Method Article

Journal kullanarak İnsan Retina Cerrahi Örneklerinin transkriptomik Analizi

DOI:

10.3791/50375

⸱

August 14th, 2013

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1U968, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, 2UMR S 968, Université Pierre et Marie Curie, 3UMR 7210, Centre National de la Recherche Scientifique, 4Départment d'Ophtalmologie, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biz retina dekolmanı bir transkriptomik analizi için retinektomi gelen retina örnekleri kullanılır. Ayrıca, cerrahi blokları ve laboratuar arasında RNA koruma sağlayan bir işlem geliştirilmiştir. Biz saflaştırılmış RNA mikroarray analizi için uygun olduğunu sağlamak için sezyum klorür Ultrasantrifügasyon RNA arındırmak için standart bir protokol.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Retina dekolmanı (RD) retina pigment epiteli (RPE) gelen nörosensöriyel retinanın bir ayrılık açıklar. RPE ışığa duyarlı nöronlar, fotoreseptör normal fonksiyonu için gereklidir. RPE, retina dekolmanı hücre dışı sıvı ile dolu bir fiziksel boşluk oluşturur. RD nörosensöriyel retina ve iyonları ve metabolitleri fizyolojik değişim ciddi tedirgin çünkü RPE hem etkileyen hücresel ve moleküler yan etkiler başlatır. Vizyonu için sonucu vizyonu 1 restorasyon iki doku sonuçları hızlı bir reapposition beri dekolmanı süresi ile ilgilidir. RD tedavisi sadece cerrahidir. Vitreus jeli (vitrektomi) çıkarılması retina dekolmanı lehine müstakil alanı çevresinde retina kaldırılması olmayan parçası takip eder. Kaldırılan retina örnekleri res nullius (bir şey) ve dolayısıyla normal atılır.Bu cerrahi örneklerden RNA kurtarmak için, laboratuvara cerrahi blok aktarımı sırasında RNA koruma sağlar prosedürü dergi geliştirdi. Ayrıca sezyum klorür Ultrasantrifügasyon RNA arındırmak için standart bir protokol saflaştırılmış RNA'lar küresel gen ekspresyon analizi için uygun olduğunu sağlamak için. RNA kalitesi hem RT-PCR ve mikroarray analizi ile doğrulandı. Verilerin analizi RD iltihap ve fotoreseptör dejenerasyonunun bir anda tutulumu görülmektedir.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Retina dekolmanı temel tedavi amacı (RD) retina pigment epitel hücrelerinden fotoreseptör ayrılması kaynaklanan fotoreseptör hücre hasarı ve retina iltihabı sınırlamak için bir yol bulmaktır. RD sırasında, RPE hücreleri dediferansiye, göç, aktive edilir ve komplikasyonlara yol açabilir kasılma güçleri uygulamakla, müstakil retina yüzeyinde çoğalırlar. RD transkriptomik analizi RD ve cerrahi ile birlikte son görme sonucu geliştirmek dolayısıyla gelecekteki tedavi molekülleri takip modifiye ifade ile hedef genleri tanımlamak için bir yoldur. İyi deoksiribonükleik asit (DNA) olarak ribonükleik asit (RNA) sabit değil bilinen, genetik çalışmalar için yaygın olarak kullanı....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Journal: Cerrahi Blok gelen örnekler yeniden elde etmek Prosedürü

Laboratuarda

  1. Ekspres kargo şirketi bir ithalat sözleşme alın.
  2. Laboratuvar (Telefon numarası ve E-posta adresi) olarak kişi gösteren laboratuvarın posta adresi ile (veya 25) nakliye formları 10 doldurun.
  3. (Veya 25) 10 hazırlayın örnek formlar 10 (veya 25) 1 sayılı. Bu formlar), hastanın bir) anonim kimlik hakkında bilgi vermek cerrahi tarih ve c) herhangi bir ek açıklamalar cerrah eklemek istiyorum b özel boşluk. 10 (veya 25) yastıklı zarflar (150 x 210 mm) hazırlayın.
  4. (DEPC) H2O (GHCl) ile tedavi edilen dietilpirokarbonat i....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Prosedür Dergisi (Şekil 1) bize saflaştırılmış RNA için cerrahi blok retina örnekleri kurtarmak ve retina dekolmanı transcriptome analiz etmeyi sağlar. Monosit kemotaktik MCP1 gen CCL2, en upregülasyonu ve gen GNAT1, kısa dalga koni opsin OPN1SW ve homeogene CRX (Şekil 2) iletici çubuk fotoreseptör ifade azalma retina dekolmanı sonuçları. GNAT1, OPN1SW ve CRX eş zamanlı olarak indirgenmesi fotoreseptör dejenerasyonu, çubuk ve koni he.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Cerrahi blok doku kurtarma için bir prosedürün geliştirilmesi retina dekolmanı transcriptome analizi için gerekli olmuştur. Bir cerrahi bu tip acil durumlarda ve göz doktorlarının çalışma, faaliyet zaman biyolojik bir araştırma programına katılmak için çok az zaman var uygulanan olduğunu dikkate almalıyız. Bu retinektomi da istatistiksel numaraları ulaşmak için daha kolay bir şekilde bir ağ ile çalışmak, böylece her hizmet stokastik gerçekleştirilir. Bu ağ olarak, doku toplama standardizasyon biyolojik analiz başarısı g.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biz RNA arıtma protokolü düzenleme katkılarından dolayı Sacha Reichman ve Dominique Santiard-Baron teşekkür ederim.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
SantrifüjBeckman CoulterAventi J-E
RotorBeckman CoulterJS-5.3
UltrasantrifüjBeckman CoulterLE 80K
RotorBeckman CoulterSW41
Güç kaynağıBioradPac 3000
PolytronTMKinematicaPT 2100Birlikte Verilir PT-DA 2105:2
Agaroz jel elektroforez cihazıBioradMiniGel Cell GT
Görüntüleme Sistemi BioradGelDoc-It Görüntüleyici
5 ml steril polietilen tüpGreiner115261
Steril poliallomer santrifüj tüpü Beckman Coulter331372
Kimyasal reaktiflerSigmaMoleküler biyoloji sınıfı (RNase ve DNaz içermeyen ürünler)
Temizleme Solüsyonu VWRRBS
Mikroarray çipAffymetrixİnsan U133 artı 2 dizi
ile

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Mitry, D., Charteris, D. G., et al. The epidemiology of rhegmatogenous retinal detachment: geographical variation and clinical associations. The British Journal of Ophthalmology. 94 (6), 678(2010).
  2. Green, R. E., Krause, J., et al. A d....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Retinal DetachmentRNA PurificationCesium Chloride UltracentrifugationTranscriptomic AnalysisJouRNAl ProcedureHuman Retinal SpecimensInflammation MarkersPhotoreceptor DegenerationGene Expression AnalysisGel Electrophoresis

Related Articles