Red neurovascular Explorer 2.0: Una sencilla herramienta para explorar y compartir una base de datos de AMPc Optogenetically evocadas en corteza de ratón In Vivo

Hana Uhlirova; Peifang Tian; Kıvılcım Kılıç; Martin Thunemann; Vishnu B. Sridhar; Radim Chmelik; Hauke Bartsch; Anders M. Dale; Anna Devor; Payam A. Saisan

doi:10.3791/57214

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Red neurovascular Explorer 2.0: Una sencilla herramienta para explorar y compartir una base de datos de AMPc Optogenetically evocadas en corteza de ratón In Vivo

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DOI:

10.3791/57214

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4 de mayo de 2018

Hana Uhlirova¹^,² , Peifang Tian³^,⁴ , Kıvılcım Kılıç³^,⁵ , Martin Thunemann¹ , Vishnu B. Sridhar⁶ , Radim Chmelik²^,⁷ , Hauke Bartsch¹ , Anders M. Dale¹^,³ , Anna Devor¹^,³^,⁸ , Payam A. Saisan³

¹Department of Radiology, University of California, San Diego, ²Central European Institute of Technology, Brno University of Technology, ³Department of Neurosciences, University of California, San Diego, ⁴Department of Physics, John Carroll University, ⁵Department of Biomedical Engineering, Boston University, ⁶Bioengineering Undergraduate Program, University of California, San Diego, ⁷Institute of Physical Engineering, Faculty of Mechanical Engineering, Brno University of Technology, ⁸Martinos Center for Biomedical Imaging, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School

En este artículo

Resumen

Se presenta una interfaz gráfica de usuario para explorar y compartir una base de datos de respuestas vasculares inducidas por optogenetically en ratón Corteza somatosensorial en vivo midiendo 2 fotones microscopía. Permite navegar por los datos, selección basada en criterios, con un promedio de, localización de las mediciones dentro de un volumen 3D de vascularización y la exportación de los datos.

Resumen

La importancia de compartir los datos experimentales en Neurociencias crece con la cantidad y complejidad de los datos adquiridos y diferentes técnicas utilizadas para obtener y procesar estos datos. Sin embargo, la mayoría de los datos experimentales, especialmente de los estudios individuales de tamaño regular laboratorios nunca llegar a comunidad de investigación. Un motor de interfaz (GUI) de gráfica de usuario llamado Neurovascular red Explorer 2.0 (2.0 NNE) ha sido creado como una herramienta simple y de bajo costo compartir y explorar datos de proyección de imagen vascular. NNE 2.0 interactúa con una base de datos que contiene optogenetically-evocado dilatación/constricción tiempo-cursos de embarcaciones individuales medición en Corteza somatosensorial de ratones en vivo por 2 fotones microscopía. NNE 2.0 permite selección y visualización de la evolución temporal en base a diferentes criterios (tema, orden de ramificación, profundidad cortical, diámetro del vaso, árbol arteriolar) así como de manipulación matemática simple (ej. promedio, normalización de pico) y exportación de datos. Soporta visualización de la red vascular en 3D y permite la localización de las mediciones de diámetro de vasos funcionales individuales dentro de árboles vasculares.

NNE 2.0, su código fuente y la base de datos correspondiente son libremente downloadable de UCSD Neurovascular imagen laboratorio Web¹. El código fuente puede ser utilizado por los usuarios a explorar la base de datos asociada o como una plantilla para bases de datos y compartir sus propios resultados experimentales proporcionadas el formato adecuado.

Introducción

El cerebro es considerado uno de los órganos más complejos y el deseo de desentrañar su función compleja es inagotable. Se está estudiando a diferentes escalas, desde el molecular hasta el nivel conductual utilizando una amplia paleta de herramientas²^,³^,⁴^,⁵^,⁶^,⁷^,⁸. La cantidad de datos experimentales no homogénea crece con una velocidad sin precedentes. La conciencia de la necesidad de intercambio de datos experimentales, organización y n....