Methods to Assess Microbial Communities

Mikrobiyal topluluk, ortak bir habitat içinde birlikte yaşayan ve etkileşime giren bakteriler, arkeler ve mikrobiyal ökaryotlardan oluşan bir konsorsiyumdur.

Mikrobiyal topluluk yapısı genellikle zenginlik, göreceli bolluk ve eşitlik kullanılarak tanımlanır.

Bir örneklemde zenginlik, tespit edilen taksonların sayısıdır, göreceli bolluk ise her taksonun oranını nicelleştirir. Eşitlik, bireylerin taksonlar arasında ne kadar eşit dağıldığını tanımlar.

Şu anda, mikrobiyal toplulukların profilini oluşturmak için kültürden bağımsız moleküler yaklaşımlar kullanılmaktadır.

Metagenomik, toprak gibi çevresel örneklerden alınan DNA'yı inceler ve büyük ölçüde mikrobiyal topluluk bileşiminin profillenmesinde kullanılır.

Metatranskriptomik, mRNA ekspresyonunun değerlendirilmesini sağlar ve enzim üretimi veya yağ bozunması gibi aktif mikrobiyal fonksiyonların anlık görüntüsünü verir.

Metaproteomik ve metabolomik, çevredeki proteinleri ve metabolitleri tanımlar; mikropların besin parçalanması ve biyojeokimyasal döngü gibi süreçlere nasıl katkıda bulunduğunu ortaya koyar.