$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Sınıflandırma, organizmaları fenotipik benzerliklerine veya evrimsel ilişkilerine göre hiyerarşik olarak kapsayıcı gruplar halinde organize etme sürecidir. Bir tür, bir veya daha fazla suşu içerir ve yakın akraba türler cinsler halinde gruplandırılır. Cinsler daha sonra ailelere, aileler takımlara, takımlar sınıflara ve böylece en geniş taksonomik seviye olan domain seviyesine kadar sınıflandırılır; bu seviye, fenotipik ve genotipik verilerin bir kombinasyonundan türetilir.
Organizmaların adlandırılması, Carl Linnaeus tarafından geliştirilen binomial sisteme uyar; burada her organizmaya bir cins adı ve bir tür epiteti verilir ve bu isimler italik yazılır. Yeni mikrobiyal taksonların adlandırılması, Uluslararası Prokaryot Sistematiği Komitesi (ICSP) tarafından denetlenen ve Bakteriyolojik Kod olarak da bilinen Uluslararası Bakteri Adlandırma Kodu tarafından yönetilir. Bu kod, doğrulama için gerekli resmi prosedürleri belirler. Yeni bir tür adı, ayırt edici özelliklerinin ayrıntılı bir tanımıyla birlikte sunulmalı ve en az iki uluslararası depoda canlı kültürlerin saklanması gerekir. Organizmalar henüz kültüre edilemediğinde veya saf formda elde edilemediğinde, "Candidatus" ön ekiyle geçici bir isim verilir. Örneğin: Candidatus Pelagibacter ubique (laboratuvarda büyütülmesi çok zor olan yaygın bir bakteri türü), Candidatus Heliomonas lunata (laboratuvarda saf kültür olarak büyütülemeyen bir bakteri türü). Güncellenmiş ve doğrulanmış bakteri ve arke listeleri, Adlandırmada Yer Alan Prokaryotik İsimlerin Listesi (http://www.bacterio.net) ve Prokaryotik İsimlendirme Güncel (http://www.dsmz.de) adreslerinde bulunabilir.
Bergey’in Sistematik Bakteriyoloji El Kitabı, bakteri ve arkeler için en yaygın kabul görmüş sınıflandırma sistemidir. 1923’ten bu yana mikrobiyologlar için temel bir kaynak olan bu el kitabı, sistematik tablolar, şekiller ve tanımlama araçları dahil ayrıntılı bilgiler sunar. Bir diğer önemli kaynak, prokaryotik organizmaların fizyolojisi, ekolojisi, filogenisi ve kültivasyonu hakkında kapsamlı bilgiler sağlayan The Prokaryotes’tir.
Amerikan Tip Kültürü Koleksiyonu, Belçika Koordineli Mikroorganizma Koleksiyonu, Pasteur Enstitüsü Koleksiyonu gibi ulusal mikrobiyal kültür koleksiyonları, mikrobiyal sistematikte hayati bir rol oynar. Bu depolar, genetik bütünlüklerini koruyan koşullarda canlı kültürleri saklar ve araştırma ile biyoçeşitlilik koruma için erişilebilirlik sağlar. Geleneksel müze örneklerinden farklı olarak, bu kültürler canlı halde tutulur ve sürekli çalışma ve karakterizasyon imkanı sunar. Bu koleksiyonlar ayrıca, gelecekteki taksonomik karşılaştırmalar için referans noktası olarak hizmet veren tip suşları korur.
