natrium cacodylate, 1 mM EDTA, en 1 M KCl. Stel de pH op 7,4. Filter de buffer met behulp van een 0,2 uM acetaat filter apparaat (Nalgene). Opmerking: niet pipet rechtstreeks in de RNA 10x buffer.
- Bereid de titratie reactie mix voor elke reactie, zoals aangegeven in tabel 1. Het volume van de titratie mix (1x buffer en Mg (II) in de gewenste concentratie) moet 90 ul worden, voordat je 10μl van RNA in 1x buffer.
- Bereid een RNAse T1 spijsvertering buffer met 6.63M Ureum, 20mm natriumcitraat, 1 mM EDTA, 0,25 ug / ul tRNA, 0,025% xyleen cyanol, en 0,025% broomfenolblauw. Deze buffer kan worden opgeslagen bij 4 ° C gedurende maximaal 6 maanden.
- De Fenton reactie vereist vers bereide waterige oplossingen van 250 mM Fe (NH 4) 2 (SO 4) 2, 250 mM EDTA en 500 mM natrium-L-ascorbaat. De concentraties vermeld in hoofdstuk 10,5 zijn optimaal voor evenwicht experimenten in buffer zoals natrium cacodylate die niet scharrelen radicalen en diverse tweewaardige ion concentraties.
- Reagentia voor de peroxidative (1.5.1) en oxidatieve (1.5.2) voetafdruk reactie.
- De peroxidative Fenton reactie vereist een vers bereide waterige oplossingen van 100 mM Fe-EDTA-oplossing, en 50 mM natrium-L-ascorbaat en 1,5% H 2 O 2. De Fe-EDTA-oplossing wordt bereid door het mengen van Fe (NH 4) 2 (SO 4) 2 met EDTA tot 1,1 keer meer dan EDTA dan ijzer hebben.
- Net voor de inleiding van de oxidatieve splitsingsreactie (3.4.2), maakt de Fenton reactie mix door het combineren van 2 pi van Fe (NH 4) 2 (SO 4) 2 (250 mm), 2,2 ul van EDTA (250 mm), 62,5 pl natrium-L-ascorbaat (500 mm), 22,5 ul 10x reactiebuffer en 135,5 ul van H 2 O tot de uiteindelijke concentraties te bereiken in het footprinting reactiemengsel (3.4.2) van 0.10 mM, 0,11 mM en 6,61 mM, respectievelijk.
2. RNA Voorbereiding voor Footprinting Experiment
- RNA kan worden geproduceerd door standaard in vitro transcriptie van DNA-templates 6 of, indien korter dan 50 nucleotiden, worden gekocht (bijv. bij Integrated DNA Technologies, www.idtdna.com). Volg de aanbevolen laboratorium netheid procedures om te proeven integriteit van RNA te houden tijdens footprinting experimenten. 7
- Defosforylering 8 van in-vitro getranscribeerde RNA nodig is voor het 32 P de etikettering van het 5 'uiteinde van RNA. 10 pmol van RNA zijn eind-gelabeld door kinasing. 9 De oplossing moet troebel worden na een succesvolle inactivatie van fosfatase.
- Zuiver radioactief gelabelde RNA met behulp van denaturerende gelelektroforese. Het RNA wordt teruggewonnen door twee latere gel extractie met behulp van 0,3 M natriumacetaat (pH 5,5). RNA wordt neergeslagen door het mengen van 0,5 ml waterige oplossing met 1 ml ethanol en de daaropvolgendeincubatie gedurende 1 minuut op droog ijs. Spin monster bij 4 ° C, 12500 rpm voor 0,5 uur. Verwijder het supernatant en was RNA pellet met 70% ethanol. Verwijder de bovenstaande vloeistof extra centrifugeren en droge pellet in vacuüm.
- Los van de 32 P-gelabelde RNA monsters in 330 ul van 1x Buffer.Pipet 30 ul van de RNA-oplossing in een reageerbuis, neerslag met ethanol en droog RNA in vacuüm, houden deze buis voor het genereren van de referentie-ladder (stap 3.5). Denatureren de gebufferde RNA-oplossing door verhitting bij 95 ° C gedurende 2 minuten. Koel de monsters op kamertemperatuur gedurende 15 minuten en geven een snelle draai naar beneden te brengen van de condenseert op de deksels van de buizen terug in oplossing.
