Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Summary

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Abstract

Peptidomimetics protein ligandların büyük kaynaklarıdır. Bu bileşiklerin yapısı oligomerik kombinasyon kimyası kullanılarak katı faz üzerinde büyük bir sentetik kütüphaneler erişim sağlamaktadır. Peptidomimetiklerin en iyi okudu sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler sentez kolaydır ve proteolize dirençli ve hücre-geçirgen olduğu gösterilmiştir. Geçtiğimiz on yıl içinde, birçok yararlı protein ligandlar peptoit kütüphanelerin tarama yoluyla tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoid kütüphanelerden tespit ligandların en nadir istisnalar dışında, yüksek afinite gösteren yoktur. Bu peptoid moleküllerin şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar eksikliği, kısmen, bağlı olabilir. Son zamanlarda, biz peptid üçüncül amidler (PTAs) erişmek için yeni bir sentetik rota nitelendirdi. PTAs arasında, ancak peptidler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Α-karbon ve nitrojen atomları ana zincir her iki yan zincirleri ile,Bu moleküllerin yapı büyük ölçüde sterik engel ve Alilik 1,3 zorlanma tarafından kısıtlanır. (Şekil 1) Bu çalışma, bu moleküllerin yüksek PTA çözeltisi içinde yapılandırılmıştır ve protein ligandları belirlemek için kullanılabileceğini göstermektedir. Biz, bu moleküllerin yüksek afiniteli bir protein ligandlan, gelecekteki bir kaynak olabilir inanıyoruz. Burada bir örnek PTA bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kitaplığı sentezlemek için iki-ve-havuzu ve alt monomer stratejilerinin her ikisi de gücünü birleştirerek sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Introduction

Peptidomimetikler, doğal peptidlerin yapısını taklit eden bileşiklerdir. Bunlar, proteoliz ^1-3 karşı hücre geçirgenliği ve stabilitesi de dahil olmak üzere, doğal peptidler ile ilişkili problemlerin bazılarının üstesinden ise biyoaktiviyeyi korumak için tasarlanmıştır. Nedeniyle bu bileşiklerin oligomerik doğası, geniş sentetik kütüphaneler kolayca monomerik ya da alt-tek moleküllü sentetik yollar ^4-7 üzerinden erişilebilir. Peptidomimetiklerin en çok çalışılan sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler bir alt monomer strateji ^{8, 9} ile kolayca sentezlenebilir N-alkillenmiş glisin oligomerleridir. Birçok yararlı protein ligandla....

Protocol

1.. Split-ve-havuz Synthesis Temelleri

Etkili bir katı faz üzerinde bileşiklerin büyük bir sayı üretmek için, iki-ve-pool sentez genellikle genel bir strateji olarak kullanılır. Şekil 4'te gösterildiği gibi, TentaGel boncuk üç porsiyon halinde birinci bölünmüş bulunmaktadır. Her bölüm, boncuklar üzerinde ilk tortu üreten, farklı bir tepkin madde ile reaksiyona sokulur. Birinci reaksiyon sonra, tüm üç bölümlerini, bir araya toplanmış karıştırılmış ve daha sonra üç kısım halinde tekrar bölünür. Her bölüm bir daha boncuklar üzerinde ikinci bir tortu üreten, farklı bir tepkin maddesi ile reaksiyona girer. Iki bölünmüş ve-ha....

Results

Burada bağlayıcı ile bir PTA trimer üç temsil MALDI spektrumlarını göstermektedir. Şekil 6A'da gösterildiği gibi,% 50 TFA / DCM çözeltisi kullanılarak oda sıcaklığında ayrıldı zaman, önemli bir bozulma gözlenir. Şekil 6A'da, 593 ve tepe 484, bütün molekül başarılı bir kordon üzerinde sentezlenen ancak bölünme sırasında bozulmuş olduğunu göstermektedir, sırası ile, bağlayıcı ve PTA trimer karşılık gelir. Yukarıda tarif edildiği gibi düşük sıcaklık koşulları altında ayrıldı, Şekil.......

