Memeli X-kromozomu inaktivasyonu (XCI) kadınlarda iki X-kromozomu biri transkripsiyonel 1 inaktive burada XX ve XY arasındaki X-bağlantılı gen doz dengesizliği telafi etmek için bir stratejidir. X-kromozomu inaktivasyonu uzun olmayan kodlama RNA (lncRNA) araştırma için harika bir model sistemidir. X-kromozomu inaktivasyonu birden lncRNAs tarafından düzenlenir ve yoğun lncRNAs, transkripsiyon, kromatin yapısı ve nükleer organizasyonu 2, 3 arasındaki karışma mekanizmaları ortaya çıkarmak için son birkaç yılda çalışılmıştır.
X kromozomunda bulunan X inaktivasyon merkezi (XIC) kodlayıcı olmayan RNA'lar 4 üreten genlerin bir dizi içeren bir kompleks genetik lokus olduğu. X-aktif spesifik transkript (Xist) lncRNA eutherian memelilerde X kromozomu inaktivasyonu 5,6 çok önemli bir rol oynar böyle bir lncRNA olup. Xist transkript fu yerini çevreleyenTure Xi X-kromozomu inaktivasyonu başlatmak ve RNA FISH kullanılarak görüntülendi zaman bir bulut gibi görünmesini; Bu oluşum "Xist Cloud" 7 olarak adlandırılır. Xist RNA, çeşitli kromatin değiştirici enzimler ile etkileşim için, sessiz bir kromatin ve baskı transkripsiyon için farklı epigenetik değişiklikler ile Xist bulutlar eş-lokalizasyonu X kromozomu inaktivasyonu 8 süresince gözlenir. Örneğin, Xist RNA H3K27me3 sorumludur ve baskıcı bir kromatin devlet 9 uyaran Polycomb baskıcı kompleksi 2 (PRC2) ile etkileşime girer. Xi ve yoğun H3K27me3 modifikasyonu ile birlikte yerelleştirme Xist bulut oluşumu Xi 10,11 bir fakültatif heterokromatinin manzara temsil eder.
Böyle DNA / RNA FISH gibi sitogenetik teknikler, gelişmiş hassasiyet ile son ve gelişmiş teknikler, radyoaktif işaretli problar 12 kullanılarak geleneksel yöntemle uzun bir yol katettikBirden fazla oligonükleotid sondaları 13,14 kullanılarak flüoresan görüntüleme. Immünofloresan ile birleştiğinde DNA / RNA BALIK rutin Spatiotemporal nükleer organizasyonu, RNA lokalizasyonu, kromatin yapısını ve değişiklikleri anlamak için bir sitolojik araç olarak kullanılmıştır. RNA, FISH için pek çok standart prob hazırlama plazmid ya da bakteriyel yapay kromozom (BAC) klonu ve çentik translasyonu veya rastgele prime 15 ya da daha sonraki etiketi kullanılmasını içerir. Bununla birlikte, farelerde genlerin yaklaşık% 70 ve insanlarda genlerin% 40 sens ve antisens transkriptleri ayırmak için bu nedenle bir büküm özel FISH yöntem gerektiren, sens ve antisens transkriptleri 16 bir üst üste göstermektedir. İn vitro transkribe RNA sondaları (riboprob ) genellikle iplik-spesifik RNA FISH 17,18 için kullanılır; bununla birlikte, bu, T7, SP6 veya T3 promoteri ve sentezlenmesi riboprobes bir plazmid klonu ya da PCR ürün hazırlama içerir. Ayrıca, genomunun elde riboproblarıic DNA veya cDNA sık sık yüksek arka plan gürültüsü neden non-spesifik bölgeleri ve tekrarlayan unsurlar içerir. Diğer konu da, uzunluğu bir kaç yüz nükleotidlerdir ve birden florofor içeren riboprobları, etkili bir çekirdek içine girmek edemezler. Bu aşmak için, ucunda tek bir florofor ile işaretlenmiş çok sayıda daha kısa oligonükleotid probları iyi hassasiyet, düzgün sinyal kuvveti ve saflaştırma kolaylığı ve 14 taşıma olduğu geliştirilmiştir. Buna ek olarak, DNA oligonükleotidleri, genel olarak RNA daha stabildir. Bu X kromozomu etkisizleştirme işlemi sırasında Xist lncRNA neden Xi epigenetik dinamiklerini anlamak için immünofloresan ile Xist RNA, FISH 19 oligonükleotidleri kullanılarak benzer bir strateji uygulanır. Bu protokol, oligonükleotid prob ve hücrelerin uygun hazırlama oluşturma, hem de bağışıklık ve RNA FISH kullanımını tarif etmektedir. Birden oligonucle kullanarak Xist RNA BALIKXist RNA BALIK kişinin laboratuvarında rutin olarak ise, SEK, uzun vadede maliyet etkin bir yaklaşımdır. Bu teknik aynı zamanda epigenetik değişiklikler ya da faktörleri ile birlikte-lokalizasyonunu haritalama ise hücrelerinde lncRNAs tanımlamak için kullanılabilir. Protokolün bir büyük avantajı kolayca kişinin araştırma çıkarlarına uygun şekilde değiştirmek için yeteneğidir.