16.13: Kromatin İmmünopresipitasyon- ChIP

Kromatin immünopresipitasyon veya ChIP, ilgilenilen transkripsiyon faktörlerine veya histon proteinlerine bağlanan DNA üzerindeki bölgeleri tanımlamak için kullanılan antikor bazlı bir tekniktir. Ayrıca asetilasyon, fosforilasyon veya metilasyon gibi histon modifikasyonlarının türünü belirlemeye yardımcı olur.

ChIP Türleri

ChIP, X-ChIP ve N-ChIP olmak üzere iki türe ayrılabilir. X-ChIP, histonların ve düzenleyici proteinlerin DNA’ya in vivo çapraz bağlanmasını, DNA’nın sonikasyonla parçalanmasını ve protein-DNA komplekslerinin spesifik antikorlarla immünopresipite edilerek izole edilmesini içerir. Öte yandan, N-ChIP, DNA’nın proteinlere çapraz bağlanmasını içermez ve sindirim, nükleazlar kullanılarak gerçekleştirilir.

DNA – protein etkileşimlerinin aşağı akış analizi

İlgilenilen DNA’yı izole ettikten sonra, analiz için PCR, mikrodiziler veya southern blot gibi teknikler kullanılabilir. Alternatif olarak, bu DNA ChIP-Seq olarak bilinen derin dizileme için kullanılabilir. ChIP, ilgilenilen bir proteinin aracılık ettiği uzun menzilli kromatin etkileşimlerini tespit etmek için ChIP ilkelerini kromozom konformasyon yakalama ile birleştiren bir teknik olan ChIA-PET gibi farklı analizler için diğer metodolojiler kullanılarak değiştirilebilir; enChIP, belirli genomik bölgeleri hedeflemek için CRISPR/Cas9 sistemini kullanan bir teknik ve protein-RNA etkileşimlerini analiz etmek için kullanılan bir ChIP modifikasyonu olan RIP-ChIP/RIP-Seq.

N-ChIP ve X-ChIP Karşılaştırması

N-ChIP ve X-ChIP’nin kendi avantajları ve dezavantajları vardır. N-ChIP, daha güçlü antikor bağlanması ve verimli ve oldukça spesifik immüno-çökeltme ile sonuçlanır. Bununla birlikte, N-ChIP, yalnızca histonlar gibi sıkıca bağlı proteinler için uygundur, çünkü transkripsiyon faktörleri işleme sırasında ayrılabilir. Ek olarak, nükleaz ile sindirilen kromatinin tamamı çözünmez, bu da numunenin belirli fraksiyonlarının eksik olmasına neden olur. X-ChIP, çapraz bağlama aşaması nedeniyle DNA’ya sıkı sıkıya bağlı olmayan transkripsiyon faktörlerini incelemek için mükemmel bir metodolojidir. X-ChIP testi ayrıca N-ChIP’den daha hassastır ve antikorların yanı sıra daha düşük miktarda numune gerektirir. X-çipinin dezavantajları, aşırı çapraz bağlanma nedeniyle parçalanmada olası zorluk ve geçici DNA protein etkileşimlerinin çapraz bağlanması nedeniyle yanlış pozitifleri içerir.