3. De Footprinting Experiment
- De electroforese kam bepaalt het maximum aantal datapunten per analytische gel. We maken gebruik van een 30 goed kam. De verwijzing ladder bezet twee putten en het niet-geknipte controle een. Bereid 27 reactie buizen. De laatste Mg (II) concentrations moet gelijkmatig worden gespreid op een logaritmische schaal verspreid over ordes van grootte rond de titratie midden.
- Afzonderlijk, incubeer het RNA en de Mg (II)-oplossingen bij 50 ° C gedurende 5 minuten. Mix 10 ul van RNA-oplossing met 90 ul van het overeenkomstige bedrag van de Mg (II) in 1x buffer tot een eindvolume van 100 ui te komen. Incubeer de oplossingen gedurende 30 minuten bij 50 ° C.
- Laat de oplossingen equilibreren bij 25 ° C gedurende 1 uur tijdens het vouwen optreedt.
- Peroxidative (3.4.1) of oxidatieve (3.4.2) hydroxylradicaal voetafdruk reactie.
- Start de peroxidative reactie door het plaatsen van druppeltjes van 2 pi Fe-EDTA (100 mm), 2 pi natrium-L-ascorbaat (50 mm) en 2 pi H 2 O 2 (1,5%) van elkaar gescheiden aan de bovenkant binnenkant van de reactie buis die de RNA-oplossing en start de footprinting reactie door krachtig mengen. Stop de reactie na 15 seconden door de toevoeging van 300 ul koud absolute ethanol. Zet de buizen 3-5 keer. Neerslag, wassen endroog de pellet als in stap 2.4.
- Start de oxidatieve hydroxylradicaal footprintingreaction door toevoeging van 5 ul van de vers bereide Fenton reactie mix (1.6). Incubeer gedurende 30 minuten bij 25 ° C. Voeg 300 ul van koude absolute ethanol aan de reactie en meng door het draaien van de buizen 3-5 keer doven. Neerslag, was en droog de pellet, zoals aangegeven in stap 2.4.
- Genereer een RNase T1 te verteren referentiemonsters volgens standaard procedures 10 met behulp van de bereide oplossing in stap 1.3.
- Los RNA pellets in 8 ul gel geladen kleurstof II (Ambion) en bevestig RNA wordt geresuspendeerd met behulp van de geigerteller.
- Bereid een denaturerende, 8% polyacrylamide sequencing gel volgens standaard protocollen. Load 11 monsters met inbegrip van twee referenties en een controle. Aparte RNA-fragmenten bij 60 W - 75 W voor 2,5 uur. Expose gedroogde gel naar een opslagplaats fosforscherm 's nachts. Scan fosfor scherm met een imaging systeem voor filmloze autoradiografie, bijvoorbeeld. Storm 865 (GE Healthcare) of Typhoon (GE Healthcare). Transfer gel image bestand op uw computer.
4. Data Analysis
- Het hydroxyl radicaal reactiviteit van elk nucleotide wordt bepaald door het kwantificeren van de intensiteit van elke band op de analytische gel. Downloaden, installeren en open SAFA, een makkelijk te open source software te gebruiken voor enkele band montage en kwantificering. 12, 13 Volg de handleiding instructies. Kortom, laadt u de RNA-sequentie als. Txt bestand, gevolgd door de gel beeld. Gel-bestand. Pas band intensiteiten, definieer de rijstroken, kiest u een anker rijstrook, en het uitvoeren van een gel uitlijning. Toewijzing van bands nucleotiden gebeurt met betrekking tot RNase T1 spijsvertering ladder. Kwantificeren van de band integralen en gebruik de normalisering / colorplot functie te normaliseren en wijs mogelijk invariant residuen. Sla de uitgang als een. Txt-bestand.
- SAFA-uitgangen een spreadsheet met kolommen die rijstroken op de gel en rijen die de ingreerde band dichtheid van de individuele bands die overeenkomt met de RNA-fragment. De eerste, identificeren van de bescherming van sites die een merkbare verandering in solvent toegankelijkheid weer te geven door het vergelijken van de bescherming profiel afgeleid van de no Mg (II) monster met het profiel van het eindpunt Mg (II) concentratie (50 mM in ons voorbeeld). Hoe lager de waarde, hoe meer bescherming het nucleotide is tegen de aanval van hydroxyl radicalen en vice versa.
