Makale, çok elektrotlu dizilerle yapılan hücre dışı kayıtlardaki ani yükselmeleri algılamak ve sıralamak için SpikeSorter programının nasıl kullanılacağını gösterir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
'SpikeSorter' kullanma Elektrofizyolojik Recordings Sıralama A Görsel Kılavuzu
Bu makalede
Özet
Özet
Çok elektrotlu dizilerle yapılan kayıtlardaki ani yükselmeleri sıralamak için birkaç bağımsız yazılım uygulaması mevcuttur. İdeal olarak, bir uygulama, grafiksel bir kullanıcı arayüzü ile kullanıcı dostu olmalı, veri dosyalarını çeşitli formatlarda okuyabilmeli ve kullanıcılara, farklı birimlerden hücre dışı voltaj dalga biçimlerini bir dereceye kadar güvenilirlikle algılama ve sıralama yeteneği veren esnek bir araç seti sağlamalıdır. Daha önce yayınlanmış ani yükselme sıralama yöntemleri, elektrofizyologlara ham kaydedilmiş veri dosyasından başlayarak ve sıralanan ani yükselme sürelerinin dışa aktarılmasıyla sona eren sıralama için eksiksiz bir araç seti sağlamayı amaçlayan bir yazılım programı olan SpikeSorter'da artık mevcuttur. Prosedürler, şu anda mümkün olduğu ölçüde otomatikleştirilmiştir. Makale, programın kullanımını açıklar ve gösterir. Temsili bir veri dosyası açılır, hücre dışı izler filtrelenir, olaylar algılanır ve ardından kümelenir. Sıralama sırasında yaygın olarak ortaya çıkan bir dizi sorun, bazı birimlerin ikinci sivri ucun birinciden önemli ölçüde daha küçük olduğu çiftler halinde ani yükselme eğilimi nedeniyle birimlerin artefakt aşırı bölünmesi ve bazı birimlerde karşılaşılan zaman içinde sivri uç yüksekliğindeki yavaş değişimin neden olduğu aşırı bölünme dahil olmak üzere gösterilmektedir. SpikeSorter'ın performansının doğruluğu, vekil temel doğruluk verileriyle test edilmiş ve mevcut geliştirme aşamasındaki diğer algoritmalarla karşılaştırılabilir bulunmuştur.
Giriş
Basit on-line eşikleme ve pencereleme daha sofistike yöntemler kullanarak beyin hücre dışı sinyalleri kaydeder herkes belirlenmesi ve elektrot tarafından kaydedilen gürültülü gerilim sinyallerinden farklı nöronların sinyal ayırma göreviyle karşı karşıya. Bu görev genellikle başak sıralama olarak bilinir. başak sıralama zorluk çeşitli faktörler de eklenmektedir. Yakındaki bir elektrod tarafından onlardan kaydedilen sinyalleri benzer ve ayırt etmek zor olması muhtemeldir ki Nöronlar birbirine çok yakın olabilir. Tek bir nöron tarafından üretilen sinyaller muhtemelen olarak elektrotun yakın, ya da olan dendritler yüksek ateşleme hızı, gerilim iletkenlikleri aktivasyonu ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
1. Program Kurulumu
- Programı indirmek için http://www.swindale.ecc.ubc.ca/SpikeSorter gidin. Seçtiğiniz dizine verilen yürütülebilir dosyasını kopyalayın. Ekteki belgeleri okuyun.
NOT: Hiçbir resmi kurulum veya derleme gereklidir. - sıralanması için herhangi bir dosyayı açmadan önce, kayıt tüm süresini içeren yeterli boş RAM olduğundan emin olun. belgelerinde açıklandığı gibi, aynı zamanda emin geçerli bir kanal yapılandırma dosyası yapmak, veri dosyasıyla aynı dizinde bulunur.
- programını başlatın, sonra 'Dosya - Aç' gidin ve elde edilen açık dosya iletişim kutusunun sağ alt köşesindeki açılır listeden kayıt dosya biçimini ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Tipik bir sıralı kayıt için - Şekil 7 ( 'kriteri dalga Görünüm' giderek elde edilir) ekranını gösterir. Varsayılan görünüm seçeneği, her küme için merkez kanal üzerinde dalga formlarını göstermek için sadece olduğunu. Ortak bir deneyim aynı kanalda bir küme çifti için dalga aynı gibi görünür, ancak 'karşılaştırın çiftler' zaman diyalog genellikle bitişik kanallarda dalga farklılıklarından kaynaklanan, PC projeksiyonu belirgin kümeler vardır iki küme incel.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
dosya Biçimleri
Şu anda desteklenen dosya formatları Neuralynx (.ntt ve .ncs), Plexon (.plx), Neuroscope (.xml + dat), Çok Kanallı Sistemleri (.mcd), Blackrock (.nev) ve Intan (.rhd) içerir. desteklenmeyen formatları için, iki seçenek vardır. Bir ( '- Hakkımızda Yardım' iletişim sağlanan geliştirici bir e-posta bağlantısını) gelecek bir sürümde dosya biçimi eklenmesini talep etmektir. Diğer desteklenen bir formata dosyayı dönüştürmek için. Basit bir seçenek zaman başak format '.tsf&.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.
Teşekkürler
SpikeSorter'ı kullanan ve dosya formatı desteği, öneri ve geri bildirim talebinde bulunan kişi ve gruplara teşekkür ederiz. Bunlar arasında Youping Xiao, Felix Fung, Artak Khachatryan, Eric Kuebler, Curtis Baker, Amol Gharat ve Dongsheng Xiao yer alıyor. 'Temsili Sonuçlar'da verilen yanlış pozitif ve negatif rakamlar için Adrien Peyrache'ye teşekkür ederiz.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| spikesorter.exe | N/A | http://www.swindale.ecc.ubc.ca/SpikeSorter |
Kaynaklar
- Buzsáki, G. Large-scale recording of neuronal ensembles. Nat. Neurosci. 7, 446-451 (2004).
- Blanche, T. J., Spacek, M. A., Hetke, J. F., Swindale, N. V. Polytrodes: High Density Silicon Electrode Arrays for Large Scale Multiunit Recording. J. Neurophys. 93, 2987-3000 (2005).
- Lewicki, M. S.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
