Nöronal popülasyonları in vitro olarak fotostimül etmek için optogenetik bir yaklaşım kullanarak ön beyin devrelerinin fonksiyonel topografyasını ve sinaptik özelliklerini karakterize etmek için bir yöntem açıklıyoruz.
Yöntem makalesi
Nöronal popülasyonları in vitro olarak fotostimül etmek için optogenetik bir yaklaşım kullanarak ön beyin devrelerinin fonksiyonel topografyasını ve sinaptik özelliklerini karakterize etmek için bir yöntem açıklıyoruz.
Duyusal ön beyin, işlevsel özellikleri henüz tam olarak aydınlatılamamış, karmaşık bir şekilde bağlantılı hücre tiplerinden oluşur. Bu ön beyin devrelerinin etkileşimlerinin anlaşılması, son zamanlarda nöronal aktivitenin ışık aracılı modülasyonu için optogenetik yöntemlerin geliştirilmesiyle desteklenmiştir. Burada, viral aracılı transfeksiyon yoluyla optogenetik olarak eksprese edilen channelrhodopsinin lazer taramalı fotostimülasyonunu kullanarak in vitro olarak ön beyin devrelerinin fonksiyonel organizasyonunu incelemek için bir protokol açıklıyoruz. Bu yaklaşım aynı zamanda transgenik farelerde spesifik nöronal hücre tiplerinde ekspresyonu hedeflemek için cre-lox rekombinasyonunun faydasından da yararlanır. Transfeksiyonu takiben, nöronlar, channelrhodopsin eksprese eden liflerin lazer taramalı fotostimülasyonuna uyarılmış tepkilerini ölçmek için tüm hücre yama kelepçesi kullanılarak dilim preparatlarında fizyolojik olarak kaydedilir. Bu yaklaşım, fonksiyonel topografya ve sinaptik özelliklerin değerlendirilmesini sağlar. Morfolojik korelasyonlar, canlı dilimin veya sonradan sabitlenmiş dokunun konfokal mikroskobu kullanılarak channelrhodopsin eksprese eden liflerin nöroanatomik ekspresyonunun görüntülenmesiyle elde edilebilir. Bu yöntemler, daha geleneksel yaklaşımlara dayanan ön beyin devrelerinin fonksiyonel araştırmalarını mümkün kılar.
Memeli ön beyninin ayrıntılı devresi, iç içe geçmiş bileşenlerinin işlevsel rollerini incelemek için deneysel bir zorluk teşkil ediyor. Bu ilişkilerin çözülmesi, son zamanlarda nöronal popülasyonları ve bunların projeksiyonlarını özellikle heyecanlandırmak ve inhibe etmek için optogenetik yöntemlerin geliştirilmesiyle desteklenmiştir1-3. Bu yaklaşımlar, ışığa duyarlı membran kanallarının genetik olarak kontrol edilen ekspresyonunu kullanır4-6. Özellikle, ışık kapılı bir iyon kanalı olan channelrhodopsin, optik stimülasyonu takiben nöronal zarları depolarize eder ve eksprese eden nöronun ve projeksiyonlarının uyarılmasına yol açar4,7. Tersine, ışık kapılı bir klorür pompası olan halorhodopin, zarı hiperpolarize eder, böylece hedeflenen projeksiyonu6,8,9 inhibe eder. Bu opsinlerin çeşitli varyantları tasarlanmış, ilgilenilen nöronal popülasyonlarda transfeksiyon ve ekspresyon için çoklu vektörler üretilmiş ve bu opsinleri yapısal olarak eksprese eden veya ekspresyonlarının cre-lox aracılı kontrolünü sağlayan transgenik fare hatları tasarlanmıştır1,2,10,11.
