Yöntem makalesi

FFPE Tümör Dokusu Makrodiseksiyonu: Boyanmamış Örneklerden Spesifik Tümör Dokusu Elde Etme Tekniği

30 Nisan 2023

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Kaynak: Sugimoto, K. et al. Gastrointestinal Kanserde DNA Metilasyonunun Genom Çapında Analizi. J. Vis. Uzm. (2020)

Bu videoda, belirli bir kanser dokusu elde etmek için boyanmamış doku örneklerinden kanser dokusunun manuel makrodiseksiyonu için bir yöntem açıklanmaktadır. Doku bölümü, gastrointestinal kanserler üzerinde genom çapında çalışmalar için DNA elde etmek üzere daha fazla işlenebilir.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Slaytları Kazıma

  1. 650 mL dietilpirokarbonat (DEPC) ile arıtılmış su, 100 mL etilendiamintetraasetik asit (EDTA), 50 ml Tris hidroklorür (Tris-HCL) 2 M pH 8.8 ve 200 mL %10 sodyum dodesil sülfat (SDS) ile sindirim/lizis tamponu hazırlayın (bkz.
  2. 1,5 mL'lik tek kullanımlık polipropilen tüpü 80 μL sindirim/lizis tamponu ile doldurun (Malzeme Tablosuna bakınız).
  3. Tampona temiz bir pipet ucu koyun.
  4. Makrodiseksiyon için en uygun tümör bölgesinin kanser dokularını uygun H & E boyalı bölüme göre tanımlayın.
  5. İşaretli H & E lekeli bölüme dayalı olarak kanser dokusunu makrodiseksiyon yapın.
    1. Temiz bir tıraş bıçağı alın ve kanser dokusunu slayttan nazikçe kazıyın, tek parça halinde tutmaya çalışın, böylece çalışmayı daha kolay hale getirin.
    2. Pipet ucunu tampon içeren tek kullanımlık bir polipropilen tüpten çıkarın ve hurdaya çıkarılan dokuyu tampon şişesine aktarmak için kullanın (bkz. Malzeme Tablosu).
      NOT: Islak uç dokuyu çekmelidir, bu da transferi kolaylaştırır.
  6. Slaytların geri kalanıyla birlikte adım 1.5'i tekrarlayın.
  7. Tüm doku tek kullanımlık polipropilen tüpe girdikten sonra, dokunun tamamen suya batırıldığından ve tüpün duvarına yapışmadığından emin olmak için ucu kullanın.
  8. Şişeye 20 μL subtilisin ile ilişkili serin proteaz ekleyin ve karıştırmak için hafifçe hafifçe vurun (bkz. Malzeme Tablosu).
  9. Şişeyi en az 4 saat veya gece boyunca 55 ° C'lik bir ısı bloğuna yerleştirin. 2 saat sonra hafifçe girdap yaptığınızdan emin olun.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
Herhangi bir çıkar çatışması beyan edilmedi.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
% 10 Sodyum dodesil sülfat (SDS) Kalite Biyolojik351-032-721 EA
DEPC ile arıtılmış su Kalite Biyolojik351-068-131
Etilendiamintetraasetik asit (EDTA) Corning46-034-CL
Tris hidroklorür (Tris-HCL) 2 M pH 8.8 Kalite Biyolojik351-092-101
Proteinaz K New England Biyolojik Laboratuvarları P8107S Serisi
Tek kullanımlık polipropilen (Eppendorf) tüpEppendorf Belediyesi24533495

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

FFPE DokuH E BoyamaKanser Dokusu zolasyonuLizis Tamponu UygulamasProteaz nk basyonuJiletle Kaz maDoku TransferiDNA EkstraksiyonuGastrointestinal Kanser

İlgili makaleler