Hayat Ağacı - Bakteriler, Arkeler ve Ökaryotlar

Charles Darwin, farklı türler arasındaki evrimsel ilişkileri, ortak bir ataya sahip bir ağacın dallarına benzetmesiyle meşhurdur. Geçmişte, bir organizmanın bu ağaç üzerindeki konumu basitçe;yapraklarının, omurgasının veya gözlerinin olup olmaması gibi gözlemlenebilir özelliklerine yani fenotipine dayalı olarak belirlenmekteydi. Fosil kayıtlarında korunmuş fenotipik özellikleri kullanılarak soyu tükenmiş türler de benzer bir şekilde bu ağaç üzerine yerleştirilebilmekteydi.

Darwin'in Türlerin Kökeni kitabını yayınlamasından kısa bir süre sonra, Heckel, 1866'da, canlılar alemindeki Üç Krallık olarak, bitkiler, hayvanlar ve kolayca gözlemlenebilen fenotiplerine göre ne bitki ne de hayvan olmayan protusları önerdi. Zamanla, bitkiler ve hayvanlar arasındaki ayrımın daha önce ileri sürülenden daha az önemli olduğu görüldü. Dolayısıyla, 1937'de Hayat Ağacı, iki büyük imparatorluğu içerecek şekilde değişti;zarla çevrili çekirdeklere sahip ökaryotlar ve çekirdekleri olmayan prokaryotlar.

Bununla birlikte, bu paradigma, prokaryotların bu ağaç üzerine yerleştirilmesinde bazı sıkıntılara neden oldu. Çubuk şeklindeki bir mikropun bir diğerinden fenotipik olarak ayırt edilmesi oldukça zordur. Kısa