È stata sviluppata e valutata una metodologia di campionamento basata su macroschiuma per il rilevamento e la quantificazione del norovirus su superfici dure ambientali.
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Articolo metodologico
Tampone Metodo di campionamento per la rilevazione di Norovirus umana sulle superfici
In questo articolo
Sommario
Abstract
norovirus umani sono una delle principali cause di un'epidemia di gastroenterite e sporadici in tutto il mondo. Poiché la maggior parte delle infezioni sono o diffondono direttamente per via da persona a persona o indirettamente tramite superfici ambientali o cibo, fomiti contaminati e superfici inanimate sono veicoli importanti per la diffusione del virus durante focolai di norovirus.
Abbiamo sviluppato e valutato un protocollo utilizzando tamponi macrofoam per il rilevamento e la tipizzazione dei norovirus umani provenienti da superfici dure. Rispetto ai tamponi in fibra con punta o salviette antistatiche, tamponi macrofoam consentire il recupero virus (range 1,2-33,6%) dalle superfici dei sedili wc fino a 700 cm 2. Il protocollo include i passaggi per l'estrazione del virus dalle tamponi e ulteriore concentrazione dell'RNA virale utilizzando colonne di rotazione. In totale, 127 (58,5%) dei 217 campioni di tamponi che erano stati raccolti da superfici in navi da crociera e le strutture di assistenza a lungo termine in cui norovirus gastroenterite era statosegnalati risultati positivi per GII norovirus mediante RT-qPCR. Di questi 29 (22,8%) potrebbe essere genotipizzati con successo. In conclusione, l'individuazione di norovirus sulle superfici ambientali che utilizzano il protocollo che abbiamo sviluppato può aiutare a determinare il livello di contaminazione ambientale durante le epidemie, così come il rilevamento del virus quando i campioni clinici non sono disponibili; può anche facilitare il monitoraggio dell'efficacia delle strategie di bonifica.
Introduzione
Norovirus umani sono una delle principali cause di un'epidemia e sporadici gastroenterite acuta in tutto il mondo 1, 2, 3. Il virus è estremamente contagiosa e la trasmissione avviene attraverso persona diretta all'interazione persona o indirettamente attraverso il contatto con alimenti contaminati, acqua o superfici ambientali. Norovirus può essere versato per lunghi periodi e prolungato la sopravvivenza del virus sulle superfici ambientali è stata documentata 1, 2, 3.
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Protocollo
1. Tampone campionamento nel campo
- Indossare un paio di guanti puliti.
- Misurare le dimensioni della zona di campionamento senza toccare la superficie con un nastro di misurazione o un righello. Cercare di stimare l'area nel modo più accurato possibile e compilare un modulo di rapporto (Tabella supplementare 1).
- Controllare il kit tampone per eventuali perdite e borse trasporto del campione etichetta e kit tamponi.
- Spostare il tampone attraverso l'area di campionamento come segue: un colpo in direzione orizzontale, un colpo in direzione verticale, ed un colpo in diagonale. Non tamponare....
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Risultati
La figura 1 presenta un diagramma di flusso del protocollo di campionamento tampone. Questo protocollo è costituito da quattro fasi principali; 1) la raccolta dei campioni, 2) conservazione e il trasporto, 3) virale purificazione dell'RNA e concentrazione e 4) analisi RT-qPCR e genotipizzazione.
Figura 1: Diagramma di flusso de.......
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Discussione
Norovirus hanno una dose infettiva umana del 50% tra i 18 ei 10 3 20 particelle virali. Pertanto, anche la contaminazione di basso livello di superfici può costituire un rischio per la salute pubblica. Diversi aspetti del protocollo di campionamento tampone sono stati valutati tra cui: 1) diversi materiali tampone, 2) condizioni di conservazione tamponi durante il trasporto, 3) la concentrazione di RNA virale, e 4) colifago MS2 il controllo di estrazione interna.
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Dichiarazioni
Gli autori non hanno interessi in conflitto. I risultati e le conclusioni di questo rapporto sono quelli degli autori e non rappresentano necessariamente la posizione ufficiale dei Centers for Disease Control and Prevention.
Ringraziamenti
Gli autori non hanno riconoscimenti.
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Materiali
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| Nome generico per kit | |||
| Macrofoam swab | Kit tampone EnviroMax preumidificato | Puritano | 2588060PFUW |
| RNA Tampone di lisi | CDC Tampone UNEX | Microbiologics | Cat No MR0501 |
| Colonna di spin per l'estrazione dell'RNA | Colonna Midi | Omega Biotek | Cat No R6664-02 |
| Colonna di centrifuga per la purificazione dell'RNAKit di | pulizia e concentratore dell'RNA Zymol | Zymo Research | Cat No R1016 |
| Kit RT-PCR in tempo reale | AgKit AgPath Kit RT-PCR in un solo passaggio | Life Technologies | Cat No 4387391 |
| Kit RT-PCR convenzionale | Qiagen kit RT-PCR in un solo passaggio | Qiagen | Cat No 210212 |
| Kit di estrazione del gel | Qiagen QIAkit di estrazione rapida del gel | Qiagen | Cat No 28704 o 28706 |
| Coliphage MS2 | ATCC | Cat No 15597-B1 | |
| Trascrizioni | |||
| Piattaforma PCR in tempo reale | Applied Biosystems | Modello ABI 7500 | |
| MicroAmp Pellicola adesiva trasparente | Thermo Scientific | Cat No 4306311 |
Riferimenti
- Isakbaeva, E. T., et al. Norovirus transmission on cruise ship. Emerg. Infect. Dis. 11, 154-158 (2005).
- Lopman, B. A., Gastañaduy, P., Park, G. W., Hall, A. J., Parashar, U. D., Vinjé, P. Environmental transmission of norovirus gastroenteritis. Curr. Opin. Virol. 2 (1), 1-7 (2011).
- Malek, M., et al.
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Ristampe e permessi