Bu optogenetik yöntemlerin ve materyallerin faydası, modern deneysel sinirbilimde devrim yaratmış ve organizmanın fizyolojisi ve davranışındaki belirli nöral devrelerin rolünün incelenmesini sağlamıştır12-15. Özellikle, bu yöntemler in vitro dilim preparatları16-20 kullanılarak beyin devrelerinin fonksiyonel diseksiyonuna güçlü bir şekilde uygulanabilir. Bu bağlamda, bu yöntemin temel avantajlarından biri, serebral kortikal hemisferler arasındaki kommissural bağlantılar gibi, kalın bir dilimde korunması imkansız olmasa da zor olan uzun menzilli projeksiyonların fizyolojisini karakterize etme yeteneğidir16. Ayrıca, bu teknoloji, halorhodopsin6,8,9 kullanılarak ince zamansal hassasiyetle projeksiyonların seçici olarak engellenmesi gibi diğer yöntemlerle mümkün olmayan manipülasyonları mümkün kılar. Ayrıca, bu opsinlerin hücre tipine özgü ekspresyonu, bir nöral devredeki izole bileşenlerin seçici olarak uyarılmasına veya inhibe edilmesine izin verir1,2,11,15,21. Bu nedenle, bu yeni optogenetik araçlar, fizyoloji ve davranışa nöronal katkıların benzeri görülmemiş bir analizini mümkün kılar.
Burada, adeno-ilişkili viral (AAV) vektörler1,2 kullanarak fare beyninde channelrhodopsin eksprese etmek için bir protokol açıklıyoruz. Hedeflenen nöronal popülasyonların spesifik transfeksiyonu, hedeflenen nöronlarda Cre-rekombinaz eksprese eden uygun promotör yapıları veya transgenik fareler seçimi ve 'floklanmış' bir viral yapı1,11,15,21 ile bu protokol kullanılarak gerçekleştirilebilir (Şekil 1). Burada örnek olarak, birincil görsel korteks (V1) ve ikincil görsel korteks (V2) arasındaki kortikotortik projeksiyonları inceliyoruz ve ayrıca primer somatorsensoriyel korteksten (S1) ventroposterior medial çekirdeğe (VPm) katman 6 kortikotalamik projeksiyonu araştırıyoruz. Sinaptik fizyolojiyi ve fonksiyonel topografyayı değerlendirmek için bu spesifik ekspresyonu in vitro lazer taramalı fotostimülasyon ile birleştiriyoruz. Burada sunulan kurulum, fotostimülasyon lokuslarının hassas uzamsal konumlandırılmasını ve kontrolünü sağlar. Son olarak, konfokal mikroskopi kullanarak ifade kalıplarının görselleştirilmesini açıklıyoruz.
1. Cerrahi ve Enjeksiyonlar
2. Dilim Hazırlama
3. Fizyolojik Kayıt
4. Lazer taramalı Fotostimülasyon
5. Sabit Dilim Görüntüleme
Bir Balb/C faresinin V1 bölgesine pAAV-CaMKIIa-hChR2(H134R)-EYFP enjeksiyonları yapıldıktan sonra, faredeki primer görsel alan (V1) ile sekonder görsel alan (V2) arasındaki projeksiyonların lazer taramalı fotostimülasyonu gerçekleştirilmiştir (Şekil 3). Bu viral konstrükttaki CaMKIIa promotörü, eksitatör glutamaterjik nöronlarda channelrhodopsin-EYFP'nin spesifik ekspresyonunu sağlar1,15. Fizyolojik kayıt için dilimler hazırlandıktan sonra, channelrhodopsin-EYFP liflerinin ekspresyonu, yani konjuge EYFP'nin epifloresansı, V1'den V2'ye uzanırken gözlemlenmiştir (Şekil 3A). Ayrıca, lateral genikulat nukleustaki (LGN) kortikotalamik lifler de gözlemlenmiştir (Şekil 3A). V2'deki bir nörondan yapılan tüm hücre yama kenetleme (whole-cell patch clamp) kayıtları, V2'nin alt tabakalarında channelrhodopsin-EYFP eksprese eden liflerin lazer taramalı fotostimülasyonunu takiben uyarılan EPSC'leri ortaya çıkarmıştır (Şekil 3B).
