Supraspinal projeksiyonlar, ağrı algısı gibi çeşitli davranışların modülasyonundan sorumludur. Nosiseptif bilgi taşıyan projeksiyonlardan biri, arka beyin rafesinden ve bitişik retiküler çekirdeklerden1,2 kaynaklanan serotoninerjik lifler içerir. Fizyolojik ve farmakolojik çalışmalar, arka beyindeki raphe çekirdeklerinin elektriksel stimülasyonundan sonra omuriliğin dorsal boynuzunda serotonin salınımının arttığını göstermiştir3-5. Sıçan ve keseli sıçanda, serotonerjik raphespinal lifler sadece dorsal boynuz6-8'de değil, aynı zamanda ara bölge7,9,10, ventral boynuz7,11 ve hatta lamina 1012,13'te de yoğun terminallere sahiptir. Farede benzer bir çalışma yoktur. Bu çalışma, fare omuriliğindeki arka beyin raphe çekirdeklerinden ve bunların bitişik retiküler çekirdeklerinden kaynaklanan serotonerjik liflerin sonlandırma paternini, yakın zamanda yayınlanan CLARITY14 yöntemi ve modifikasyonu olan CUBIC15 kullanarak haritalamayı amaçladı.
Omuriliğin konvansiyonel floresan veya peroksidaz immünohistokimyası, omuriliğin gri cevherindeki serotonerjik liflerin 30-40 μm kalınlığındaki kesitlerdeki dağılımını açıkça göstermektedir. Bununla birlikte, bu yaklaşım, beyaz maddedeki serotonerjik lif yollarının ve gri maddedeki teminatlarının sürekliliğini göstermez. Histolojik kesitlerin 3 boyutlu rekonstrüksiyonu, lif yolları hakkındaki bilgimizi ilerletmiş olsa da, histologlar ve anatomistler için dokuda kesmenin neden olduğu küçük bozulmalar nedeniyle tek bir yolu takip etmek bir zorluk olmaya devam etmektedir. Bu engeli aşmak için, bir dizi araştırmacı tüm doku yapısını şeffaf hale getirmek ve değiştirilmemiş dokunun görüntüsünü tek bir video dosyasında toplamak için çeşitli protokoller geliştirmiştir17-21. Şimdiye kadar, Deisseroth'un grubu14,15 tarafından geliştirilen berrak, lipid değişimli, akrilamid hibritleştirilmiş sert, görüntüleme/immün boyama uyumlu, doku hidrojeli (CLARITY) tekniği ve Susaki ve ark.16 tarafından geliştirilen CUBIC en başarılı olanlardır. Protokollerin yayınlanmasından bu yana, birçok araştırmacı bu teknikleri sadece beyin22-25 değil, aynı zamanda kalp, böbrekler, bağırsak ve akciğerler26,27 dahil olmak üzere biyolojik dokuların çeşitli yönlerini araştırmak için kullanmaya başlamıştır.
Fare omuriliğini hidrojel solüsyonu (CLARITY) ile sabitleyerek ve CUBIC reaktifleri ile temizleyerek (bu, orijinal CLARITY protokolü14,15 tarafından tarif edilenden çok daha hızlı bir yöntemdir), 2-3 mm uzunluğunda bir omurilik dokusu bloğu iki hafta içinde temizlendi ve serotonin için immünofloresan boyama sekiz gün içinde tamamlandı. Sadece kimyasal ajanların bir kombinasyonu ile konvansiyonel immünohistokimya, yaklaşık bir ay içinde bir 3D video dosyasında tek tek lif yollarının bir görüntüsünü oluşturmak için kullanılabilir.