Los primeros pasos del desarrollo del corazón implican cambios drásticos en el comportamiento y la diferenciación celular. Mientras que el análisis de embriones fijos permite estudiar en detalle etapas específicas del desarrollo en una instantánea fija, las imágenes en vivo capturan eventos morfogenéticos dinámicos, como la migración celular, los cambios de forma y la diferenciación, al obtener imágenes del embrión a medida que se desarrolla. Esto complementa el análisis fijo y amplía la comprensión de cómo se desarrollan los órganos durante la embriogénesis. A pesar de sus ventajas, las imágenes en vivo rara vez se utilizan en modelos de ratón debido a sus desafíos técnicos. Los embriones tempranos de ratón son sensibles cuando se cultivan ex vivo y requieren un manejo eficiente. Para facilitar un uso más amplio de imágenes en vivo en la investigación del desarrollo de ratones, este documento presenta un protocolo detallado para la microscopía viva de dos fotones que permite la adquisición a largo plazo en embriones de ratón. Además del protocolo, se proporcionan consejos sobre el manejo de embriones y la optimización del cultivo. Esto ayudará a comprender los eventos clave en la organogénesis temprana del ratón, mejorando la comprensión de la biología del progenitor cardiovascular.