Protein Ağı

Tek bir organizma, binlerce farklı protein içerebilir. Bu proteinlerin çoğu, işlevlerini yerine getirmek için diğer proteinlerle etkileşime girmelidir. Birçok proteinin birden fazla bağlanma ortağı vardır ve bu da karmaşık bir protein etkileşimleri ağıyla sonuçlanır.

Biyokimyasal ve bilgisayarlı hesaplama yöntemleri dahil olmak üzere çeşitli laboratuvar teknikleri, bilim insanlarının bu protein ağlarını anlamalarına yardımcı olur. Afinite etiketleme, genellikle bir proteini diğer ilişkili moleküllerden ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. Bir afinite etiketi, diğerlerinden ayrılması istenen proteine genetik olarak eklenen bir amino asit motifidir Bu etiket kullanılarak, hedef protein, birlikte olduğu diğer proteinlerden izole edilir.

Etiketli protein ile etkileşime giren proteinler analiz edilerek, idantiteleri ve yeni etkileşimleri belirlenebilir. Bu bilinmeyen protein etkileşimlerini analiz etmenin bir yöntemi, proteinleri kısa segmentlere ayırmak ve amino asit dizilerini belirlemek için bir kütle spektrometresi ile analiz etmektir. Bu diziler, mevcut protein dizisi veritabanları ile karşılaştırılarak bilinmeyen ilişkili proteinler tanımlanabilir.

Ek olarak, IntAct gibi ücretsiz olarak kullanılabilen veritabanları, karşılaştırma için dünya çapında araştırmacılar tarafından yüklenen protein-protein etkileşim verilerine sahiptir. Bilinmeyen bir proteinin moleküler etkileşimlerini tahmin etmek için, sayıları gitgide artan gelişmiş biyoinformatik araçlarıyla beraber diğer veritabanları da kullanılabilir. Bir hücredeki proteinler arasındaki bu etkileşimleri görselleştirmek için, protein-protein etkileşim ağı haritaları kullanılır.

Daireler, belirli bir proteini temsil eden düğümlerdir. Çizgiler, bir proteini diğer etkileşen proteinlere bağlayan kenarlardır. Protein etkileşim haritaları incelenerek, protein işlevleri tahmin edilebilir.

Bilinmeyen bir proteinin bağlantı kenarlarının etkileşim modeli başka bir düğümünkine benziyorsa, bu iki düğüm benzer şekilde davranabilir. Bazı düğümler, yüksek oranda bağlantılı merkezler olarak görünecektir;bunların araştırılması, hücre sağlığının korunması için temel mekanizmaların keşfedilmesine yol açabilir ve böylece ilaç geliştirilmesine yardımcı olabilir.