- Maak vouwen isothermen van de genormaliseerde band integralen van individuele of groepen van nucleotiden versus Mg (II) concentratie. De isothermen zijn individueel geschaald naar fractionele verzadiging door fi = L + (U - L) •
waarbij f de geïntegreerde dichtheid van de band (s) geeft wordt geanalyseerd, L en U vertegenwoordigt de onder-en bovengrens voor de overgang en 
is fractionele verzadiging. 14 De gegevens zijn geschikt een niet-lineair l met behulp vanoosten vierkante analyse programma (We gebruiken ofwel Origin (OriginLab) of GraphPad (GraphPad Software, Inc.)) naar de Hill vergelijking (1), 
waar K d is het evenwicht dissociatieconstante, [M] komt overeen met de concentratie van de variabele die het vouwen reactie bemiddelt, Mg (II) in dit voorbeeld, en n H is de Hill coëfficiënt. Deze procedure schalen de overgang naar fractionele verzadiging, bepaalt haar middelpunt en geeft een fenomenologische test van de vraag of een overgang is sigmoïdale. Isothermen afgeleid van sequentie-gels (Figuur 3A), die werden geanalyseerd door de SAFA (Figuur 3B) en monteer zoals hierboven beschreven zijn weergegeven in figuur 3C. De fractionele verzadiging isothermen weergegeven in figuur 3 werden gegenereerd door de schaal in een spreadsheet de waarden die door SAFA tegen de beste pasvorm onder-en bovengrenzen (U en L) met behulp van de vergelijking fractie = waarde / (U - L) - L / (U - L).
is fractionele verzadiging. 14 De gegevens zijn geschikt een niet-lineair l met behulp vanoosten vierkante analyse programma (We gebruiken ofwel Origin (OriginLab) of GraphPad (GraphPad Software, Inc.)) naar de Hill vergelijking (1), 
5. Representatieve resultaten:
Figuur 3 toont representatieve resultaten van P4-P6 RNA • OH voetafdruk experimenten. De gel afbeelding (links) geeft aan dat a) achtergrond decollete minimaal is (rechter rijbaan), b) single nucleotide opdracht is mogelijk door goed gedefinieerd bands in de T1-laan (RNase T1 splitst op elke G), en c) het hydroxyl radicaal geïnduceerde fragmentatie van RNA is ruim boven de achtergrond. De overgang van laag naar hoog Mg (II) is aangesloten bij afnemende geïntegreerde band dichtheid van individuele en groepen van banden met vermelding van de vorming van RNA tertiaire structuur. Enkele of groepen aaneengrenzende nucleotide waarvan decollete veranderingen gelijktijdig worden aangeduid als een 'bescherming'. De • OH beveiligingen kenmerk van de Mg (II) gemedieerde vouwing van de P4-P6 RNA sluiten nauw aan bij het oplosmiddel ontoegankelijke gebieden van het molecuul waargenomen in de kristalstructuur. 15
Gevouwen RNA-moleculen c een zeer verschillende mate (dat wil zeggen, hoe dicht bij de achtergrond van de band dichtheden daling) van de tertiaire contact opnemen met de bescherming die nog niet zijn gecorreleerd met duidelijke structurele of dynamisch fenomeen. Zo zullen sommige RNA-moleculen tonen goed gedefinieerde structurele overgangen, zoals weergegeven in figuur 3, en sommige niet. Band intensiteiten zijn gekwantificeerd en genormaliseerd door de SAFA-12 analyse (Figuur 3B). De output is een 'thermische' plot het visualiseren van de relatieve mate van bescherming tegen • OH. De kleur overgang beschrijft de toegankelijkheid te wijzigen bij de Mg (II) toevoeging. Wit naar rood of blauw toont meer toegankelijk of meer beschermde nucleotiden, respectievelijk. Elke graad van de schaduw is verbonden met een numerieke waarde die kan worden uitgezet als een bescherming curve (Figuur 3C) en geanalyseerd door een model voor, zoals de Hill vergelijking (1). Het evenwicht dissociatieconstante aangesloten bij Protection 153-155 is ruwweg twee keer die van de overeenkomstige waarde van de bescherming 163-164.