Bir başka örnekte, primer somatosensoriyel korteksin (S1) 6. tabakasından ventroposterior çekirdeğe (VP) uzanan kortikotalamik projeksiyonların lazer taramalı fotostimülasyonu bu protokol kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Burada, 6. tabaka nöronlarında ve ilgili kortikotalamik projeksiyonlarda kanalrodopsin ekspresyonunu spesifik olarak hedeflemek için Cre-Lox yaklaşımı kullandık. Açıkça belirtmek gerekirse, B6.Cg-Tg(Ntsr1-cre)GN220Gsat/Mmcd farelerinin S1 bölgesine pAAV-Ef1a-DIO-hChR2(H134R)-EYFP-WPRE-pA enjekte ettik (Şekil 1 ve 4). Bu transgenik fare hattı, Cre-rekombinazı spesifik olarak 6. tabaka kortikotalamik nöronlarında eksprese eder21 ve bu nedenle 'floxed' AAV konstrüktü ile transfeksiyondan sonra yalnızca bu nöronlarda ChR-YFP ekspresyonu gerçekleşir. Kesitlerin hazırlanmasının ardından, kanalrodopsin-EYFP lifleri 6. tabaka nöronlarında ve 4. tabaka ile VP'ye projeksiyon yapan liflerde gözlemlenmiştir (Şekil 4A ve 4B). Tüm hücre yama kenetleme (whole-cell patch clamp) yöntemiyle bir VPm nöronundan alınan fizyolojik kayıtlar, kaydedilen nöronun yakınında yapılan lazer taramalı fotostimülasyonun ardından EPSC'lerin tetiklenebildiğini ortaya koymuştur (Şekil 4C ve 4D).
Etiketli fiberlerin morfolojisi, fizyolojik kayıtların ardından daha kolay bir şekilde değerlendirildi. Burada, tabaka 6 kortikotalamik nöronlarında channelrhodopsin-EYFP ekspresyonu olan kesit preparatlarını yeniden kestik (50 μm) (Şekil 5). Bu işlem, tabaka 6'dan tabaka 4'e uzanan, burada sonlanan ve yaygın şekilde dallanan etiketli fiberlerin ince bir paternini ortaya çıkardı (Şekil 5A). Ayrıca, beyaz maddeye girerek talamusa doğru ilerleyen kortikotalamik fiberler gözlemlendi (Şekil 5A ve 5B).

Şekil 1. Cre-Lox yaklaşımı ile channelrhodopsin'in hedeflenmiş ekspresyonunun şematik gösterimi. İlgili nöronal popülasyonlarda Cre-rekombinaz eksprese eden transgenik farelere, YFP gibi floresan bir proteine füzyonlanmış channelrhodopsin kodlayan 'floxed' bir virüs enjekte edilir. Transfeksiyondan sonra, yalnızca Cre-rekombinaz içeren nöronlar channelrhodopsin-EYFP eksprese edecektir. Daha büyük görüntüyü görmek için buraya tıklayın.

Şekil 2. Fotostimülasyon düzeneğinin şematik gösterimi. (A) Lazer taramalı fotostimülasyon düzeneğinin şeması. Lazer ışını, açık ışın sistemi üzerinden sırasıyla bir dekansöre ve bir nötr yoğunluk (N.D.) filtresine yönlendirilir. Bir lamel, ışının bir kısmını lazer gücü ölçümleri için bir amplifikatöre bağlı fotodiyoda yansıtır. Lazer ışınını, ışını mikroskobun üst kısmındaki bir yan porttan yönlendiren bir tarama lensi aracılığıyla konumlandırmak için ayna galvanometreleri kullanılır. Işın daha sonra dikroik bir ayna kullanılarak objektif lens üzerinden kesit preparatına doğru aşağıya yansıtılır. Daha fazla ayrıntı için bkz. Lam ve Sherman23 ile Shepherd29. (B) Şekil 3'te gösterilen temsili deney için fotostimülasyon ızgara deseni örneği. 16 x 16 boyutundaki stimülasyon ızgarası, kesit preparatının bir fotomikrografı üzerine yerleştirilmiştir. Kırmızı bir yıldız, tüm hücre yama kenetleme (whole-cell patch clamp) yöntemiyle kaydı yapılan bir nöronun konumunu belirtir. Lazer ışınının konumu, ayna galvanometrelerinin bilgisayarlı konumlandırmasıyla stimülasyon ızgarasındaki 256 konumun her birine yönlendirilir. İlk 5 stimülasyon bölgesinin lazer konumları şekilde gösterilmiştir. Kaydedilen nöronun her bir bölgedeki fotostimülasyona verdiği yanıtlar Şekil 3'te gösterilmiştir. Daha büyük görüntüyü görmek için buraya tıklayın.

