11.5: Sızdıran Tarama

Çoğu ökaryotik çeviri işlemi sırasında, küçük 40S ribozom alt birimi, ilk başlangıç AUG kodonuyla karşılaşana kadar 5' sonundan bir mRNA'yı tarar. 60'ların büyük ribozomal alt birimi daha sonra protein sentezini başlatmak için daha küçük olana katılır. Translasyon başlangıcının yeri büyük ölçüde başlangıç kodonunun yakınındaki nükleotitler tarafından belirlenir, çünkü mRNA'da birden fazla translasyon başlatma bölgesi bulunabilir.  Marilyn Kozak dizisi RCCAUGG keşfetti (burada R adenin veya guanin açılımı) çeviri başlatılması için en uygun bir tanıma dizisidir. -3 pozisyonundaki pürin ve +4 pozisyonundaki guanin, hayvan ve bitki türleri boyunca yüksek oranda korunur ve protein sentezinin başlatılmasını düzenler. İlk başlangıç kodonunda -3 pozisyonunda bir pürin ve +4 pozisyonunda guanin yoksa, bu dizi zayıf bir bağlamdadır. Örneğin, fıstık topağı virüsü, iki proteini, p23 ve p39'u kodlayan bir RNA içerir. İlk başlangıç kodonu p23 sentezi içindir ve zayıf bir tanıma dizisine sahiptir, CUUAUGU. Ribozomların yaklaşık %30'u ilk başlangıç kodonunu atlayacak ve bunun yerine aşağı akış başlangıç kodonunda translasyonu başlatacak ve ikinci protein olan p39'u üretecektir. Alternatif bir bölgedeki bu çeviri başlangıcı sızdıran tarama olarak bilinir ve memelilerin, bitkilerin ve virüslerin mrna'larında gözlenmiştir.

Başlangıç kodonunun transkriptteki diğer öğelerden uzaklığı da sızdıran taramaya neden olabilir. İlk başlangıç kodonu transkriptin 5' inden 12 nükleotidden azsa, ilk AUG atlanabilir. Bu, iki AUG başlangıç kodonunun, iki başlangıç kodonunun sadece 4 nükleotid ile ayrıldığı influenza virüsü B'nin 6.segmentinde görüldüğü gibi, yakın aralıklı olması durumunda da ortaya çıkabilir.

Sızdıran tarama, iki başlangıç kodonu aynı okuma çerçevesinde olduğunda organizmaların bir proteinin farklı izoformlarını üretmesini sağlar. Memelilerden gelen glukokortikoid reseptör geni, proteinin iki farklı izoformunun üretildiği bu tür sızdıran taramaya iyi bir örnektir –daha büyük 94 kDa GR1 ve daha küçük 91 kDa GR2. Daha küçük boyutuna rağmen, GR2 gen transaktivasyonunda GR1'Dden iki kat daha verimlidir. Öte yandan, ilk ve aşağı akış başlangıç kodonları farklı okuma çerçevelerine sahipse, tamamen farklı proteinlerin üretimine yol açabilir. Örneğin, influenza A virüsünün segment 2 mRNA'sı 2 farklı proteini kodlayabilir. İlk protein, virüs replikasyonu için gerekli olan viral polimerazın temel bir bileşenidir; ikinci protein apoptozu teşvik eder ve virüs replikasyonu için gerekli değildir.