Video biyoinformatik otomatik işleme, analiz, anlayış ve mikroskobik videos çıkarılan biyolojik uzay-zamansal veri veri madenciliği. Bu makalenin amacı, bir video biyoinformatik yöntemi kullanarak insan embriyonik kök hücre koloni gelişimini ölçmek için bir yöntem göstermektir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Video Biyoinformatik İnsan Embriyonik Kök Hücre Colony Büyüme Analizi
Bu makalede
Özet
Özet
Video veri karmaşık ve çok sayıda resim, video malzeme madencilik bilgileri oluşan Çünkü bilgisayar yazılım yardımı olmadan yapmak zor. Video biyoinformatik kalma madencilik ve analiz gerçekleştirmek için bilgisayar yazılımı kullanarak video görüntüleri uzay-zamansal veri ayıklamak için güçlü bir kantitatif bir yaklaşımdır. Bu makalede, zaman atlamalı video, video görüntüleme için bir kamera ile donatılmış bir Nikon BioStation CT inkübatör toplanan analiz ederek insan embriyonik kök hücreleri (hESC) büyüme ölçülmesi için bir video biyoinformatik yöntemi tanıtmak. Deneylerde, Matrigel için bağlıydık hESC koloniler BioStation CT 48 saat için çekildi. Bu kolonilerin büyüme oranını belirlemek için, yemek tarifleri, kullanıcıların video görüntüleri çeşitli veri türlerini ayıklamak için sağlayan CL-Quant yazılımı kullanılarak geliştirilmiştir. Doğru koloni gelişimini değerlendirmek için, üç yemek tarifleri oluşturuldu. Zamanla koloni koloni ve arka plan, video dizisi boyunca koloniler doğru tanımlamak için ikinci gelişmiş görüntü, ve üçüncü içine ilk bölümlenmiş görüntü piksel sayısı ölçülür. 48 saat içinde bireysel hESC kolonilerin büyüme oranını analiz için bir BioStation BT toplanan video veri sırayla üç tarifleri koşmak vardı. CL-Quant tarifleri doğruluğuna doğrulamak için, aynı veri Adobe Photoshop yazılımı kullanarak manuel olarak analiz edildi. CL-Quant tarifleri ve Photoshop karşılaştırıldı elde edilen veriler, sonuçlar, CL-Quant tarifleri dürüst gösteren hemen hemen aynıydı. Burada açıklanan yöntem hESC veya koloniler halinde yetişen diğer hücrelere büyüme oranlarını ölçmek için herhangi bir video verilere uygulanabilir. Buna ek olarak, diğer video biyoinformatik tarifleri, göç, apoptozis ve hücre yapışması gibi diğer hücre süreçleri için gelecekte geliştirilebilir.
Protokol
Bölüm 1: Deney Prosedürü
Video verileri bir bilgi zenginliği içeren. Ancak, bu bilgiler genellikle ayıklamak zor ve insanlar tarafından elle yapılması ve tamamlanması için personel kaç saat zaman gerekebilir. Insanlar tarafından Manuel analizi, yorumlanması ve hata değişimi tabi. Video biyoinformatik, video görüntüleri belirli bir veri benim için bilgisayar yazılım kullanımını içerir. Bu analiz metodu hızlı ve analiz insanlar tarafından elle yapılır oluşur hata ortadan kaldırabilir. Bu makalenin amacı, bir video biyoinformatik yöntemi kullanarak insan embriyonik kök hücre kolonisi büyüme miktarının belirlenmesi için bir yöntem göstermektir.....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Video biyoinformatik araçlar, video görüntüleri hızlı bir şekilde veri ayıklamak için güçlüdür. HESC koloni büyüme miktarının belirlenmesi için protokol biyolojik bir sorun video biyoenformatik bir uygulama göstermektedir. Bu yöntem, kantitatif ve bireysel hESC koloniler ifşa veri ilginç bir özelliği vardır. Video biyoinformatik tarifleri, proliferasyon, göç, apoptozis ve substrat hücre eklenti ve komşu hücrelere hücre eklenti gibi diğer hücresel işlemlerini izlemek için geliştirilebilir. Tarifler doğruluğu, Photoshop k.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Teşekkürler
Bu yöntemin gelişimi Kaliforniya Tütün İlgili Hastalıkları Araştırma Programı, video Biyoinformatik UCR California Rejeneratif Tıp Enstitüsü, ve NSF IGERT hibe (0.903.667) (fon tarafından mümkün olmuştur http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php ). Sabrina Lin, Yüksek Lisans Bölümü Tez Bursu tarafından desteklenen, Shawn Forteno bir NIH MARC Bursu tarafından desteklenen ve Shruthi Satish, Yüksek Lisans Bölümü Bursu tarafından desteklenmektedir. Biz rakamlar hazırlarken ona yardım için Anna Trtchounian minnettar. Ayrıca Sam Alworth ve Ned Jastromb CL-Quant yazılım nasıl kullanabileceğimizi bize öğretmek için teş....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| mTeSR1 İnsan Embriyonik Kök Hücre Bakım Besiyeri | Stem Cell Technologies | 05850 | veya hESC kültürü için uygun herhangi bir besiyeri. |
| BD Matrigel | BD Biosciences | 356234 | veya başka bir uygun substrat. |
| DMEM/F12 Bazal Besiyeri | Invitrogen | 11330-032 | |
| Ca2+ ve Mg2+ içermeyen Fosfat Tamponlu Salin | |||
| Accutase Enzim Hücre Ayırma Besiyeri | eBioscience | 00-4555-56 | veya başka bir uygun ayırma enzimi. |
| 3mm Cam boncuklar | Fisher Scientific | 11-312A | isteğe bağlı. |
| 12 kuyucuklu Doku Kültürü Plakları | BD Biosciences | 353043 | veya başka herhangi bir plak formatı. |
| Nikon BioStation CT/IM | veya video veri toplamak için uygun diğer inkübatör/mikroskop. | ||
| CL-Quant yazılımı (Nikon) ve/veya Photoshop (Adobe). |
Yeniden basım ve izinler