NHOUD ">
Figuur 1. Hydroxyl radicaal productie-en P4-P6 RNA vouwen. A) Fe (II) katalyseert de vorming van hydroxyl-radicalen uit waterstofperoxide. Ascorbaat vermindert Fe (III) terug naar ferro-ijzer. B) Bij gebrek aan Mg (II), is geen P4-P6 tertiaire structuur gevormd, waardoor hydroxyl-radicalen door te dringen en hang allemaal toegankelijk ruggengraat posities. Toevoeging van de Mg (II) initieert vouwen van de P4-P6, zodat alleen het oplosmiddel toegankelijk ruggengraat te worden gesplitst door de hydroxyl radicalen.
Figuur 2. Schets van een hydroxyl radicaal voetafdruk experiment. A) Dephophorylation en 32 P 5'-uiteinde etikettering van RNA. B) Zuivering van 32 P-gelabelde RNA op een denaturerende polyacrylamide gel. C) Excisie van RNA band, de daaropvolgende RNA-extractie en ethanol precipitatie. D) Prefolding envouwen van RNA. E) Toevoeging van vers bereide Fenton reactiemengsel om de hydroxyl radicalen genereren. F) RNA fragment scheiding door denaturerende polyacrylamidegelelektroforese. G) Kwantificering van de RNA-fragmenten door de SAFA-software.
Figuur 3. Analyse van de RNA-fragmenten na peroxidative Fenton voetafdruk reactie. (A) Het RNA werd blootgesteld aan hydroxyl radicalen en de splitsing producten werden opgelost met behulp van denaturerende polyacrylamide gelelektroforese (PAGE). De foto toont peroxidative splitsingsproducten met een toenemende concentratie van Mg (II). Referentie-en rijstroken zijn gelabeld. Deze afbeelding is de input voor het SAFA-programma waarmee het volume van elke band quantitates. (B) De 'thermische' plot gegenereerd door SAFA. (C) Een spreadsheet van waarden in verband geïntegreerde band dichtheid aan nucleotide aantal output van SAFA is geanalyseerd door een model voor, zoals de Hill equatiop (1). Regio's van de bescherming werden gekozen op basis van de toename van de band integrale dichtheid als een functie van Mg (II) concentratie. De K d is de Mg (II) concentratie waarbij de helft van het RNA is gevouwen op de site wordt gecontroleerd. The Hill coëfficiënt, n H, is een maat voor de helling van de curve, die informatie geeft over de binding coöperativiteit en zorgt voor een lagere schatting voor het aantal van magnesium-ionen die betrokken zijn bij het vouwen van deze bijzondere site.
Tabel 1. Vertegenwoordiger volumes voor het genereren van RNA-monsters met verschillende Mg (II) concentraties.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Hydroxyl radicaal voetafdruk is een waardevol instrument om het oplosmiddel toegankelijke oppervlakte van nucleïnezuren te beoordelen. Kwalitatieve en kwantitatieve vorming van tertiaire structuur 14 kan worden gevolgd als een functie van parameters zoals ion type en de concentratie, pH, temperatuur, bindende eiwitten of vouwen co-factoren. De uitstekende combinatie van een straight forward en goedkoop protocol en de daaruit voortvloeiende oplosmiddel toegankelijkheid en vouwen informatie op een single-nucleotide niveau maakt deze methode zeer aantrekkelijk. Traditioneel worden de OH • footprinting reactie wordt uitgevoerd met behulp van toegevoegde H 2 O 2, een protocol waarin we om te verwijzen als 'peroxidative' (figuur 1a). Het alternatief ('oxidatieve') protocol 17, dat hebben we aandacht voor gebruik maakt van natuurlijk opgeloste O 2 tot en met kleine hoeveelheden waterstofperoxide produceren via de reacties 
Beide methoden generate • OH via de oxidatie van Fe (II) naar Fe (III) door H 2 O 2 (figuur 1a). Persoonlijke voorkeur lijkt te bepalen welk protocol wordt gebruikt door leden van ons laboratorium voor structurele evenwicht in kaart brengen en titratie-experimenten. De oxidatieve en peroxidative footprinting reacties duurt ongeveer 30 en een min, respectievelijk. Dit nadeel wordt gecompenseerd door de oxidatieve protocol dat iets eenvoudiger (een minder reagens is toegevoegd) en de 'scherpte' op de oxidatieve elektroforetische band profielen. Hoewel deze observatie suggereert minder heterogeniteit in de • OH splitsingsproducten, is deze hypothese niet getest. Wij raden u aan de oxidatieve protocol om een groot aantal footprinting monsters (> 15) of monsters die H 2 O 2 gevoelige onderdelen bevatten te analyseren.