Şekil 3. Farede primer görsel korteksten (V1) sekonder görsel kortekse (V2) uzanan kortikokortikal projeksiyonların lazer taramalı fotostimülasyonu. (A) V1'den V2'ye ve lateral genikulat çekirdekteki (LGN) channelrhodopsin-EYFP fiberlerini gösteren kesit preparatının epifloresan görüntüsü. Eksitatuar glutamaterjik nöronlarda channelrhodopsin-EYFP'nin spesifik ekspresyonu, CaMKIIa promotörü içeren viral bir konstrükt tarafından yönlendirilmiştir. (B) Lazer taramalı fotostimülasyonun ardından V2'deki bir nörondan uyarılan eksitatuar postsinaptik akımlar (EPSCs). Kırmızı yıldız kayıt yerini belirtmektedir. Ölçek çubukları: (A) 500 µm, (B) 200 pA, 100 msec. Daha büyük görüntüyü görmek için buraya tıklayın.

Şekil 4. Farede primer somatosensoriyel korteksten (S1) ventroposteriyor nükleusa (VP) uzanan kortikotalamik projeksiyonların lazer taramalı fotostimülasyonu. (A) S1'deki channelrhodopsin-EYFP liflerini gösteren kesit preparatının epifloresan görüntüsü. (B) VP'deki işaretli liflerin epifloresan görüntüsü. (C) Lazer taramalı fotostimülasyonun ardından bir VP nöronundan uyarılan eksitatör postsinaptik akımlar (EPSCs). (D) Ortalama EPSC'lerin grafiği. Kırmızı yıldız kayıt yerini belirtir. (C) kısmındaki kutulu izler, (D) kısmındaki kutulu değerlerle uyumludur. Ölçek çubukları: (A) 250 µm, (B) 250 µm, (C) 100 pA, 100 msec. Daha büyük görüntüyü görmek için buraya tıklayın.

Şekil 5. Farelerin primer somatosensoriyel korteksinde (S1) channelrhodopsin-EYFP eksprese eden tabaka 6 nöronlarının görüntülenmesi. (A-B) Tabaka 6'daki etiketlenmiş nöronlar ile tabaka 4'e ve beyaz maddeye projeksiyon yapan lifler. Ölçek çubukları: (A) 250 µm, (B) 250 µm. Daha büyük görüntüyü görmek için buraya tıklayın.
Açıklanan protokol, ön beyin devrelerinin, yani talamus ve korteks devrelerinin araştırılmasıyla sınırlı olmayan, nöronal devrelerin fonksiyonel topografyası ve fizyolojisinin in vitro değerlendirmesi için bir yaklaşımı detaylandırmaktadır. Optogenetik transfeksiyon için çeşitli viral yapılar bilim camiasının kullanımına sunulmuştur ve UNC Vektör Çekirdeğinden kolayca elde edilebilir. Kolayca bulunabilen viral yapıların bir açıklaması için, Stanford Üniversitesi32'deki Deisseroth Laboratuvarı'ndaki optogenetik kaynak sayfası olan UNC Vector Core 31'e ve MIT33'teki Boyden sentetik nörobiyoloji laboratuvarına bakın. Bu opsinlerin varyantları bu laboratuvarlar tarafından geliştirilmiştir ve nöronal uyarılabilirliği kontrol etmek için geniş kapsamlı modlar sağlar1,2. Bu vektörlerin UNC Vektör Çekirdeğinden elde edilmesi, kaynak laboratuvarlardan bir Malzeme Transfer Anlaşması gerektirir. Bu protokolde, polibren ilavesinin transfeksiyon etkinliğini arttırdığını not ediyoruz. Ek olarak, ifadeyi etkileyen bir diğer değişken de ameliyat sonrası iyileşme dönemidir ve farelerin ön beyin yollarında sağlam bir ifade elde etmek için en az 14 günlük bir sürenin yeterli olduğunu not ediyoruz.
