Yöntem makalesi

Gen kullanmak için bir protokol translasyonel araştırma için uygun hayvan modeli belirlemek için zenginleştirme çözümlemesi ayarla

DOI:

10.3791/55768

⸱

16 Ağustos 2017

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Experimental Toxicology and ZEBET, German Federal Institute for Risk Assessment (BfR), 2Department of Clinical Pharmacology and Toxicology, Charité-Universitätsmedizin Berlin

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Gen kümesi zenginleştirme translasyonel araştırma için bir ideal fare modeli tanımlamak için transcriptomic veri analizini kullanımına ilişkin standart bir protokol sağlar.
Bu iletişim kuralı ve DNA Mikroarray ve RNA sıralama veri ile kullanılabilir veri yoksa diğer omics veri için daha da uzatılabilir.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

İnsan hastalıkları transcriptomic veri kümeleri veri geleneksel gen gen karşılaştırma teknikleri kullanarak fare modelleri ile karşılaştırıldığında son yıllarda yapılan çalışmalarda hayvan modellerinde alaka ile ilgili çelişkili sonuçlar sonuçlandı translasyonel araştırma. Rasgele differentially ifade genler filtreleme farklı gen ifade analizleri arasındaki farklılıkları için önemli bir nedeni var. Ayrıca, farklı tür ve genellikle platformlar arasında tek gen karşılaştırılması con/uyumsuzluk yanlış yorumlanmasına yol insan ve hayvan modellerinden veri arasında önde gelen teknik farkı ile sınırlıdır. Böylece, standart yaklaşımları sistematik veri analizi için ihtiyaç vardır. Öznel gen filtreleme ve etkisiz gen gen karşılaştırma üstesinden gelmek için biz son zamanlarda gen kümesi zenginleştirme analiz (GSEA) bu sorunları önlemek için potansiyele sahip olduğunu gösterdi. Bu nedenle, biz translasyonel araştırma için uygun ve uygun olmayan hayvan modelleri arasında ayırt etmek için GSEA kullanımı için bir standart iletişim kuralı geliştirilmiştir. Bu iletişim kuralı olarak varolan deneysel omics veri gerektirir bir-priori, yeni model sistemleri nasıl tahmin etmek uygun değildir. Ancak, protokol böylece gereksiz hayvan deneyleri kaçınarak ve çevirim çalışmalar yanıltıcı en uygun hayvan modeli seçmek için standart bir şekilde varolan verileri yorumlamak açıklar.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hayvan modelleri yaygın insan hastalıkları, genetik, anatomi ve Fizyoloji bakımından insanlara kabul onların benzerlik nedeniyle incelemek için kullanılır. Ayrıca, hayvan modelleri genellikle ağ geçidi denetleyicileri için klinik tedaviler olarak hizmet ve translasyonel araştırma başarısı üzerinde büyük bir etkisi olabilir. En iyi hayvan modeli dikkatli seçimi yanıltıcı hayvan çalışmaları sayısını azaltabilirsiniz. Özellikle insan inflamatuar hastalıkları ve ilgili fare modelleri elde aynı veri kümeleri çözümleme çelişkili sonuçlara yol açtı çünkü son zamanlarda, hayvan modellerinde translasyonel araştırma uygunluğu tartışmalı, tartışıldı 1

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. download belgili tanımlık GSEA bilgisayar yazılımı ve moleküler imza veritabanı

  1. (http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp) resmi GSEA geniş Enstitüsü Web sitesine gidin ve GSEA yazılımına erişim almak için kayıt aracı ve moleküler imza veritabanı (MSigDB).
  2. Download javaGSEA masaüstü uygulaması ya da bir alternatif bilgisayar yazılımı seçme hakkı (örneğin, R script).
    Not: Tüm seçenekler tam olarak aynı algoritmayı uygulamak. GSEA yazılım serbestçe Akademi ve sanayi iç araştırma amacıyla bireylerde kullanılabilir.
  3. Daha fazla GSEA yazılımı ile ilgili ayrıntılar belgeleri Web sitesi (http://software.broadinstitute.....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

GSEA iş akışı ve ekran örnek veri içinde gösterilen. Şekil 1 transcriptomic veri ilgi içeren gen ifade veri dosyası gösterir. Her çalışma bir açıklayıcı fenotip dosyası gerekli olduğu için bu Şekil 2' de gösterilmiştir. Ek açıklama eklenen gen kümeleri (örneğin, yollar) (şekil 3) gen küme veritabanı dosyasında tanımlanır. Şekil 4 GSEA bilgisayar yazılımı alet ku.......

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hayvan modelleri uzun hastalık mekanizmaları incelenmesi ve roman tedavi stratejilerinin geliştirilmesi için uygulandı. Ancak, şüphecilik hayvan modellerin predictivity ilgili klinik çalışmalar12sayısının yayılmaya başladı. Ayrıca, çözümlemek ve preklinik denemeler büyük omics verileri yorumlama için uygun stratejiler hakkında tartışmalı tartışmalar ters sonuçlar aynı verilerden farklı veri analizi stratejileri1 uygulandıktan sonra çizilmiş tarafından yetiştirildin ,<.......

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu eser Risk değerlendirmesi (BfR) Alman Federal Enstitüsü tarafından finanse edildi.

....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
ExcelMicrosoft Şirketi

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Seok, J., et al. Genomic responses in mouse models poorly mimic human inflammatory diseases. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (9), 3507-3512 (2013).
  2. Takao, K., Miyakawa, T. Genomic responses in mouse models greatly mimic human inflammator....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Gene Set Enrichment AnalysisAnimal Model SelectionTranslational ResearchGSEA Software ToolMolecular Signature DatabaseNormalized Enrichment ScoreFDR ValueContingency Table AnalysisGain of InformationPathway Regulation Comparison

İlgili makaleler