Het gebruik van de negatief geladen EDTA complex van Fe (II) (Figuur 1A) voorkomt vereniging van Fe (II) met de negatief geladen fosfaat ruggengraat van nucleïnezurenzuur. 1 Gratis Fe (II) kan binden aan DNA en RNA en fungeren als een neerslag en / of kunnen hydrolyse van de RNA-backbone katalyseren.
De gepresenteerde concentraties van de reagentia Fenton zijn ideaal om te klieven P4-P6 RNA onder een-hit kinetiek voorwaarden die nodig zijn voor de voetafdruk in de aangegeven buffer. Enkele treffer kinetiek ervoor dat het RNA-molecuul is slechts een keer gesplitst gemiddeld. 18 Indien een overmatige hoeveelheid van Fenton reagens wordt gebruikt, RNA-producten kunnen het gevolg zijn van meer dan een decollete evenement. Deze vooroordelen het fragment distributie naar kleinere splitsingsproducten. De omvang van de radicale afsplitsing moet worden aangepast, zodat ~ 20% van de end-gelabelde RNA wordt gesplitst en ~ 80% van de end-gelabelde RNA intact blijft. Dosis-respons experimenten moeten worden gebruikt om de juiste Fe (II) / H 2 O 2-concentraties te identificeren voor het bereiken van single-hit kinetiek onder de oplossing voorwaarden van de studie een onderzoeker. 19
De met beive oplosmiddel bereikbaarheidskaarten verkregen uit • OH footprinting analyses kan alleen worden gebruikt om de RNA-structuur, de vouw-en intermediaire structuren gevormd tijdens evenwicht vouwen experimenten te karakteriseren. Deze gegevens kunnen worden gecombineerd met de resultaten van technieken die het aanpakken van veranderingen in de wereldwijde bouw 7, 20 en / of enzymatische en chemische footprinting studies 21, die zijn gegenereerd onder identieke omstandigheden. Grofkorrelige modellen van RNA structuren 22 kan worden ontwikkeld met behulp van hydroxyl radicaal en aanvullende chemische en enzymatische footprinting profielen beperkingen.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Geen belangenconflicten verklaard.
Acknowledgments
Dit werk werd ondersteund door subsidies van de National Institute of Health RO1-GM085130 en National Science Foundation MCB0929394. Wij danken dr. Marion Schmidt voor haar gastvrijheid en voor het toestaan ons te filmen in haar laboratorium.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Name | Company | Cat# | |
| Sodium Cacodylate(Caution! Toxic) | Sigma-Aldrich | C4945-25g | |
| EDTA (0.5 M) | Ambion | AM9260G | |
| DEPC treated water | Ambion | AM9915G | |
| Sodium Acetate (3 M) | Ambion | AM9740 | |
| MgCl2 (1 M) | Ambion | AM9530G | |
| Urea | Ambion | AM9902 | |
| Sodium Citrate | Sigma-Aldrich | W302600 | |
| tRNA | Sigma-Aldrich | R-7876 | |
| Sodium-L-ascorbate | Sigma-Aldrich | A7631-25g | |
| Fe(NH4)2(SO4)2 . 6 H2O | Sigma-Aldrich | F1543-500g | |
| RNase T1 | Fermentas | EN0541 | |
| Hydrogen Peroxide (30%) | Sigma-Aldrich | 349887 |
References
- Tullius, T. D., Dombroski, B. A. Hydroxyl radical "footprinting": high-resolution information about DNA-protein contacts and application to lambda repressor and Cro protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 5469-5473 (1986).
- Celander, D. W., Cech, T. R. Iron(II)-ethylenediaminetetraacetic acid catalyzed cleavage of RNA and DNA oligonucleotides: similar reactivity toward single- and double-stranded forms. Biochemistry. 29, 1355-1361 (1990).
- Celander, D. W., Cech, T. R. Visualizing the higher order folding of a catalytic RNA molecule. Science. 251, 401-407 (1991).
