שיטת הדגימה ספוגית לצורך זיהוי של norovirus האדם על משטחים

סיכום

מתודולוגיית דגימה מבוססת קצף מאקרו פותחה והוערכה לאיתור וכימות של נורו-וירוס על משטחים קשים סביבתיים.

תקציר

noroviruses אדם הם גורם מוביל של מגיפת גסטרואנטריטיס ספורדי ברחבי העולם. מכיוון שרוב הזיהומים או מופצים ישירות דרך המסלול של אדם אל אדם או בעקיפין באמצעות משטחים סביבתיים או מזון, fomites מזוהם ומשטחים דוממים הם כלים חשובים עבור התפשטות הנגיף במהלך התפרצויות norovirus.

פיתחנו ומוערכת פרוטוקול באמצעות מטליות macrofoam לאיתור והקלדה של noroviruses האדם מן משטחים קשים. בהשוואה מטליות שקצהו סיבים או מגבונים אנטי-סטטי, מטליות macrofoam לאפשר התאוששות וירוס (טווח 1.2-33.6%) ממשטחים מושב האסלה של עד 700 ס"מ ^2. הפרוטוקול כולל שלבים עבור החילוץ של הנגיף מן המטליות וריכוז נוסף של רנ"א הנגיפי באמצעות עמודות ספין. בסך הכל, 127 (58.5%) של 217 דגימות ספוגיות שנאספו ממשטחים באוניות שיוט ומתקני סיעודים שבו גסטרואנטריטיס norovirus היהדיווח נדבקה norovirus GII ידי RT-qPCR. 29 אלה (22.8%) ניתן genotyped בהצלחה. לסיכום, איתור של norovirus על משטחים סביבתיים באמצעות הפרוטוקול שפתחנו עשויה לסייע בקביעת רמת הזיהום סביבתי במהלך התפרצויות, כמו גם זיהוי של וירוס כאשר דגימות קליניות אינן זמינות; היא עשויה גם להקל על ניטור של יעילות של אסטרטגיות משיקום.

מבוא

Noroviruses אדם הם גורם מוביל של מגיפת גסטרואנטריטיס החריפה ספורדית ^{1 בעולם, 2, 3.} הווירוס הוא מאוד מדבק עוברים מאדם לאדם באמצעות אדם ישיר אינטראקצית אדם או בעקיפין באמצעות מגע עם מזון מזוהם, מים או משטחים סביבתיים. Noroviruses ניתן לשפוך לפארקים וממושכת הישרדות של הנגיף על משטחים סביבתיים תועדה ^{1, 2, 3.} במהלך שפיכת שיא, מיליארדים של חלקיקי נגיף משתחררים לגרם של צואה, וקיא מכיל גם מספר מספיק של חלקיקים נגיפיים כדי לגרום לזיהום

פרוטוקול

1. הדגימה ספוגית בתחום

1. לבש זוג נקי של כפפות.
2. מדוד את גודל שטח הדגימה בלי לגעת פני השטח באמצעות קלטת או שליט מדידה. נסו להעריך את האזור בצורה מדויקת ככל האפשר ולמלא טופס דיווח (לוח משלימה 1).
3. בדוק את הערכה הספוגית עבור דליפות אפשריות ושקיות תחבורת תווית מדגם וערכות ספוגיות.
4. הזז את הספוגית על פני שטח הדגימה כדלקמן: במכה אחת בכיוון אופקי, במכה אחת בכיוון אנכי, ....

תוצאות

איור 1 מציג תרשים זרימה של פרוטוקול הדגימה הספוגית. פרוטוקול זה מכיל ארבעה שלבים עיקריים; 1) אוסף מדגם, 2) מדגם אחסנה והובלה 3) טיהור רנ"א נגיפי וריכוז ו -4) RT-qPCR assay ו גנוטיפ.

איור 1: תרשים זרימה של הפרוטוקול הסופי עבור דגימת משטח סביבתית של no.......

דיון

יש noroviruses מנת זיהומיות אדם 50% בין 18 ו -10 חלקיקי ³ וירוס ^20. לכן, גם זיהום ברמה נמוכה של משטחים עלול להוות סיכון לבריאות הציבור. כמה היבטים של פרוטוקול הדגימה הספוגית הוערכו כולל: 1) חומרי ספוגית שונה, 2) מטליות תנאי אחסון במהלך הובלה, 3) ריכוז הנגיפי RNA, ו -4) coliphage MS2 כשליטת חילוץ פנימי.

עד לאחרונה, רק את הביצועים של מטליות עשויות כותנה, פוליאסטר, ניילון אנטי-סטטי.......

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה

שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
שם גנרי לערכות
Macrofoam	Premoistened EnviroMax Swab kit	פוריטן	2588060PFUW
חזק>RNA מאגר ליזה	CDC מאגר UNEX	מיקרוביולוגיות	חתול מס' MR0501
<חזק>עמודת מיצוי RNA	מידי	אומגה ביוטק	חתול מס' R6664-02
<חזק>עמודת סיבוב לטיהור RNA	ערכת RNA נקי ורכז	Zymo Research	Cat No R1016
ערכת RT-PCR בזמן אמת	AgPath ערכת RT-PCR חד שלבי Life	Technologies	Cat No
4387391ערכת RT-PCR קונבנציונלית	Qiagen ערכת RT-PCR שלב אחד	ערכת Qiagen ערכת	ג'ל Cat No
210212Gel Extract	Qiagen QIAquick gel extraction	kit ערכת Qiagen Cat	לא 28704 או 28706
	Coliphage MS2	ATCC	Cat No 15597-B1
	תמלילי
פלטפורמת PCR בזמן אמת	Applied Biosystems	דגם ABI 7500
	MicroAmp סרט דבק שקוף	Thermo Scientific	Cat No 4306311

< מיצוי ריצה של RNAצלחת תגובה אופטית 96 בארות Thermo Scientific Cat No 4316813