Discussion

Peptid üçüncül amidler (PTAs) peptidomimetik oligomerlerin bir süper ailesidir. Iyi çalışılmış peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptitlerin yanı sıra, bu aile içinde bileşiklerin büyük bir kısmı büyük oranda nedeniyle genel olarak N-alkile peptidler ulaşmak için sentetik yöntemin eksikliği, ilgili yeterli kalmaktadır. Burada amino asitlerden türetilen kapsamındaki şiral yapı birimleri ile PTA sentezlenmesi için etkili bir yöntem tarif eder. Daha önce, PTA moleküllerin ²³ sentezi kitaplıklarına yeni bir .......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 trimetilpiridin	ACROS	161950010	CAS: 108-75-8
2-morfolinoetanamin	Sigma-Aldrich	06680	CAS: 2038-03-1 ve nbsp;
% 48 HBr su çözeltisi	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS: 10035-10-6
Asetaldehit	Sigma-Aldrich	402788	CAS: 75-07-0
Asetonitril	Fisher	SR015AA-19PS	CAS: 75-05-8
Susuz tetrahidrofuran (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS: 109-99-9
benzilamin	Sigma-Aldrich	185701	CAS: 100-46-9
bis (Triklorometil) karbonat (BTC)	ACROS	258950050	CAS: 32315-10-9
Bromoasetik asit	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
Kloranil	Sigma-Aldrich	23290	CAS:118-75-2
Sikloheksanetimamin	Sigma-Aldrich	101842	CAS:3218-02-8
D2O	Cambridge İzotop	DLM-4-99.8-1000	CAS:7789-20-0
D-Alanin	Anaspec	61387-100	CAS:338-69-2
Diklorometan (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS: 75-09-2
Dimetilformamid (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS: 68-12-2
Etilen glikol	Meşe Ağacı	44710	CAS: 107-21-1
İzopentilamin	Sigma-Aldrich	W321907	CAS: 107-85-7
KBr ACROS		424070025	CAS: 7758-02-3
L-Alanin	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-Metoksipropilamin	Sigma-Aldrich	M25007	CAS:5332-73-0
2-Metoksietilamin	Sigma-Aldrich	143693	CAS:109-85-3
N-(3-Aminopropil)-2-pirolidinon	Sigma-Aldrich	136565	CAS:7663-77-6
N, N'-Diizopropilkarbodiimid (DIC)	ACROS	115211000	CAS: 693-13-0
N, N-Diizopropiletilamin (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS: 7087-68-5
NaNO < alt > 2 < / alt >	ACROS	424340010	CAS: 7631-99-4
NAOD suda% 40 çözelti	ACROS	200058-506	CAS: 7732-18-5
Piperidin	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS: 110-89-4
Piperonilamin	Sigma-Aldrich	P49503	CAS: 2620-50-0
Propilen	Sigma-Aldrich	240958	CAS: 107-10-8
Trifloroasetik asit	Sigma-Aldrich	299537	CAS: 76-05-1
ve alfa; -Siyano-4-hidroksisinnamik asit	Sigma-Aldrich	39468	CAS: 28166-41-8
α-Ketoglutarat	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS:328-50-7
RINK bağlayıcılı Tentagel Reçine	Rapp-Polimer	S30023
Alanin transaminaz	Roche	10105589001	AKA: Glutamat-Piruvat Transaminaz (GPT)
İnkübatörü	New Brunswick Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
MALDI kütle spektrometresi	Uygulamalı Biyosistemler	4800 MALDI-TOF/TOF
Liyofilizatör	SP Scientific	VirTis tezgah üstü K
Şırınga reaktörü	INTAVIS	Reaksiyon Kolonu	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Vakum manifoldu	Promega	A7231	Vac-Man