- Sclavi, B., Sullivan, M., Chance, M. R., Brenowitz, M., Woodson, S. A. RNA folding at millisecond intervals by synchrotron hydroxyl radical footprinting. Science. 279, 1940-1943 (1998).
- Tullius, T. D., Dombroski, B. A., Churchill, M., Kam, L. Hydroxyl radical footprinting: a high-resolution method for mapping protein-DNA contacts. Methods. Enzym. 155, 537-558 (1987).
- Milligan, J. F., Groebe, D. R., Witherell, G. W., Uhlenbeck, O. C. Oligoribonucleotide synthesis using T7 RNA polymerase and synthetic DNA templates. Nucleic. Acids. Res. 15, 8783-8798 (1987).
- Schlatterer, J. C., Brenowitz, M. Complementing global measures of RNA folding with local reports of backbone solvent accessibility by time resolved hydroxyl radical footprinting. Methods. 49, 142-147 (2009).
- Sambrook, J., Russell, D. W. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. , 3 ed, Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor. New York. (2001).
- Zaug, A. J., Grosshans, C. A., Cech, T. R. Sequence-specific endoribonuclease activity of the Tetrahymena ribozyme: enhanced cleavage of certain oligonucleotide substrates that form mismatched ribozyme-substrate complexes. Biochemistry. 27, 8924-8931 (1988).
- Knapp, G. Enzymatic approaches to probing of RNA secondary and tertiary structure. Methods. Enzym. 180, 192-212 (1989).
- Slatko, B. E., Albright, L. M. Denaturing gel electrophoresis for sequencing. Curr. Protoc. Mol. Biol. Chapter 7, Unit 7.6-Unit 7.6 (2001).
- Das, R., Laederach, A., Pearlman, S. M., Herschlag, D., Altman, R. B. SAFA: semi-automated footprinting analysis software for high-throughput quantification of nucleic acid footprinting experiments. RNA. 11, 344-354 (2005).
- Simmons, K., Martin, J. S., Shcherbakova, I., Laederach, A. Rapid quantification and analysis of kinetic *OH radical footprinting data using SAFA. Methods. Enzym. 468, 47-66 (2009).
- Uchida, T., He, Q., Ralston, C. Y., Brenowitz, M., Chance, M. R. Linkage of monovalent and divalent ion binding in the folding of the P4-P6 domain of the Tetrahymena ribozyme. Biochemistry. 41, 5799-5806 (2002).
- Cate, J. H., Gooding, A. R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B. L., Kundrot, C. E., Cech, T. R., Doudna, J. A. Crystal structure of a group I ribozyme domain: principles of RNA packing. Science. 273, 1678-1685 (1996).
- Petri, V., Brenowitz, M. Quantitative nucleic acids footprinting: thermodynamic and kinetic approaches. Curr. Opin. Biotechnol. 8, 36-44 (1997).
- Takamoto, K., Das, R., He, Q., Doniach, S., Brenowitz, M., Herschlag, D., Chance, M. R. Principles of RNA compaction: insights from the equilibrium folding pathway of the P4-P6 RNA domain in monovalent cations. J. Mol. Biol. 343, 1195-1206 (2004).
- Brenowitz, M., Senear, D. F., Shea, M. A., Ackers, G. K. Quantitative DNase footprint titration: a method for studying protein-DNA interactions. Methods. Enzym. 130, 132-181 (1986).
- Shcherbakova, I., Mitra, S. Hydroxyl-radical footprinting to probe equilibrium changes in RNA tertiary structure. Methods. Enzym. 468, 31-46 (2009).
- Howlett, G. J., Minton, A. P., Rivas, G. Analytical ultracentrifugation for the study of protein association and assembly. Curr. Opinion. Chem. Biol. 10, 430-436 (2006).
- McGinnis, J. L., Duncan, C. D., Weeks, K. M. High-throughput SHAPE and hydroxyl radical analysis of RNA structure and ribonucleoprotein assembly. Methods. Enzym. 468, 67-89 (2009).
- Jonikas, M. A., Radmer, R. J., Laederach, A., Das, R., Pearlman, S., Herschlag, D., Altman, R. B. Coarse-grained modeling of large RNA molecules with knowledge-based potentials and structural filters. RNA. 15, 189-199 (2009).