Spesifik nöronal grupların hedeflenen transfeksiyonu için, geliştirilmiş11 'flokslu' ters çevrilmiş açık okuma çerçevesi viral yapıları ile kombinasyon halinde kullanılabilen birkaç Cre-transgenik fare hattı geliştirilmiştir. Sinirbilim araştırmalarıyla ilgili çeşitli suşlar, Mutant Fare Bölgesel Kaynak Merkezleri34 aracılığıyla edinilebilir. Bu transgenik hatlardaki Cre-rekombinaz ekspresyon paternlerinin atlasları, GENSAT veritabanı35 aracılığıyla sunulmaktadır. Ek olarak, Jackson Labs, belirli nöronal gruplarda opsinleri yapısal olarak eksprese eden diğerlerinin yanı sıra birkaç Cre-transgenik suş sunar. Bu fare hatlarını kullanmanın kritik bir adımı, bir üreme kolonisi elde etmek ve kurmak için gereken süreyi hesaba katmaktır ve bu, ilgilenilen türe göre değişebilir.
Fotostimülasyon için, Northwestern Üniversitesi'ndeki Shepherd Lab tarafından geliştirilen ve yakın tarihli bir protokol29'da açıklanan kurulumu kullandık ve uyarladık. Glutamat kafesinin açılması için optimize edilmiş olmasına rağmen, bu kurulum, modifikasyon yapılmadan channelrodopsin'in fotostimülasyonu için de uygundur. Bu kurulum, kaydedilen nöronların channelrodopsin innervasyonunun fonksiyonel topografyasının değerlendirilmesini sağlayan fotostimülasyon lokuslarının hassas uzamsal kontrolünü ve konumlandırılmasını sağlar. Uzamsal kontrol, bu fotostimülasyon yöntemiyle geliştirilmiş olsa da, LED tabanlı alan aydınlatması20 kullanan yöntemlerden daha uygun maliyetlidir. Ek olarak, beyin dokusunun tekdüze olmaması, optogenetiğin veya ışığın manipülasyonunu içeren herhangi bir tekniğin bir sınırlamasıdır. Ancak pratikte, sonuçlar çoğunlukla niteliksel bir şekilde yorumlandığı için nadiren bir faktördür. Beyin bölgeleri arasında daha niceliksel karşılaştırmaya ihtiyaç duyulması durumunda, "doymuş" tepkiler elde etmek için her zaman maksimum ışık yoğunluğu kullanılabilir.
Ek olarak, lazer taramalı fotostimülasyonu kontrol etmek ve veri toplamak için Matlab'da yazılmış hem Tidelwave hem de Ephus yazılım programlarını kullandık25,26. Bununla birlikte, benzer bir sistem kuranların, Janelia Farms geliştirme sitesi30 aracılığıyla sağlanan desteğe sahip daha yeni Ephus yazılımı26'yı kullanmaları önerilir. Önemli bir adım, donanım gereksinimleri biraz farklı olduğundan, bu yazılım paketlerinden hangisinin kullanılacağını seçmektir. Ek olarak, harita analiz programları ilgili veri toplama programlarına göre uyarlanmıştır.
Bu adımların birçoğu, uygulayıcının özel kurulumuna uyacak şekilde değiştirilebilir. Viral solüsyonların enjeksiyonları, bir şırınganın yanı sıra dağıtım mekanizmalarıyla da gerçekleştirilebilir, örneğin ~40 μm'lik uç çaplarına çekilen kılcal cam pipetler de iyi çalışır. Ameliyatlar için, enjeksiyonları yönlendirmek için bu tür koordinatlar gerekli değilse, stereotaksik olmayan bir başlık ikame edilebilir. Ek olarak, ACSF ve hücre içi çözelti bileşimleri, belirli deneysel gereksinimlere bağlı olarak değiştirilebilir, örneğin inhibitör akımları izole etmek için bir sezyum veya yüksek klorürlü hücre içi çözeltinin ikame edilmesi. Ayrıca, sabit dilimlerdeki ekspresyon paternlerinin görüntülenmesine bir alternatif, banyo perfüzyon sistemine sahip uygun bir görüntüleme teçhizatında canlı dilimde de yapılabilir.
Özetle, bu protokol, uygulayıcının, standart yöntemler kullanılarak mümkün olmayabilecek in vitro projeksiyonların fonksiyonel topografyasını ve sinaptik fizyolojisini karakterize etmesini sağlayacaktır, örn. bir dilimde korunamayan uzun menzilli projeksiyonları karakterize etmek. Açıklanan transfeksiyon protokolü, dağıtım mekanizması aynı olduğu için in vivo optogenetik deneyler1-3,12,14'e uygulanabilir. Son olarak, bu protokol farelerin transfeksiyonunu tanımlasa da, mevcut viral vektörlerin çoğu, bu opsinleri çok çeşitli memeli türlerinde teorik olarak transfekte etmek ve eksprese etmek için kullanılabilir, böylece sayısız karşılaştırmalı ve türe özgü çalışma1-3'e olanak tanır.
Yazarlar, rekabet eden çıkarları olmadığını beyan ederler. Yazar (CCL), bu protokolün bu filme alınmasında kullanılan bir enstrümanı üreten Leica Microsystems'den bir yayın hibesi aldı.
Bu çalışma, NIH/NIDCD hibesi R03 DC 011361, SVM CORP hibe LAV3202, NSF-LA EPSCoR hibe PFUND86 ve Leica Microsystems'den (CCL) bir yayın hibesi ve NIH/NIDCD hibesi R01 DC 008794 (SMS) tarafından desteklenmiştir.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Polybrene | Santa Cruz Biotech | SC134220 | |
| Paraformaldehit %32 çözelti | EMS | 15714 | |
| VECTASHIELD | Vektör Laboratuvarları | H-1400 | |
| AAV viral yapıları | UNC Vektör Çekirdeği | NA | |
| Fare stereotaktik kafa tutucu | Stoelting | 51730 | |
| Nanocool enjektör | Harvard Aparat | 703040 | |
| UV lazer: 355 nm, Nd:YVO4; 1 W; | DPSS Lasers, Inc | 3500 | |
| Galvonometreler | Cambridge Tarama | 6210 | |
| aynalar | Cambridge Tarama | 6m2003S-A | |
| montaj | Cambridge Tarama | 6102103L | |
| kablo | Cambridge Tarama | 6010-19-120 | |
| sürücü/denetleyici | Cambridge Tarama | 67121-1 | |
| Deklanşör - ZM kaplamalı (UV uyumlu) | Uniblitz | L23-ZM2 | |
| Deklanşör Kontrol Cihazı | Uniblitz | VMM-D1 | |
| Akım Amplifikatörü | Stanford Araştırma Sistemleri | SR570 | |
| 6713 kartı | Ulusal Aletler | 777741-01 | |
| 2110 koparma kutusu | Ulusal Aletler | 777643-01 | |
| PCI-MIO-16E-4 | Ulusal Aletler | 777383-01 | |
| BNC-2090 | Ulusal Aletler | 777270-01 | |
| Kablolar | Ulusal Aletler | 184749-01 | |
| MATLAB | Mathworks | ||
| TCS SP2 | Leica Microsystems |